More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2350 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2350  ApbE family lipoprotein  100 
 
 
323 aa  657    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  91.85 
 
 
323 aa  597  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3494  ApbE family lipoprotein  60.87 
 
 
323 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.960386  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3125  ApbE family lipoprotein  61.95 
 
 
325 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.779525  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2557  ApbE family lipoprotein  58.57 
 
 
321 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0513612 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  41.42 
 
 
342 aa  267  2e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  44.21 
 
 
345 aa  252  5.000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0264  ApbE family lipoprotein  43.04 
 
 
320 aa  245  6.999999999999999e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.398879  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1081  ApbE family protein  39.54 
 
 
312 aa  235  6e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0283392  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0414  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  43.14 
 
 
325 aa  234  2.0000000000000002e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0146647  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05540  hypothetical protein  38.56 
 
 
323 aa  225  6e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0092  ApbE family lipoprotein  44.44 
 
 
308 aa  224  1e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025456  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0788  thiamine biosynthesis lipoprotein  43.87 
 
 
297 aa  224  1e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  34.92 
 
 
366 aa  220  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1746  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  44.11 
 
 
308 aa  216  4e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000775168  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2382  ApbE family protein  39.12 
 
 
305 aa  215  9e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  37.1 
 
 
360 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  36.56 
 
 
381 aa  206  5e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  34.75 
 
 
348 aa  199  5e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1499  ApbE family lipoprotein  34.95 
 
 
380 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152679  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1601  thiamine biosynthesis membrane-associated lipoprotein  33.33 
 
 
358 aa  187  2e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  32.99 
 
 
330 aa  185  8e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  32.68 
 
 
350 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1217  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  30.42 
 
 
361 aa  174  1.9999999999999998e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000151125  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.09 
 
 
363 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  36.92 
 
 
371 aa  167  2.9999999999999998e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.77 
 
 
343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  31.7 
 
 
316 aa  161  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  31.97 
 
 
353 aa  158  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2813  ApbE family lipoprotein  34.57 
 
 
308 aa  157  2e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000198345  hitchhiker  0.00117663 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00140  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.33 
 
 
313 aa  154  1e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.594186 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  35.25 
 
 
306 aa  152  8e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2654  ApbE family lipoprotein  34.44 
 
 
326 aa  150  4e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.131589 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  30.45 
 
 
386 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1117  ApbE family lipoprotein  31.5 
 
 
350 aa  145  9e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  31.23 
 
 
309 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  30.99 
 
 
346 aa  144  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  32.91 
 
 
339 aa  144  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05200  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.68 
 
 
332 aa  143  4e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.666118  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  29.15 
 
 
335 aa  143  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  28.28 
 
 
328 aa  141  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  34 
 
 
346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  34 
 
 
346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1484  ApbE family lipoprotein  30.51 
 
 
369 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0759035 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  30.74 
 
 
339 aa  139  7.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1338  ApbE family lipoprotein  31.88 
 
 
339 aa  138  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.337899  unclonable  0.00000141849 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  29.9 
 
 
315 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  32.68 
 
 
379 aa  137  3.0000000000000003e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  29.51 
 
 
336 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1144  ApbE family lipoprotein  30.92 
 
 
338 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.301499  normal  0.219283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  29.43 
 
 
351 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  32.85 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  31.01 
 
 
340 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  27.93 
 
 
355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1387  ApbE-like lipoprotein  32.04 
 
 
350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.184425  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1597  ApbE family lipoprotein  32.12 
 
 
308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21060  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.49 
 
 
320 aa  129  6e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  30.34 
 
 
340 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  26.87 
 
 
317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.71 
 
 
343 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  29.93 
 
 
331 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  28.21 
 
 
329 aa  125  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  31.06 
 
 
417 aa  124  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2093  ApbE family lipoprotein  30.77 
 
 
333 aa  124  3e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.11656e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.45 
 
 
337 aa  123  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  27.62 
 
 
370 aa  122  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1278  ApbE family lipoprotein  30.84 
 
 
389 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  28.04 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.38 
 
 
349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  28.06 
 
 
348 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  32.33 
 
 
310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3569  membrane protein  27.24 
 
 
336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  27.63 
 
 
338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1971  ApbE family lipoprotein  31.85 
 
 
392 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.196908 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  26.71 
 
 
351 aa  117  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  29.9 
 
 
362 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  30.16 
 
 
344 aa  116  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2232  ApbE family lipoprotein  29.48 
 
 
341 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1216  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.19 
 
 
336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.46 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3371  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  26.97 
 
 
353 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.891248  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.4 
 
 
350 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  26.24 
 
 
331 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.4 
 
 
350 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  30.74 
 
 
362 aa  113  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3196  ApbE-like lipoprotein  29.51 
 
 
344 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.764413  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.4 
 
 
350 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.34 
 
 
349 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  26.85 
 
 
338 aa  113  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  29.37 
 
 
298 aa  113  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3099  ApbE family lipoprotein  32.02 
 
 
320 aa  113  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  28.67 
 
 
349 aa  112  6e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5069  ApbE family lipoprotein  26.53 
 
 
336 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  26.43 
 
 
374 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  26.46 
 
 
338 aa  112  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.05 
 
 
350 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  29.8 
 
 
327 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  30.37 
 
 
312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.05 
 
 
350 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  26.13 
 
 
349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>