More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0041 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_0041  phosphoribulokinase/uridine kinase  100 
 
 		 554 aa  1136    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.448598  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1290  phosphoribulokinase/uridine kinase  52.46 
 
 		 547 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.297478  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1101  uridine kinase  50.18 
 
 		 557 aa  552  1e-156  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0332  phosphoribulokinase/uridine kinase  49.36 
 
 		 557 aa  548  1e-154  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10770  uridine kinase  50.09 
 
 		 549 aa  540  9.999999999999999e-153  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1435  AAA ATPase  47.87 
 
 		 552 aa  531  1e-149  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3519  phosphoribulokinase/uridine kinase  45.86 
 
 		 553 aa  481  1e-134  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0531  AAA ATPase  48.36 
 
 		 554 aa  481  1e-134  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.777332  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3162  phosphoribulokinase/uridine kinase  46.75 
 
 		 552 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1347  phosphoribulokinase / uridine kinase family protein  44.16 
 
 		 551 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1554  putative threonyl-tRNA synthetase/uridine kinase  43.78 
 
 		 551 aa  466  9.999999999999999e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.614355  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0176  phosphoribulokinase/uridine kinase  47.6 
 
 		 555 aa  464  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0833476  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0134  phosphoribulokinase/uridine kinase  43.42 
 
 		 558 aa  463  1e-129  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0178  phosphoribulokinase/uridine kinase  47.6 
 
 		 555 aa  464  1e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.871097  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1435  phosphoribulokinase/uridine kinase  42.86 
 
 		 553 aa  450  1e-125  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0031  phosphoribulokinase/uridine kinase  44.79 
 
 		 555 aa  451  1e-125  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1745  phosphoribulokinase family protein  44.34 
 
 		 529 aa  436  1e-121  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1361  AAA ATPase  42.62 
 
 		 547 aa  431  1e-119  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.762498  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1763  phosphoribulokinase/uridine kinase  42.57 
 
 		 559 aa  424  1e-117  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.295373  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2238  phosphoribulokinase/uridine kinase  42.08 
 
 		 567 aa  420  1e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.958517  normal  0.150287 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3054  phosphoribulokinase/uridine kinase  45 
 
 		 462 aa  395  1e-109  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2289  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  39.73 
 
 		 550 aa  364  2e-99  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0142692  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3852  cyclic nucleotide-binding protein  38.78 
 
 		 713 aa  341  2e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.108661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3723  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  38.06 
 
 		 714 aa  328  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3863  cyclic nucleotide-binding protein  37.41 
 
 		 715 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0623706  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3780  cyclic nucleotide-binding protein  37.77 
 
 		 715 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12201  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1669  threonyl-tRNA synthetase  34.87 
 
 		 637 aa  114  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000137846  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0185  threonyl-tRNA synthetase  27.78 
 
 		 639 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000179764  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2823  threonyl-tRNA synthetase  28.34 
 
 		 643 aa  100  6e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000177582  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1515  threonyl-tRNA synthetase  27.55 
 
 		 636 aa  99  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00436769  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0392  threonyl-tRNA synthetase  27.13 
 
 		 633 aa  97.4  6e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2639  threonyl-tRNA synthetase  28.93 
 
 		 644 aa  96.7  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.3159  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2614  threonyl-tRNA synthetase  32.93 
 
 		 644 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2243  threonyl-tRNA synthetase  32.93 
 
 		 644 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00594301  hitchhiker  0.00373508 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0427  threonyl-tRNA synthetase  33.74 
 
 		 640 aa  95.9  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0436469  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0801  threonyl-tRNA synthetase  30.81 
 
 		 647 aa  95.5  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00121365  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1399  threonyl-tRNA synthetase  32.91 
 
 		 635 aa  95.1  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00532167  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1320  threonyl-tRNA synthetase  30.06 
 
 		 637 aa  95.1  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.865645  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0829  threonyl-tRNA synthetase  30.06 
 
 		 640 aa  95.1  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.127421  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0993  threonyl-tRNA synthetase  32.91 
 
 		 635 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.31786  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1359  threonyl-tRNA synthetase  32.91 
 
 		 635 aa  95.1  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1475  threonyl-tRNA synthetase  32.91 
 
 		 635 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274744  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2061  threonyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 		 641 aa  95.1  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399726  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1452  threonyl-tRNA synthetase  32.91 
 
 		 635 aa  94.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0192845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1779  threonyl-tRNA synthetase  32.91 
 
 		 635 aa  94.7  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420901  normal  0.799245 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1612  threonyl-tRNA synthetase  30.1 
 
 		 635 aa  94.7  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000178172  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1478  threonyl-tRNA synthetase  32.32 
 
 		 660 aa  94.4  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000148351  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4615  threonyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 		 635 aa  94.4  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00961863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0707  threonyl-tRNA synthetase  28.92 
 
 		 644 aa  94.4  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00542671  normal  0.896215 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0725  threonyl-tRNA synthetase  29.94 
 
 		 638 aa  94  6e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0187  threonyl-tRNA synthetase  30.2 
 
 		 640 aa  94  6e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00194489  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05580  Threonyl-tRNA synthetase  29.08 
 
 		 646 aa  94  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.0000000000000588041  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0608  threonyl-tRNA synthetase  27.78 
 
 		 634 aa  93.6  8e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.769524  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2661  threonyl-tRNA synthetase  31.29 
 
 		 644 aa  93.6  8e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000386283  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5204  threonyl-tRNA synthetase  29.03 
 
 		 688 aa  93.6  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.144339 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0189  threonyl-tRNA synthetase  29.7 
 
 		 640 aa  93.6  9e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1300  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  33.74 
 
 		 639 aa  93.6  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1638  threonyl-tRNA synthetase  27.42 
 
 		 660 aa  92.8  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.360122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2308  threonyl-tRNA synthetase  28.21 
 
 		 636 aa  93.2  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.304156  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1990  threonyl-tRNA synthetase  28.06 
 
 		 636 aa  92.8  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0457996  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2230  threonyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 		 636 aa  92  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00712554 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0912  threonyl-tRNA synthetase  30.06 
 
 		 638 aa  92.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1228  threonyl-tRNA synthetase  27.55 
 
 		 635 aa  92  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000338672  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1327  threonyl-tRNA synthetase  30.3 
 
 		 636 aa  91.7  3e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0393085  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0984  threonyl-tRNA synthetase  27.23 
 
 		 644 aa  91.3  4e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.234013 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1415  threonyl-tRNA synthetase  31.9 
 
 		 660 aa  91.3  5e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000939714  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0043  threonyl-tRNA synthetase  28.14 
 
 		 649 aa  91.3  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2400  threonyl-tRNA synthetase  33.13 
 
 		 639 aa  90.9  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1448  threonyl-tRNA synthetase  33.13 
 
 		 639 aa  90.9  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3487  threonyl-tRNA synthetase  31.1 
 
 		 643 aa  90.5  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2401  threonyl-tRNA synthetase  28.06 
 
 		 634 aa  90.5  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.162517  normal  0.284009 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1558  threonyl-tRNA synthetase  31.65 
 
 		 635 aa  90.1  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2035  threonyl-tRNA synthetase  27.42 
 
 		 686 aa  89.7  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1010  threonyl-tRNA synthetase  28.83 
 
 		 640 aa  90.1  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3121  threonyl-tRNA synthetase  28.04 
 
 		 679 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1371  threonyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 		 635 aa  89.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2136  threonyl-tRNA synthetase  30.27 
 
 		 644 aa  89  2e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000263348  hitchhiker  0.00165189 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2668  threonyl-tRNA synthetase  31.1 
 
 		 652 aa  89.4  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.107403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1373  threonyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 		 645 aa  89  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000340223  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0797  threonyl-tRNA synthetase  31.9 
 
 		 652 aa  89  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0490  threonyl-tRNA synthetase  28.22 
 
 		 647 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00808985  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1669  threonyl-tRNA synthetase  28.66 
 
 		 681 aa  89.4  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115883  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2997  threonyl-tRNA synthetase  28.04 
 
 		 644 aa  89  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1924  threonyl-tRNA synthetase  27.53 
 
 		 675 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0331233 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2756  threonyl-tRNA synthetase  31.65 
 
 		 635 aa  88.6  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1411  threonyl-tRNA synthetase  26.53 
 
 		 645 aa  88.6  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000074774  normal  0.343495 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2595  threonyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 		 635 aa  88.6  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0768  threonyl-tRNA synthetase  31.36 
 
 		 641 aa  88.6  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.67512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2598  threonyl-tRNA synthetase  28.85 
 
 		 675 aa  88.2  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.311261 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2321  threonyl-tRNA synthetase  28.85 
 
 		 675 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.313721 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2393  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  28.93 
 
 		 644 aa  87.8  5e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.975747 
 
 
-
 
NC_004310  BR1071  threonyl-tRNA synthetase  27.44 
 
 		 658 aa  87  7e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1869  threonyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 646 aa  87.4  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130621  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7169  threonyl-tRNA synthetase  29.27 
 
 		 670 aa  87  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.308323  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3886  threonyl-tRNA synthetase  24.75 
 
 		 687 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2276  threonyl-tRNA synthetase  28.21 
 
 		 675 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.644859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1977  threonyl-tRNA synthetase  32.28 
 
 		 635 aa  86.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1450  threonyl-tRNA synthetase  31.01 
 
 		 643 aa  86.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2154  threonyl-tRNA synthetase  26.83 
 
 		 661 aa  86.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1712  threonyl-tRNA synthetase  31.65 
 
 		 635 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>