265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3199 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  100 
 
 		 302 aa  588  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  57.81 
 
 		 304 aa  295  7e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  50.84 
 
 		 300 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  42.63 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  42.33 
 
 		 344 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  38.87 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  42.7 
 
 		 333 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  39.07 
 
 		 332 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  38.04 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  37.92 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  40.91 
 
 		 298 aa  145  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  41.69 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  40.3 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  40.15 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  36.86 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  37.71 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  39.29 
 
 		 327 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  42.38 
 
 		 320 aa  125  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  38.75 
 
 		 325 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  39.22 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  31.87 
 
 		 344 aa  115  8.999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  32.01 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  29.69 
 
 		 323 aa  99.4  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  30.51 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.15 
 
 		 357 aa  97.1  4e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 417 aa  96.3  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  30.71 
 
 		 345 aa  95.5  9e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  30.93 
 
 		 350 aa  93.2  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  29.78 
 
 		 344 aa  93.2  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  29.6 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  34.9 
 
 		 339 aa  90.9  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  30.45 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  31.98 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  31.56 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  28.99 
 
 		 344 aa  85.9  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  29.43 
 
 		 380 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  25.29 
 
 		 330 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  23.16 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  27.11 
 
 		 348 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.94 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  27.84 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  27.8 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  34.96 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  30.69 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  29.43 
 
 		 343 aa  83.2  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  34.68 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  27.03 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  28.28 
 
 		 329 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  32.1 
 
 		 341 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  24.65 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  33.87 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  33.87 
 
 		 365 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  28.9 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  27.78 
 
 		 341 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  29.28 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  32.38 
 
 		 362 aa  77  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  31.34 
 
 		 345 aa  77.4  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2592  ApbE family lipoprotein  30 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  30.04 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  24.73 
 
 		 381 aa  77  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  28.68 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1186  ApbE family lipoprotein  31.47 
 
 		 314 aa  75.5  0.0000000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0352655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  30.97 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  30.66 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  32.31 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  30.68 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  31.34 
 
 		 326 aa  74.7  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  30.28 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  29.88 
 
 		 301 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  27.61 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  29.17 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2128  ApbE family lipoprotein  34.2 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  26.89 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  30.43 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  29.88 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  29.02 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  30.97 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  29.09 
 
 		 371 aa  73.2  0.000000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  30.12 
 
 		 330 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  26.01 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  34.74 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.62 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  29.91 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  28.52 
 
 		 342 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  28.68 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  30.25 
 
 		 331 aa  72.4  0.000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  28.36 
 
 		 342 aa  72.8  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  31.34 
 
 		 326 aa  72.4  0.000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  29.02 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  27.48 
 
 		 341 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  25.1 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  20.63 
 
 		 345 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  24.65 
 
 		 336 aa  71.2  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  27 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  26.78 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  29.57 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  31.03 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  28.68 
 
 		 349 aa  70.9  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.37 
 
 		 367 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  31.03 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>