More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2606 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 323 aa  672    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  38.92 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  37.61 
 
 		 336 aa  210  2e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  39.31 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  36.71 
 
 		 321 aa  210  3e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  36.13 
 
 		 349 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  33.13 
 
 		 341 aa  181  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  35.23 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  33.03 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  34.75 
 
 		 337 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  32.73 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  31.66 
 
 		 352 aa  162  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  36.33 
 
 		 391 aa  161  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  30.5 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.93 
 
 		 382 aa  159  8e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.48 
 
 		 361 aa  157  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.74 
 
 		 350 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0309  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.53 
 
 		 337 aa  155  7e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.912952 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.15 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.16 
 
 		 349 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.67 
 
 		 334 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  31.42 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0298  hypothetical protein  27.73 
 
 		 392 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.343578 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  31 
 
 		 338 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.82 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  29.72 
 
 		 354 aa  152  8e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.52 
 
 		 331 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  32.52 
 
 		 345 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  30.98 
 
 		 341 aa  151  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  30.67 
 
 		 379 aa  151  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  31.48 
 
 		 338 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  32.04 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  31.96 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.89 
 
 		 353 aa  149  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  29.7 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.55 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.56 
 
 		 341 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.56 
 
 		 348 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  29.37 
 
 		 360 aa  142  6e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  31.88 
 
 		 355 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  30.43 
 
 		 362 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  31.21 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  31.21 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  30.46 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  31.21 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  31.21 
 
 		 348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.16 
 
 		 349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  31.37 
 
 		 332 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.62 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.23 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  31.21 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  30.61 
 
 		 374 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  33.2 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  30.61 
 
 		 374 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.28 
 
 		 348 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.16 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  30.6 
 
 		 337 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.31 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  30.61 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  30.59 
 
 		 351 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  30.07 
 
 		 349 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  32.14 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  28.57 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  30.61 
 
 		 374 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30 
 
 		 347 aa  136  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  30.3 
 
 		 339 aa  136  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.96 
 
 		 351 aa  136  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.18 
 
 		 363 aa  135  8e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  27.51 
 
 		 348 aa  135  9e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  28.62 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  28.25 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  27.55 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.25 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  28.96 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  28.96 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  28.35 
 
 		 370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.96 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  28.96 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.2 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.96 
 
 		 351 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  27.55 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.96 
 
 		 351 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  27.55 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.42 
 
 		 357 aa  132  7.999999999999999e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.26 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  28.8 
 
 		 380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  26.91 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  30.26 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  32.9 
 
 		 371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.26 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.26 
 
 		 350 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  30.19 
 
 		 331 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.95 
 
 		 350 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.26 
 
 		 350 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  30.18 
 
 		 368 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  30.69 
 
 		 353 aa  129  7.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  27.4 
 
 		 344 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.11 
 
 		 337 aa  129  9.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  30.18 
 
 		 365 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>