More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3886 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01688  threonyl-tRNA synthetase  50.77 
 
 		 642 aa  682    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0363313  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1923  threonyl-tRNA synthetase  50.77 
 
 		 642 aa  682    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000181503  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0963  threonyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 635 aa  745    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0747512  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2854  threonyl-tRNA synthetase  54.52 
 
 		 635 aa  717    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336987 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1515  threonyl-tRNA synthetase  49.23 
 
 		 636 aa  639    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00436769  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2465  threonyl-tRNA synthetase  51.72 
 
 		 640 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0641  threonyl-tRNA synthetase  68.7 
 
 		 658 aa  989    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5204  threonyl-tRNA synthetase  87.22 
 
 		 688 aa  1254    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.144339 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06531  threonyl-tRNA synthetase  48.16 
 
 		 638 aa  644    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.218915  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0693  threonyl-tRNA synthetase  55.32 
 
 		 638 aa  716    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.287981  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0978  threonyl-tRNA synthetase  53.43 
 
 		 633 aa  718    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1577  threonyl-tRNA synthetase  57.7 
 
 		 635 aa  755    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0851  threonyl-tRNA synthetase  57.06 
 
 		 646 aa  773    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18621  threonyl-tRNA synthetase  50.78 
 
 		 640 aa  689    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.450861 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2909  threonyl-tRNA synthetase  50.47 
 
 		 636 aa  677    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2400  threonyl-tRNA synthetase  55.03 
 
 		 639 aa  697    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459202  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1071  threonyl-tRNA synthetase  72.04 
 
 		 658 aa  1007    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2299  threonyl-tRNA synthetase  52.01 
 
 		 642 aa  677    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2378  threonyl-tRNA synthetase  52.26 
 
 		 640 aa  687    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.423573  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06231  threonyl-tRNA synthetase  48 
 
 		 638 aa  643    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1888  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  54.42 
 
 		 635 aa  702    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0150098 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2032  threonyl-tRNA synthetase  51.6 
 
 		 642 aa  666    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0621532  hitchhiker  0.0000404638 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0202  threonyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 635 aa  745    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00540019  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0829  threonyl-tRNA synthetase  54.46 
 
 		 640 aa  724    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.127421  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2039  threonyl-tRNA synthetase  57.36 
 
 		 646 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1096  threonyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 635 aa  745    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869704  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2770  threonyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 		 637 aa  687    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2643  threonyl-tRNA synthetase  52.02 
 
 		 637 aa  689    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2162  threonyl-tRNA synthetase  51.77 
 
 		 640 aa  682    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.749908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2098  threonyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 644 aa  677    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000824061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2677  threonyl-tRNA synthetase / Ser-tRNA(Thr) hydrolase  55.37 
 
 		 638 aa  723    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.123605 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0033  threonyl-tRNA synthetase  49.69 
 
 		 641 aa  679    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.611945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1275  threonyl-tRNA synthetase  56.59 
 
 		 635 aa  753    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.966183  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0934  threonyl-tRNA synthetase  50.08 
 
 		 633 aa  689    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.026136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1007  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  57.25 
 
 		 637 aa  749    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.245371  normal  0.0129716 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2035  threonyl-tRNA synthetase  82.89 
 
 		 686 aa  1194    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06531  threonyl-tRNA synthetase  49.61 
 
 		 640 aa  679    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1890  threonyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 635 aa  745    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.190857  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1140  threonyl-tRNA synthetase  49.37 
 
 		 644 aa  638    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000099925  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1931  threonyl-tRNA synthetase  51.45 
 
 		 640 aa  662    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0385  threonyl-tRNA synthetase  57.36 
 
 		 646 aa  776    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.752042  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1724  threonyl-tRNA synthetase  51.25 
 
 		 642 aa  680    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0116827  normal  0.392039 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4615  threonyl-tRNA synthetase  54.74 
 
 		 635 aa  733    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00961863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2859  threonyl-tRNA synthetase  51.86 
 
 		 639 aa  687    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.248456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1411  threonyl-tRNA synthetase  49.24 
 
 		 645 aa  637    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000074774  normal  0.343495 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1976  threonyl-tRNA synthetase  51.64 
 
 		 640 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30647  normal  0.0664699 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1667  threonyl-tRNA synthetase  48.53 
 
 		 642 aa  665    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.301446  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0942  threonyl-tRNA synthetase  49.76 
 
 		 642 aa  648    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484442  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2196  threonyl-tRNA synthetase  60.03 
 
 		 640 aa  816    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.163846  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0597  threonyl-tRNA synthetase  47.99 
 
 		 638 aa  646    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.56327  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0487  threonyl-tRNA synthetase  53.42 
 
 		 638 aa  713    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.348528  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3487  threonyl-tRNA synthetase  60.62 
 
 		 643 aa  827    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2746  threonyl-tRNA synthetase  53.99 
 
 		 690 aa  714    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.180783 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2595  threonyl-tRNA synthetase  56.56 
 
 		 635 aa  744    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1712  threonyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 635 aa  745    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713127  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2168  threonyl-tRNA synthetase  93.15 
 
 		 661 aa  1297    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.762302  normal  0.0294607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0204  threonyl-tRNA synthetase  54.98 
 
 		 664 aa  713    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0294  threonyl-tRNA synthetase  50.16 
 
 		 637 aa  646    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0006  threonyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 633 aa  690    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.999215  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1098  threonyl-tRNA synthetase  54.35 
 
 		 648 aa  733    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00129909  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1336  threonyl-tRNA synthetase  53.6 
 
 		 669 aa  712    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1577  threonyl-tRNA synthetase  53.34 
 
 		 636 aa  712    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.219126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3121  threonyl-tRNA synthetase  86.67 
 
 		 679 aa  1219    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2003  threonyl-tRNA synthetase  55.4 
 
 		 635 aa  729    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00562927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2102  threonyl-tRNA synthetase  54.9 
 
 		 635 aa  713    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.692107  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1371  threonyl-tRNA synthetase  54.53 
 
 		 635 aa  727    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1705  threonyl-tRNA synthetase  50.81 
 
 		 642 aa  667    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0371819  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3261  threonyl-tRNA synthetase  90.68 
 
 		 687 aa  1318    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.565813  normal  0.0408031 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1799  threonyl-tRNA synthetase / Ser-tRNA(Thr) hydrolase  50.54 
 
 		 632 aa  675    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.302616  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1669  threonyl-tRNA synthetase  82.69 
 
 		 681 aa  1191    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115883  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2417  threonyl-tRNA synthetase  50.54 
 
 		 644 aa  681    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00010604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1160  threonyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 		 635 aa  754    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.139321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1735  threonyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 635 aa  745    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261137  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2018  threonyl-tRNA synthetase  51.21 
 
 		 642 aa  674    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000164437  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1539  threonyl-tRNA synthetase  56.41 
 
 		 635 aa  745    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1721  threonyl-tRNA synthetase  56.88 
 
 		 648 aa  767    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0692  threonyl-tRNA synthetase  53.75 
 
 		 667 aa  695    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.86772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0993  threonyl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 635 aa  731    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.31786  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06621  threonyl-tRNA synthetase  48.1 
 
 		 638 aa  653    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.296705  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2499  threonyl-tRNA synthetase  51.62 
 
 		 638 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0219257  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1007  threonyl-tRNA synthetase  73.77 
 
 		 656 aa  1038    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.585418  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3089  threonyl-tRNA synthetase  52.23 
 
 		 639 aa  664    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.345995  normal  0.0971389 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0844  threonyl-tRNA synthetase  49.84 
 
 		 642 aa  647    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1955  threonyl-tRNA synthetase  52.01 
 
 		 642 aa  676    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000861339  normal  0.340559 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2021  threonyl-tRNA synthetase  52.17 
 
 		 642 aa  674    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0151437  normal  0.0679206 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0768  threonyl-tRNA synthetase  52.34 
 
 		 641 aa  708    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.67512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2028  threonyl-tRNA synthetase  51.13 
 
 		 642 aa  668    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.455146  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1035  threonyl-tRNA synthetase  71.88 
 
 		 693 aa  1004    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.233676  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2393  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  59.17 
 
 		 644 aa  803    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.975747 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1359  threonyl-tRNA synthetase  55.05 
 
 		 635 aa  731    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28650  threonyl-tRNA synthetase  52.26 
 
 		 640 aa  693    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000737785 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0427  threonyl-tRNA synthetase  51.64 
 
 		 640 aa  694    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0436469  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2061  threonyl-tRNA synthetase  52.21 
 
 		 641 aa  685    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1475  threonyl-tRNA synthetase  54.59 
 
 		 635 aa  731    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274744  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2148  threonyl-tRNA synthetase  51.37 
 
 		 642 aa  674    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00500642  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0363  threonyl-tRNA synthetase  49.07 
 
 		 648 aa  639    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0255987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2043  threonyl-tRNA synthetase  52.01 
 
 		 642 aa  676    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000275607  normal  0.0123196 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2219  threonyl-tRNA synthetase  50.73 
 
 		 635 aa  669    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00166056  normal  0.0562711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0955  threonyl-tRNA synthetase  57.71 
 
 		 648 aa  776    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.843203  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1765  threonyl-tRNA synthetase  50.31 
 
 		 642 aa  680    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0145935  normal  0.0322125 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>