More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3816 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  100 
 
 		 304 aa  627  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  66.22 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  65.89 
 
 		 300 aa  401  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  65.31 
 
 		 301 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  65.65 
 
 		 301 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  65.99 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  65.31 
 
 		 301 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1884  ApbE family lipoprotein  66.67 
 
 		 300 aa  394  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.717042  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  68.35 
 
 		 275 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  62.93 
 
 		 298 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  66.19 
 
 		 275 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3407  ApbE family lipoprotein  59.18 
 
 		 297 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.935025  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  44.3 
 
 		 305 aa  255  6e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  47.86 
 
 		 279 aa  253  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  46.67 
 
 		 330 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  47.69 
 
 		 306 aa  242  3.9999999999999997e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  42.07 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  46.53 
 
 		 304 aa  222  7e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2333  ApbE family lipoprotein  39.72 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00261528  normal  0.177607 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  40.44 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  36.88 
 
 		 312 aa  181  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  38.63 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  37.23 
 
 		 322 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  34.2 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  34.7 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  35.45 
 
 		 331 aa  142  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.62 
 
 		 363 aa  132  5e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  33.22 
 
 		 328 aa  132  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  36.65 
 
 		 348 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  36.65 
 
 		 348 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  36.65 
 
 		 348 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  36.65 
 
 		 348 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  30.53 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  28.83 
 
 		 335 aa  129  7.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  31.82 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  33.74 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  31.84 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  36.71 
 
 		 341 aa  127  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  32.06 
 
 		 320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  35.75 
 
 		 347 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  31.46 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  28.22 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  32.22 
 
 		 350 aa  123  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  32.41 
 
 		 370 aa  123  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  31.14 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  32.16 
 
 		 308 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.19 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  37.02 
 
 		 374 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  37.02 
 
 		 374 aa  122  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  36.4 
 
 		 386 aa  122  8e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  37.7 
 
 		 337 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  37.02 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  35.87 
 
 		 338 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  33.04 
 
 		 371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  30.99 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  29.96 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  37.85 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  31.58 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  30.6 
 
 		 336 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  33.73 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  32.17 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  35.53 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  33.06 
 
 		 308 aa  119  9e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  35.14 
 
 		 338 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2878  ApbE family lipoprotein  36.74 
 
 		 348 aa  116  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2431  ApbE-like lipoprotein  30.74 
 
 		 382 aa  115  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.84 
 
 		 343 aa  115  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.96 
 
 		 343 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  37.68 
 
 		 331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  37.68 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  37.68 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  34.12 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  33.19 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  32.71 
 
 		 346 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  32.81 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34 
 
 		 361 aa  114  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.11 
 
 		 382 aa  113  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  35.1 
 
 		 347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0541  ApbE family lipoprotein  29.73 
 
 		 343 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  32.2 
 
 		 349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  33.33 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  35.06 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  35.89 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  30 
 
 		 338 aa  110  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.53 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  31.25 
 
 		 341 aa  109  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  30.04 
 
 		 332 aa  108  9.000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  30.2 
 
 		 380 aa  108  9.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0092  ApbE family lipoprotein  32.13 
 
 		 391 aa  108  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  35.78 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  30.08 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1686  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.7 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  32.8 
 
 		 362 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.73 
 
 		 350 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  31.25 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  28.52 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  30.91 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  29.33 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>