More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2024 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_2024  pseudouridine synthase  100 
 
 		 393 aa  770    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0196  pseudouridine synthase  49.74 
 
 		 390 aa  299  6e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0120  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.27 
 
 		 332 aa  291  9e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1476  pseudouridine synthase  41.01 
 
 		 360 aa  257  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3108  pseudouridine synthase  41.38 
 
 		 306 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2459  pseudouridine synthase  35.32 
 
 		 299 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.24992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0390  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 		 339 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  39.51 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0397  pseudouridine synthase, RluA family  29.83 
 
 		 335 aa  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  39.33 
 
 		 346 aa  103  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  29.18 
 
 		 341 aa  103  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000000900564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 399 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  35.44 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.23 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  38.53 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  38.28 
 
 		 378 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.68 
 
 		 344 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 		 344 aa  100  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  36.21 
 
 		 346 aa  99.8  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  36.48 
 
 		 302 aa  99.4  9e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  29.09 
 
 		 339 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.68 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  32.89 
 
 		 339 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 		 339 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  34.5 
 
 		 339 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  35.16 
 
 		 345 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.87 
 
 		 436 aa  95.5  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  30.08 
 
 		 325 aa  95.1  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.58 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  31.84 
 
 		 323 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  36.99 
 
 		 362 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  35.17 
 
 		 344 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  35.77 
 
 		 278 aa  95.1  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  35.17 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.56 
 
 		 300 aa  94.7  3e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  36.61 
 
 		 339 aa  94  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.66 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  36.47 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.61 
 
 		 316 aa  93.6  5e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  32.99 
 
 		 346 aa  93.6  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  35.68 
 
 		 334 aa  93.6  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.78 
 
 		 321 aa  93.6  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  36.47 
 
 		 343 aa  93.6  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34 
 
 		 320 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  38.6 
 
 		 332 aa  92.8  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 333 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22770  pseudouridine synthase, RluA family  36.63 
 
 		 318 aa  92.4  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.191328  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.68 
 
 		 312 aa  92.8  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  35.53 
 
 		 330 aa  92.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  41.25 
 
 		 369 aa  92  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.43 
 
 		 338 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  35.17 
 
 		 331 aa  90.5  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  33.54 
 
 		 578 aa  90.5  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.56 
 
 		 354 aa  90.5  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 333 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 333 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000147946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  32.61 
 
 		 317 aa  90.5  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  36.18 
 
 		 525 aa  90.1  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  29 
 
 		 304 aa  90.1  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  29.48 
 
 		 364 aa  89.7  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  34.03 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  27.39 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.2 
 
 		 352 aa  89.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  35.8 
 
 		 328 aa  89  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.2 
 
 		 318 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.77 
 
 		 318 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  35.68 
 
 		 309 aa  88.2  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 344 aa  87.8  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  35.82 
 
 		 541 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  32.52 
 
 		 318 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.88 
 
 		 368 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  32.64 
 
 		 364 aa  87.4  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  28.92 
 
 		 303 aa  87.4  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.67 
 
 		 318 aa  87  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.93 
 
 		 338 aa  86.7  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 		 336 aa  87  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1322  pseudouridine synthase, RluD  34.02 
 
 		 326 aa  86.7  6e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000381101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.09 
 
 		 331 aa  86.7  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.91 
 
 		 319 aa  86.7  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.47 
 
 		 308 aa  86.7  7e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  35.14 
 
 		 327 aa  86.3  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.11 
 
 		 332 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 304 aa  86.3  9e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  34.8 
 
 		 324 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  31.84 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.3 
 
 		 317 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  39.3 
 
 		 317 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  31.09 
 
 		 325 aa  85.9  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  34.71 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  28.2 
 
 		 319 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  26.74 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  36.14 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.32 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  31.96 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.82 
 
 		 343 aa  85.1  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.03 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  33.88 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  36.17 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1158  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.55 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>