More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3299 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  100 
 
 
359 aa  735    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  100 
 
 
331 aa  680    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  99.71 
 
 
345 aa  706    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  71.76 
 
 
343 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  66.14 
 
 
367 aa  426  1e-118  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  60.24 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  61.11 
 
 
334 aa  412  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  61.18 
 
 
345 aa  397  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  53.69 
 
 
341 aa  359  3e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  50.43 
 
 
349 aa  358  7e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  52.82 
 
 
347 aa  351  1e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  51.79 
 
 
348 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  51.79 
 
 
348 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  51.79 
 
 
348 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  51.79 
 
 
348 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  50.87 
 
 
374 aa  346  4e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  50.87 
 
 
374 aa  344  1e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  50.58 
 
 
374 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  50.3 
 
 
338 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  51.04 
 
 
347 aa  339  5e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  50.61 
 
 
343 aa  338  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  52.16 
 
 
350 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  50.62 
 
 
337 aa  333  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  48.83 
 
 
344 aa  333  4e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  51.1 
 
 
370 aa  331  1e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  49.7 
 
 
338 aa  328  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  51.04 
 
 
338 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  49.11 
 
 
338 aa  323  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  52.81 
 
 
350 aa  318  7.999999999999999e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  48.82 
 
 
337 aa  315  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  50.16 
 
 
341 aa  315  6e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  51.7 
 
 
355 aa  308  9e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  46.69 
 
 
349 aa  300  3e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  47.94 
 
 
348 aa  296  4e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  47.3 
 
 
348 aa  293  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  47.78 
 
 
343 aa  288  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.94 
 
 
353 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  43.21 
 
 
349 aa  282  5.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  43.06 
 
 
350 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  42.77 
 
 
350 aa  269  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  43.06 
 
 
350 aa  268  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  43.06 
 
 
350 aa  268  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  43.06 
 
 
350 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.62 
 
 
351 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.62 
 
 
351 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  41.62 
 
 
351 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  41.62 
 
 
351 aa  266  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.62 
 
 
351 aa  266  5e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  41.62 
 
 
351 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.33 
 
 
351 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.62 
 
 
351 aa  266  5e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  45.03 
 
 
349 aa  265  1e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  41.33 
 
 
351 aa  264  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  42.94 
 
 
337 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  42.24 
 
 
349 aa  255  8e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  40.6 
 
 
351 aa  251  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  43.37 
 
 
342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  44.12 
 
 
342 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  38.65 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  39.69 
 
 
338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  41.04 
 
 
337 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  42.63 
 
 
344 aa  233  5e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  40.45 
 
 
341 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  44.74 
 
 
348 aa  229  5e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  39.82 
 
 
361 aa  229  7e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  38.46 
 
 
332 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  38.83 
 
 
335 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  39.88 
 
 
343 aa  223  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  38.14 
 
 
332 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  36.75 
 
 
337 aa  220  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  41.04 
 
 
345 aa  206  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  35.12 
 
 
341 aa  204  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  37.14 
 
 
332 aa  203  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  38.14 
 
 
338 aa  199  5e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  37.65 
 
 
362 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  37.62 
 
 
327 aa  197  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  37.7 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0309  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  36.02 
 
 
337 aa  196  7e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.912952 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  37.58 
 
 
343 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  36.29 
 
 
347 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  38.51 
 
 
326 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  38.72 
 
 
326 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  36.92 
 
 
382 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  37.57 
 
 
391 aa  189  5.999999999999999e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  36.31 
 
 
382 aa  189  7e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  32.54 
 
 
352 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  37.98 
 
 
341 aa  186  7e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  35.35 
 
 
331 aa  183  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  33.13 
 
 
354 aa  183  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  40.28 
 
 
340 aa  182  7e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  35.58 
 
 
335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  34.85 
 
 
336 aa  172  9e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  35.94 
 
 
327 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  36.66 
 
 
323 aa  169  6e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  30.21 
 
 
334 aa  169  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  33.97 
 
 
329 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  33.76 
 
 
327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  31.35 
 
 
321 aa  166  8e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  38.03 
 
 
325 aa  165  9e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  38.03 
 
 
325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>