More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1178 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1178  ApbE family protein  100 
 
 		 299 aa  626  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023385 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  39.6 
 
 		 300 aa  240  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  39.6 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  41.18 
 
 		 302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1884  ApbE family lipoprotein  39.6 
 
 		 300 aa  235  7e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.717042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  40.83 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  40.83 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  40.48 
 
 		 301 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  41.2 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3816  ApbE family lipoprotein  42.07 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3407  ApbE family lipoprotein  43.21 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.935025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0574  ApbE-like lipoprotein  42.96 
 
 		 279 aa  226  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.963363  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  40.43 
 
 		 275 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1651  ApbE family lipoprotein  39.45 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  39.86 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  39.43 
 
 		 275 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2333  ApbE family lipoprotein  41.32 
 
 		 319 aa  203  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00261528  normal  0.177607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1898  ApbE family lipoprotein  37.54 
 
 		 330 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0683316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1683  ApbE family lipoprotein  38.64 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000335311  normal  0.588824 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1225  ApbE-like lipoprotein  37.81 
 
 		 322 aa  172  5e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.65797  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1563  carboxynorspermidine decarboxylase  34.86 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  35.34 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  34.78 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0427  ApbE-like lipoprotein  32.81 
 
 		 332 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.846061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  31.84 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  33.33 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.24 
 
 		 341 aa  125  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  29.67 
 
 		 350 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  29.6 
 
 		 374 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.13 
 
 		 361 aa  123  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  29.6 
 
 		 374 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  29.84 
 
 		 374 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  28.97 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  28.97 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  28.97 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  28.97 
 
 		 348 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.6 
 
 		 347 aa  122  9e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  31.4 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  31.58 
 
 		 355 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.37 
 
 		 363 aa  119  6e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  29.03 
 
 		 347 aa  119  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4070  ApbE family lipoprotein  30.6 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.785623  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  30.62 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.23 
 
 		 343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  24.81 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  27.24 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  29.47 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  27.35 
 
 		 345 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1874  ApbE family lipoprotein  29.43 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0211225  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2363  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.5 
 
 		 351 aa  116  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  30.74 
 
 		 350 aa  116  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.5 
 
 		 351 aa  116  6e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02141  predicted thiamine biosynthesis lipoprotein  30.89 
 
 		 351 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.912657  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1444  ApbE family lipoprotein  30.89 
 
 		 351 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.116267  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02100  hypothetical protein  30.89 
 
 		 351 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.873608  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3352  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.89 
 
 		 351 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0822228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1436  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.89 
 
 		 351 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.208237 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  28.06 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  29.92 
 
 		 370 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2513  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.89 
 
 		 351 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00204686  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  31.23 
 
 		 353 aa  115  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  31.85 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0725  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.89 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0827027  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3036  ApbE family lipoprotein  29.29 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000431252  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  27.55 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  27.76 
 
 		 336 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  28.96 
 
 		 343 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.96 
 
 		 350 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.96 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3991  ApbE family lipoprotein  29.1 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.96 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.96 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.96 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  29.63 
 
 		 354 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3758  ApbE family lipoprotein  29.58 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.390614  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  27.56 
 
 		 338 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  31.71 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  28.63 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  26.32 
 
 		 338 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  28.24 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  30.83 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  31.07 
 
 		 349 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  29.34 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  28.63 
 
 		 368 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  29.1 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.46 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  27.72 
 
 		 331 aa  106  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  27.72 
 
 		 345 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  27.72 
 
 		 359 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  32.84 
 
 		 349 aa  106  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5765  ApbE family lipoprotein  29.02 
 
 		 315 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.734986 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0982  ApbE family lipoprotein  31.54 
 
 		 353 aa  105  9e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2794  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  30.52 
 
 		 351 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.279837  normal  0.884521 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  28.51 
 
 		 379 aa  103  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5637  ApbE-like lipoprotein, membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis  33.48 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  29.41 
 
 		 362 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21260  thiamine biosynthesis lipoprotein  29.88 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  27.34 
 
 		 350 aa  103  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2128  ApbE family lipoprotein  28.42 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>