More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0433 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 333 aa  656    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  73.99 
 
 		 344 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  66.26 
 
 		 332 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  49.85 
 
 		 330 aa  318  9e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  56.48 
 
 		 330 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  52.45 
 
 		 332 aa  308  9e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  47.86 
 
 		 336 aa  266  4e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  47.67 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  42.77 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  45.28 
 
 		 325 aa  193  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  41.59 
 
 		 324 aa  192  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  43.26 
 
 		 325 aa  188  9e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  43.26 
 
 		 326 aa  185  9e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  35.28 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  40.78 
 
 		 320 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  44.22 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  41.83 
 
 		 327 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  35 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  35.54 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.57 
 
 		 363 aa  151  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  31.86 
 
 		 352 aa  150  2e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  37.37 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  36.09 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  35.54 
 
 		 344 aa  149  8e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  33.96 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.44 
 
 		 357 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  41.82 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  37.97 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  33.71 
 
 		 337 aa  136  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  40.43 
 
 		 264 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  31.67 
 
 		 345 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  28.28 
 
 		 350 aa  129  6e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  34 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  27.49 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  28.82 
 
 		 360 aa  126  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  32.24 
 
 		 386 aa  125  7e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  37.55 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  35.45 
 
 		 362 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.51 
 
 		 350 aa  121  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  35.51 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.33 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.36 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.66 
 
 		 337 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.45 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  31.16 
 
 		 317 aa  116  6e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  32.73 
 
 		 350 aa  116  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  28.86 
 
 		 323 aa  115  7.999999999999999e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  34.66 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  33.11 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  29.64 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  35.02 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  29.88 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  31.51 
 
 		 344 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  26.71 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  35 
 
 		 349 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  30.22 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  31.42 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  34.6 
 
 		 349 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  30.84 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  30.84 
 
 		 359 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  31.88 
 
 		 332 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  32.42 
 
 		 331 aa  112  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.61 
 
 		 331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  33.58 
 
 		 342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  24.19 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  33.9 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  25.6 
 
 		 348 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  35.21 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  30.41 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  25.09 
 
 		 309 aa  110  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  34.07 
 
 		 331 aa  109  5e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  29.33 
 
 		 338 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  32.66 
 
 		 349 aa  109  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  29.77 
 
 		 336 aa  109  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  32.44 
 
 		 341 aa  109  7.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  30.82 
 
 		 338 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  25.75 
 
 		 380 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  32.18 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  32.99 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  30.96 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  29.51 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3099  ApbE family lipoprotein  33.67 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.89 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  25.6 
 
 		 366 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  34.27 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  32.58 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  30.9 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  29.85 
 
 		 343 aa  106  4e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.18 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  31.14 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 338 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  33.33 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.86 
 
 		 349 aa  106  6e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  29.15 
 
 		 315 aa  106  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  29.63 
 
 		 338 aa  106  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  27.02 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.33 
 
 		 332 aa  106  7e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.57 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.95 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>