More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2455 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  100 
 
 		 348 aa  714    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  95.98 
 
 		 348 aa  667    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  80.23 
 
 		 349 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  79.25 
 
 		 353 aa  559  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3361  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  78.16 
 
 		 343 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  59.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  59.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  59.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  59.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  59.24 
 
 		 351 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  59.24 
 
 		 351 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  58.94 
 
 		 351 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  58.89 
 
 		 350 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  59.18 
 
 		 350 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  58.94 
 
 		 351 aa  412  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  58.94 
 
 		 351 aa  414  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  59.18 
 
 		 350 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  59.18 
 
 		 350 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  58.89 
 
 		 350 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  57.18 
 
 		 351 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  43.66 
 
 		 379 aa  311  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  43.77 
 
 		 334 aa  307  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  45.09 
 
 		 367 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  46.53 
 
 		 343 aa  303  3.0000000000000004e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  45.7 
 
 		 338 aa  299  5e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  42.9 
 
 		 343 aa  293  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  47.3 
 
 		 359 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  46.02 
 
 		 331 aa  293  4e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  47.3 
 
 		 345 aa  292  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  44.51 
 
 		 350 aa  290  4e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  42.32 
 
 		 338 aa  288  8e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  43.03 
 
 		 338 aa  286  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  42.48 
 
 		 338 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  41.16 
 
 		 337 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  42.14 
 
 		 347 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  44.65 
 
 		 341 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  42.14 
 
 		 374 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  41.84 
 
 		 374 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  43.53 
 
 		 345 aa  279  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  42.29 
 
 		 349 aa  279  6e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  42.18 
 
 		 348 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  42.18 
 
 		 348 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  42.18 
 
 		 348 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  42.18 
 
 		 348 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  41.54 
 
 		 374 aa  277  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  42.94 
 
 		 337 aa  276  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  40.65 
 
 		 347 aa  273  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  41.6 
 
 		 344 aa  271  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  43.77 
 
 		 350 aa  271  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  40.95 
 
 		 341 aa  266  4e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  43.41 
 
 		 355 aa  265  8e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  41.42 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  39.26 
 
 		 370 aa  257  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  39.25 
 
 		 349 aa  249  4e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  40.31 
 
 		 349 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  37.9 
 
 		 342 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  37.58 
 
 		 342 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  36.98 
 
 		 341 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  35.22 
 
 		 338 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  38.39 
 
 		 361 aa  227  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3863  ApbE-like lipoprotein  35.82 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  34.91 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  38.6 
 
 		 348 aa  216  5e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  33.64 
 
 		 332 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  35.03 
 
 		 341 aa  209  4e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0695  ApbE-like lipoprotein  34.62 
 
 		 337 aa  209  5e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  36.16 
 
 		 343 aa  209  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1713  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  37.54 
 
 		 326 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.732965  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1642  ApbE family lipoprotein  36.59 
 
 		 326 aa  197  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  38.38 
 
 		 344 aa  194  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3727  thiamine biosynthesis protein  36.74 
 
 		 345 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.351343 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  32.61 
 
 		 354 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  32.8 
 
 		 337 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5212  ApbE-like lipoprotein  32.4 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  30.79 
 
 		 352 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  30.79 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1900  ApbE-like lipoprotein  32.31 
 
 		 327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0470601  normal  0.0133899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  35.64 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  34.04 
 
 		 391 aa  178  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  33.12 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2816  ApbE-like lipoprotein  33.87 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  33.55 
 
 		 329 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2105  thiamine biosynthesis lipoprotein, putative  31.4 
 
 		 343 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0899  ApbE family protein  31.76 
 
 		 365 aa  169  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.624097  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1135  ApbE family lipoprotein  30.6 
 
 		 321 aa  169  5e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.930021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  32.42 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0309  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.01 
 
 		 337 aa  166  5e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.912952 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1391  ApbE family lipoprotein  34.75 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0161542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  34.48 
 
 		 341 aa  165  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2187  ApbE family lipoprotein  32.59 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2739  ApbE family lipoprotein  31.35 
 
 		 321 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  30.4 
 
 		 360 aa  163  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.54 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  31.75 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3636  ApbE-like lipoprotein  34.13 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  30.82 
 
 		 335 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  31.86 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3394  ApbE family lipoprotein  32.54 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  30.14 
 
 		 334 aa  149  6e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>