294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4214 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4214  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 304 aa  582  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0151609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3199  putative nitrous-oxide reductase protein NosX  57.81 
 
 		 302 aa  260  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3326  hypothetical protein  57.39 
 
 		 300 aa  254  9e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.128315 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  42.22 
 
 		 330 aa  205  8e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0433  twin-arginine translocation pathway signal  46.82 
 
 		 333 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2356  ApbE family lipoprotein  43.96 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  44.13 
 
 		 344 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2856  ApbE family lipoprotein  43.14 
 
 		 330 aa  191  2e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3168  ApbE family lipoprotein  43.69 
 
 		 313 aa  189  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6013  nitrous oxide reductase accessory protein NosX (required for nitrous oxide reduction), ApbE-like lipoprotein  42.63 
 
 		 332 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.279768  normal  0.154991 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4341  ApbE family lipoprotein  44.76 
 
 		 336 aa  176  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1534  ApbE family lipoprotein  47.95 
 
 		 326 aa  167  1e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1333  ApbE family lipoprotein  47.03 
 
 		 325 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.254528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2415  ApbE family lipoprotein  45.59 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.410887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4867  ApbE family lipoprotein  42.8 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.307631  normal  0.1173 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0685  ApbE family lipoprotein  42.31 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0743531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2485  ApbE family lipoprotein  42.39 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3962  ApbE family lipoprotein  41.96 
 
 		 327 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  0.0354055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3618  ApbE family lipoprotein  46.15 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128321  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2638  ApbE family lipoprotein  34.26 
 
 		 344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6245  ApbE family lipoprotein  42.36 
 
 		 264 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  33.74 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  31.68 
 
 		 329 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  35.51 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  33.96 
 
 		 417 aa  108  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2693  ApbE family lipoprotein  34.75 
 
 		 352 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  28.51 
 
 		 330 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  30.8 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  31.25 
 
 		 335 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  28.2 
 
 		 323 aa  103  5e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  28.31 
 
 		 381 aa  102  6e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0536  ApbE family lipoprotein  34.06 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  31.69 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  33.98 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  29.76 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  35.21 
 
 		 362 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.99 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.65 
 
 		 361 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  27.05 
 
 		 339 aa  100  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  33.46 
 
 		 326 aa  99  8e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  33.71 
 
 		 345 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  26.77 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  31.2 
 
 		 349 aa  98.2  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  25.93 
 
 		 371 aa  97.4  3e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  27.86 
 
 		 350 aa  97.4  3e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  31.7 
 
 		 342 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  33.6 
 
 		 339 aa  94.4  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  32.22 
 
 		 326 aa  94.7  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  26.54 
 
 		 345 aa  94.4  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  29.21 
 
 		 341 aa  93.6  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  32.78 
 
 		 379 aa  93.6  4e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  27.22 
 
 		 348 aa  92.8  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  24.48 
 
 		 342 aa  92.4  8e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  37.18 
 
 		 332 aa  92.4  8e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  32.93 
 
 		 310 aa  90.9  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  26.27 
 
 		 360 aa  91.3  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  31.47 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  32.21 
 
 		 342 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  29.93 
 
 		 331 aa  90.9  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  31.25 
 
 		 349 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.01 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  28.21 
 
 		 380 aa  90.1  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  31.54 
 
 		 327 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1478  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.92 
 
 		 357 aa  89.4  7e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000175227  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1595  ApbE/NosX family protein  27.56 
 
 		 344 aa  89  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000126725  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  27.3 
 
 		 350 aa  89  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  32.27 
 
 		 355 aa  89  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  23.72 
 
 		 350 aa  88.6  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  31.54 
 
 		 335 aa  88.6  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  27.82 
 
 		 343 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  33.21 
 
 		 331 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  31.01 
 
 		 330 aa  87  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  27.61 
 
 		 370 aa  86.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  35.42 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  32.61 
 
 		 341 aa  86.3  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  26.12 
 
 		 338 aa  85.9  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  26.52 
 
 		 341 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  30.9 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0587  hypotehtical protein  27.41 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1342  ApbE family lipoprotein  28.62 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000274029  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  25.08 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  28.76 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  28.3 
 
 		 332 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  29.14 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  31.78 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  31.99 
 
 		 321 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  29.32 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0349  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  28.33 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  27.59 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  29.32 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  29.56 
 
 		 349 aa  83.6  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.32 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  29.86 
 
 		 349 aa  83.2  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1244  ApbE family lipoprotein  28.51 
 
 		 347 aa  82.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.75152  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  32.54 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  27.59 
 
 		 332 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.36 
 
 		 341 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  25.74 
 
 		 352 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  34.94 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0516  ApbE family lipoprotein  30.87 
 
 		 336 aa  82.4  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154508 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>