196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2485 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 304 aa  595  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  44.12 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  44.6 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  42.39 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  42.57 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  36.54 
 
 		 330 aa  155  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  37.71 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  39.18 
 
 		 333 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  37.25 
 
 		 344 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  36.62 
 
 		 330 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  35.56 
 
 		 344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  34.38 
 
 		 332 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  34.59 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  42.98 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  37 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  39.16 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  34.26 
 
 		 325 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  33.64 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  29.15 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  34.86 
 
 		 326 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  30.22 
 
 		 352 aa  99  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 337 aa  96.7  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  39.22 
 
 		 264 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  32.27 
 
 		 336 aa  92.4  9e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  35.13 
 
 		 325 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  23.7 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2128  ApbE family lipoprotein  30.29 
 
 		 304 aa  77  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.38 
 
 		 349 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  27.97 
 
 		 341 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  28.1 
 
 		 342 aa  73.2  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  25 
 
 		 334 aa  72.4  0.000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  26.39 
 
 		 371 aa  72  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  25.43 
 
 		 350 aa  70.1  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  27.9 
 
 		 344 aa  69.7  0.00000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  23.27 
 
 		 382 aa  69.7  0.00000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  25.8 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  29.32 
 
 		 417 aa  69.7  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  24.84 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  26.32 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.63 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  26.63 
 
 		 359 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  24.64 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  26.84 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  25 
 
 		 353 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  26.63 
 
 		 345 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  26.76 
 
 		 363 aa  67.8  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  22.82 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  25.81 
 
 		 370 aa  67  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  26.45 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  25.5 
 
 		 346 aa  66.2  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  23.71 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  34.5 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  30.99 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  29.75 
 
 		 362 aa  65.9  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  26.74 
 
 		 345 aa  65.9  0.0000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  27.41 
 
 		 336 aa  65.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.27 
 
 		 357 aa  65.5  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  26.78 
 
 		 339 aa  65.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  34.5 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.68 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  23.49 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  25 
 
 		 349 aa  63.9  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  20.42 
 
 		 345 aa  64.3  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  22.79 
 
 		 391 aa  63.2  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  25.99 
 
 		 335 aa  62.4  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  24.26 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  22.5 
 
 		 366 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  28.41 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  30.52 
 
 		 335 aa  62.4  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  25 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  27.68 
 
 		 336 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  21.52 
 
 		 350 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  26.07 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  28.24 
 
 		 355 aa  61.6  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  28.03 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  30.57 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  23.61 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0349  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  25 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  25.75 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  23.27 
 
 		 341 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  25.08 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  30.61 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  26.28 
 
 		 330 aa  59.3  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  28.57 
 
 		 342 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  27.12 
 
 		 351 aa  59.3  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  24.84 
 
 		 339 aa  59.3  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  24.92 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  23.75 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  22.22 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  28.93 
 
 		 342 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  28.11 
 
 		 349 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  27.85 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  24.84 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  27.62 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  25.68 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  23.27 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  29.13 
 
 		 345 aa  57  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  23.76 
 
 		 343 aa  57  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  25.73 
 
 		 379 aa  57  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>