More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1826 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 300 aa  624  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  98 
 
 		 300 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1884  ApbE family lipoprotein  92 
 
 		 300 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.717042  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  87.27 
 
 		 275 aa  502  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  75.85 
 
 		 302 aa  461  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  75.17 
 
 		 301 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  75.51 
 
 		 301 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  75.51 
 
 		 301 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  73.45 
 
 		 275 aa  423  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  66.22 
 
 		 304 aa  402  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  61.59 
 
 		 298 aa  379  1e-104  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3407  ApbE family lipoprotein  58.45 
 
 		 297 aa  371  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.935025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  48.65 
 
 		 330 aa  267  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  48.34 
 
 		 279 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  44.01 
 
 		 305 aa  251  8.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  45.86 
 
 		 306 aa  248  9e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  47.47 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  39.6 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2333  ApbE family lipoprotein  38.46 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00261528  normal  0.177607 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  38.25 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  39.56 
 
 		 310 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  38.49 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  35.87 
 
 		 322 aa  170  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  36.93 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  35.4 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  33.59 
 
 		 336 aa  152  8.999999999999999e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.67 
 
 		 363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  32.71 
 
 		 349 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  31.74 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  32.71 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  33.93 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  32.01 
 
 		 309 aa  135  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  34.59 
 
 		 328 aa  135  7.000000000000001e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.2 
 
 		 341 aa  133  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  33.86 
 
 		 370 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  33.09 
 
 		 345 aa  130  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  30.71 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  34.15 
 
 		 353 aa  128  9.000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  34.89 
 
 		 348 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  35.16 
 
 		 350 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  31.98 
 
 		 374 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  32.61 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  32.11 
 
 		 348 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  32.11 
 
 		 348 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  32.11 
 
 		 348 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  31.43 
 
 		 350 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  32.11 
 
 		 348 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  32.92 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  32.69 
 
 		 355 aa  122  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  32.39 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.79 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  31.17 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.2 
 
 		 367 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  29.41 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  31.43 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  29.75 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  30.52 
 
 		 360 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.06 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.71 
 
 		 332 aa  120  3e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  35.16 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  35.62 
 
 		 342 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  31.33 
 
 		 344 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.36 
 
 		 347 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  32.88 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  35.06 
 
 		 337 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  27.82 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  31.92 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 338 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  30.74 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  31.02 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  30.04 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  28.24 
 
 		 337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  29.41 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  32.56 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  30.32 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  33.18 
 
 		 366 aa  113  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  30.86 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.95 
 
 		 350 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  32.57 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 		 346 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  31.82 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  33.18 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.58 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.05 
 
 		 361 aa  110  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  28.83 
 
 		 329 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.25 
 
 		 343 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  30.49 
 
 		 380 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  33.48 
 
 		 417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  31.46 
 
 		 344 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  29.43 
 
 		 382 aa  109  7.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  32.13 
 
 		 386 aa  108  7.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  29.91 
 
 		 391 aa  108  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  31.47 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  29 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  31.85 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  31.29 
 
 		 336 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  35.65 
 
 		 331 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  29.33 
 
 		 325 aa  107  3e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  29.91 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>