More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1691 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 338 aa  687    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  87.65 
 
 		 332 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  91.57 
 
 		 332 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  90.96 
 
 		 332 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  61.3 
 
 		 349 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  59.75 
 
 		 342 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  58.81 
 
 		 342 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  57.78 
 
 		 341 aa  378  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  55.86 
 
 		 337 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  50.62 
 
 		 327 aa  325  5e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  52.15 
 
 		 343 aa  325  6e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  39.47 
 
 		 337 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.14 
 
 		 334 aa  255  9e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  37.15 
 
 		 379 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.66 
 
 		 367 aa  251  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  37.62 
 
 		 350 aa  246  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  37.76 
 
 		 341 aa  242  5e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  36.88 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  36.79 
 
 		 338 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  36.51 
 
 		 338 aa  238  9e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  36.94 
 
 		 341 aa  238  9e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  36.42 
 
 		 338 aa  235  9e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  40.12 
 
 		 343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  39.51 
 
 		 345 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  39.69 
 
 		 359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  39.69 
 
 		 331 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  37.7 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  35.38 
 
 		 355 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  41.61 
 
 		 335 aa  232  8.000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  35.47 
 
 		 374 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  35.47 
 
 		 374 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  35.47 
 
 		 374 aa  230  2e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  35.8 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  35.8 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  35.8 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  35.8 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  41.86 
 
 		 362 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  37.81 
 
 		 344 aa  226  5.0000000000000005e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  36.69 
 
 		 345 aa  226  6e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  39.42 
 
 		 345 aa  225  7e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  35.17 
 
 		 347 aa  225  8e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  35.78 
 
 		 347 aa  225  9e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  34.81 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  35.59 
 
 		 349 aa  223  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  35.49 
 
 		 338 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  34.88 
 
 		 348 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  35.8 
 
 		 350 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  36.86 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.41 
 
 		 361 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  33.95 
 
 		 348 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  34.38 
 
 		 343 aa  216  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  32.93 
 
 		 349 aa  215  7e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  34.14 
 
 		 353 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  35.51 
 
 		 370 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  38.78 
 
 		 337 aa  212  5.999999999999999e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.47 
 
 		 351 aa  211  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.18 
 
 		 351 aa  209  5e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.18 
 
 		 351 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  32.18 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  32.18 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.18 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.18 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  32.18 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  33.33 
 
 		 352 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.9 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.94 
 
 		 351 aa  205  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  40.13 
 
 		 331 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  37.09 
 
 		 332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.05 
 
 		 350 aa  199  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.05 
 
 		 350 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.05 
 
 		 350 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.05 
 
 		 350 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.75 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  38.48 
 
 		 348 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  37.42 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.91 
 
 		 349 aa  192  7e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  34.44 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  36.62 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  31.16 
 
 		 341 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  30.82 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.79 
 
 		 382 aa  181  1e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  31.88 
 
 		 391 aa  180  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  32.75 
 
 		 382 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0984  ApbE family lipoprotein  36.83 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.174547 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  37.28 
 
 		 341 aa  176  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  30.5 
 
 		 336 aa  172  1e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  36.49 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3291  ApbE family lipoprotein  34.85 
 
 		 330 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.238915  normal  0.298446 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  33.44 
 
 		 340 aa  169  5e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  31.11 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0427  ApbE family lipoprotein  37.46 
 
 		 287 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.127952  normal  0.810308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  33.78 
 
 		 321 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  34.33 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  33.55 
 
 		 329 aa  162  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  34.98 
 
 		 327 aa  162  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  30.97 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  35.33 
 
 		 335 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  32.54 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  32.54 
 
 		 325 aa  159  6e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  34.98 
 
 		 327 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.224372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>