More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1683 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 304 aa  618  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  47.76 
 
 		 330 aa  247  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  47.47 
 
 		 300 aa  247  2e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  47.47 
 
 		 300 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  44.7 
 
 		 306 aa  239  5.999999999999999e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  46.1 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  46.42 
 
 		 275 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1884  ApbE family lipoprotein  48.25 
 
 		 300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.717042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3407  ApbE family lipoprotein  44.97 
 
 		 297 aa  235  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.935025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  45.42 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  45.42 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  44.07 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  45.08 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  45.89 
 
 		 275 aa  230  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  40.13 
 
 		 305 aa  228  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  46.53 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  42.31 
 
 		 279 aa  215  9e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  38.64 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2333  ApbE family lipoprotein  38.28 
 
 		 319 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00261528  normal  0.177607 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  41.75 
 
 		 322 aa  192  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  39.46 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  39.67 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  37.88 
 
 		 312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  34.65 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  35.25 
 
 		 336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  33.74 
 
 		 339 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  30.17 
 
 		 328 aa  125  8.000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  31.37 
 
 		 380 aa  124  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  32.96 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  32.96 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  30.74 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  30.31 
 
 		 308 aa  115  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 381 aa  112  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  31.52 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  29.82 
 
 		 309 aa  111  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  29.18 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  30.12 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.48 
 
 		 363 aa  109  7.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.18 
 
 		 341 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  34.12 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  28.83 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.06 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2563  ApbE family lipoprotein  30.55 
 
 		 329 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  28.29 
 
 		 345 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  34.52 
 
 		 386 aa  105  7e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  32.58 
 
 		 342 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.27 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  30.48 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  30.47 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  28.72 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  30.37 
 
 		 325 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  32.37 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  29.21 
 
 		 350 aa  100  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  30.87 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  32.95 
 
 		 344 aa  99.4  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  32.13 
 
 		 350 aa  99.4  6e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  31.08 
 
 		 326 aa  98.2  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.31 
 
 		 343 aa  99  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  27.8 
 
 		 335 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  28.78 
 
 		 342 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  30.83 
 
 		 355 aa  98.2  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  28.8 
 
 		 323 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  28.41 
 
 		 351 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  28.41 
 
 		 351 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  28.8 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0280  nosX protein  32.72 
 
 		 330 aa  97.4  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  30.22 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.41 
 
 		 351 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.41 
 
 		 351 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  28.41 
 
 		 351 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  30.12 
 
 		 345 aa  97.4  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3147  twin-arginine translocation pathway signal  30.69 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.41 
 
 		 351 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  30.12 
 
 		 359 aa  97.4  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.12 
 
 		 331 aa  97.4  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2093  ApbE family lipoprotein  27.78 
 
 		 333 aa  97.1  4e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.11656e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.04 
 
 		 351 aa  96.3  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  27.2 
 
 		 338 aa  96.3  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  29.55 
 
 		 338 aa  96.3  5e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  30.42 
 
 		 370 aa  96.7  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  32 
 
 		 343 aa  96.3  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  31.41 
 
 		 326 aa  96.3  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.5 
 
 		 361 aa  95.9  7e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  30.6 
 
 		 353 aa  95.9  7e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.04 
 
 		 351 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  27.05 
 
 		 337 aa  95.9  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  26.98 
 
 		 338 aa  95.9  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1971  ApbE family lipoprotein  27.27 
 
 		 392 aa  95.9  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.196908 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1182  ApbE family lipoprotein  32.72 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00699622  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  32.34 
 
 		 337 aa  94.7  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  27.96 
 
 		 374 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  29.45 
 
 		 347 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  29.31 
 
 		 379 aa  95.1  1e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  27.3 
 
 		 338 aa  95.1  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  30.3 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  30.15 
 
 		 345 aa  94.7  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>