246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0685 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 298 aa  588  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  44.6 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  39.67 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  40.13 
 
 		 332 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  43.06 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  41.28 
 
 		 344 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  36.96 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  38.08 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  42.72 
 
 		 300 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  33.96 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  36.28 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  41.7 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  39.09 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  41.25 
 
 		 325 aa  123  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  37.82 
 
 		 325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  35.24 
 
 		 327 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  39.02 
 
 		 326 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  32.35 
 
 		 336 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  36.74 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  36.62 
 
 		 264 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  29.67 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  29.82 
 
 		 344 aa  106  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  30.8 
 
 		 345 aa  91.3  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  30.86 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  26.4 
 
 		 352 aa  85.9  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  27.39 
 
 		 347 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0309  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  26.96 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.912952 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  25.18 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  31.52 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  30.24 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  27.21 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  32.74 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  32.58 
 
 		 417 aa  78.6  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  32.74 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  28.81 
 
 		 336 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  30.43 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1884  ApbE family lipoprotein  30.22 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.717042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1186  ApbE family lipoprotein  32.84 
 
 		 314 aa  75.9  0.0000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0352655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  26.41 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  31.86 
 
 		 300 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  29.02 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  29.69 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  29.46 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  29.46 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  29.46 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  29.17 
 
 		 347 aa  74.3  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  24.17 
 
 		 336 aa  73.9  0.000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  25.9 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  33 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.56 
 
 		 357 aa  72.8  0.000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  26.47 
 
 		 344 aa  72  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  30.91 
 
 		 331 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  24.35 
 
 		 334 aa  72  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  26.13 
 
 		 305 aa  70.9  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  26.06 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  31.56 
 
 		 345 aa  70.9  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  24.7 
 
 		 360 aa  69.7  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  25.34 
 
 		 371 aa  69.3  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  29.02 
 
 		 339 aa  69.3  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  29.71 
 
 		 275 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  29.49 
 
 		 330 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.56 
 
 		 382 aa  68.9  0.00000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.82 
 
 		 349 aa  68.9  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  30.17 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  30.26 
 
 		 362 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  26.43 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  25.86 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  31.18 
 
 		 368 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  25.59 
 
 		 336 aa  67.4  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  29.84 
 
 		 317 aa  67  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  29.41 
 
 		 336 aa  67.4  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.26 
 
 		 320 aa  67  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  21.92 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  27.42 
 
 		 355 aa  66.6  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  26.91 
 
 		 275 aa  67  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  25.98 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.94 
 
 		 363 aa  66.2  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  26.2 
 
 		 349 aa  66.2  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  25.51 
 
 		 337 aa  65.9  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  26.57 
 
 		 349 aa  65.9  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  25.37 
 
 		 391 aa  65.9  0.0000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  30.04 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  25 
 
 		 312 aa  65.5  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  25.98 
 
 		 332 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.57 
 
 		 361 aa  64.7  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  29.22 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  28.67 
 
 		 335 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2592  ApbE family lipoprotein  29.57 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  30.8 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  24.4 
 
 		 342 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  25.51 
 
 		 341 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.55 
 
 		 313 aa  63.9  0.000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  25.09 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1278  ApbE family lipoprotein  23.27 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  23.9 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  29.24 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  27.37 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  26.67 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  25.81 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>