More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1333 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 325 aa  627  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  95.4 
 
 		 326 aa  537  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  84.18 
 
 		 324 aa  509  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  77.63 
 
 		 325 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  63.16 
 
 		 320 aa  296  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  42.7 
 
 		 344 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  46.57 
 
 		 327 aa  199  5e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  43.26 
 
 		 333 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  43.56 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  39.58 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  38.24 
 
 		 330 aa  175  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  46.05 
 
 		 264 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  42.91 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  40.93 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  37.78 
 
 		 332 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  34.07 
 
 		 332 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  37.3 
 
 		 330 aa  143  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  32.96 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  32.64 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  29.66 
 
 		 360 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  33.55 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  32.05 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  38.57 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  28.14 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.54 
 
 		 363 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.01 
 
 		 357 aa  133  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  32.16 
 
 		 336 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  40.69 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  34.43 
 
 		 336 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 		 347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  35.17 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  34.38 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  29.07 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  28.8 
 
 		 328 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  27.42 
 
 		 381 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  34.02 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.31 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  33.21 
 
 		 336 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  39.34 
 
 		 345 aa  122  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  37.82 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  32.65 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0427  ApbE family lipoprotein  38.13 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.127952  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  38 
 
 		 379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  35.15 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  31.89 
 
 		 345 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  38.18 
 
 		 331 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  35.23 
 
 		 326 aa  119  7e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  34.08 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  34.13 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  29.85 
 
 		 337 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  32.26 
 
 		 355 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  26.55 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  32.64 
 
 		 351 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.53 
 
 		 336 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  28.79 
 
 		 345 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  32.85 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  29.45 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  29.21 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  36.75 
 
 		 362 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.05 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.1 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  31.48 
 
 		 344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  32.62 
 
 		 331 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  29.66 
 
 		 352 aa  112  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  32.99 
 
 		 339 aa  112  9e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  35.64 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  30.82 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  27.87 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  36.55 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  36.52 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  27.03 
 
 		 350 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  31.31 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  31.73 
 
 		 345 aa  106  6e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.05 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 386 aa  104  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  28 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  29.97 
 
 		 349 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  33.48 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  30.31 
 
 		 349 aa  103  5e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  25.76 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  34.26 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31 
 
 		 349 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  25.71 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  32.76 
 
 		 344 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  31.39 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  31.28 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  31.25 
 
 		 338 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  32.6 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  34.24 
 
 		 348 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  29.82 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  29.15 
 
 		 353 aa  100  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  31.99 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  32.85 
 
 		 350 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  30.85 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.56 
 
 		 348 aa  99.8  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  29.9 
 
 		 338 aa  99.4  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  29.19 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.09 
 
 		 337 aa  97.8  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>