More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3162 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_3162  phosphoribulokinase/uridine kinase  100 
 
 
552 aa  1129    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1290  phosphoribulokinase/uridine kinase  50.73 
 
 
547 aa  545  1e-154  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.297478  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0332  phosphoribulokinase/uridine kinase  50.93 
 
 
557 aa  528  1e-148  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10770  uridine kinase  48.17 
 
 
549 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1435  AAA ATPase  46.98 
 
 
552 aa  498  1e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0531  AAA ATPase  50 
 
 
554 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.777332  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0134  phosphoribulokinase/uridine kinase  46.04 
 
 
558 aa  485  1e-135  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0041  phosphoribulokinase/uridine kinase  46.75 
 
 
554 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.448598  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1347  phosphoribulokinase / uridine kinase family protein  45.64 
 
 
551 aa  470  1.0000000000000001e-131  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0178  phosphoribulokinase/uridine kinase  46.7 
 
 
555 aa  462  1e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.871097  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1554  putative threonyl-tRNA synthetase/uridine kinase  45.11 
 
 
551 aa  462  1e-129  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.614355  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0176  phosphoribulokinase/uridine kinase  46.7 
 
 
555 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0833476  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3519  phosphoribulokinase/uridine kinase  44.32 
 
 
553 aa  461  9.999999999999999e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1101  uridine kinase  44.22 
 
 
557 aa  454  1.0000000000000001e-126  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1435  phosphoribulokinase/uridine kinase  46.04 
 
 
553 aa  451  1e-125  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1745  phosphoribulokinase family protein  41.96 
 
 
529 aa  422  1e-117  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1763  phosphoribulokinase/uridine kinase  42.29 
 
 
559 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.295373  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2238  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.76 
 
 
567 aa  410  1e-113  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.958517  normal  0.150287 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1361  AAA ATPase  41.44 
 
 
547 aa  402  1e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.762498  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0031  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.11 
 
 
555 aa  391  1e-107  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2289  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  39.07 
 
 
550 aa  366  1e-100  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0142692  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3054  phosphoribulokinase/uridine kinase  40.66 
 
 
462 aa  350  5e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3852  cyclic nucleotide-binding protein  34.42 
 
 
713 aa  299  7e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.108661  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3723  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.63 
 
 
714 aa  276  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3863  cyclic nucleotide-binding protein  33.15 
 
 
715 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0623706  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3780  cyclic nucleotide-binding protein  33.21 
 
 
715 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12201  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1228  threonyl-tRNA synthetase  27.35 
 
 
635 aa  88.6  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000338672  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2003  threonyl-tRNA synthetase  27.57 
 
 
635 aa  87.8  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00562927  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2614  threonyl-tRNA synthetase  28.04 
 
 
644 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2243  threonyl-tRNA synthetase  28.04 
 
 
644 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00594301  hitchhiker  0.00373508 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0912  threonyl-tRNA synthetase  26.17 
 
 
638 aa  84.7  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2145  threonyl-tRNA synthetase  26.99 
 
 
639 aa  83.6  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0693  threonyl-tRNA synthetase  25.7 
 
 
638 aa  81.6  0.00000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.287981  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05580  Threonyl-tRNA synthetase  26.01 
 
 
646 aa  81.3  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.0000000000000588041  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2222  threonyl-tRNA synthetase  27.1 
 
 
639 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2388  threonyl-tRNA synthetase  27.1 
 
 
639 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1612  threonyl-tRNA synthetase  26.79 
 
 
635 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000178172  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2161  threonyl-tRNA synthetase  27.1 
 
 
639 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.820955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2405  threonyl-tRNA synthetase  27.1 
 
 
639 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2419  threonyl-tRNA synthetase  27.1 
 
 
640 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4691  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.88699e-59 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4701  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000566692  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4707  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000334194  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4472  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.419718  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4307  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00228432  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4318  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0311311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4685  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00204863  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4820  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
645 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00851939  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2219  threonyl-tRNA synthetase  28.27 
 
 
635 aa  78.6  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00166056  normal  0.0562711 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2354  threonyl-tRNA synthetase  26.64 
 
 
640 aa  77.8  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2136  threonyl-tRNA synthetase  25.13 
 
 
644 aa  77.4  0.0000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000263348  hitchhiker  0.00165189 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3262  threonyl-tRNA synthetase  26.24 
 
 
643 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00002753  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4407  threonyl-tRNA synthetase  26.91 
 
 
645 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00383919  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1448  threonyl-tRNA synthetase  23.47 
 
 
639 aa  76.6  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2102  threonyl-tRNA synthetase  25.71 
 
 
635 aa  76.3  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.692107  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2489  threonyl-tRNA synthetase  26.64 
 
 
639 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.952507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0552  threonyl-tRNA synthetase  26.91 
 
 
645 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000171694  unclonable  1.90469e-25 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1373  threonyl-tRNA synthetase  27.5 
 
 
645 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000340223  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0185  threonyl-tRNA synthetase  26.5 
 
 
639 aa  75.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000179764  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1300  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  25.11 
 
 
639 aa  75.5  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0424  threonyl-tRNA synthetase  27.8 
 
 
644 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000699319  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2400  threonyl-tRNA synthetase  23 
 
 
639 aa  75.9  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459202  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2823  threonyl-tRNA synthetase  25.42 
 
 
643 aa  75.9  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000177582  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1515  threonyl-tRNA synthetase  23.77 
 
 
636 aa  75.5  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00436769  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0768  threonyl-tRNA synthetase  24.02 
 
 
641 aa  75.5  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.67512  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2061  threonyl-tRNA synthetase  27.6 
 
 
641 aa  74.3  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.399726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2973  threonyl-tRNA synthetase  25.7 
 
 
640 aa  73.9  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0189  threonyl-tRNA synthetase  26.73 
 
 
640 aa  72.8  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0187  threonyl-tRNA synthetase  26.73 
 
 
640 aa  72.8  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00194489  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3025  threonyl-tRNA synthetase  23.36 
 
 
638 aa  72.4  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2308  threonyl-tRNA synthetase  21.97 
 
 
636 aa  72.4  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.304156  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0829  threonyl-tRNA synthetase  21.5 
 
 
640 aa  71.6  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.127421  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1418  threonyl-tRNA synthetase  25 
 
 
638 aa  72  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102997  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1281  uridine kinase  26.79 
 
 
209 aa  71.6  0.00000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2193  threonyl-tRNA synthetase  25.23 
 
 
639 aa  71.2  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1411  threonyl-tRNA synthetase  24.66 
 
 
645 aa  71.6  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000074774  normal  0.343495 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4736  threonyl-tRNA synthetase  28.3 
 
 
659 aa  71.2  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.556159 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1384  threonyl-tRNA synthetase  25.63 
 
 
635 aa  71.2  0.00000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000717334  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1320  threonyl-tRNA synthetase  23.66 
 
 
637 aa  71.2  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.865645  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1385  uridine kinase  29.35 
 
 
209 aa  70.9  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1888  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  24.77 
 
 
635 aa  70.5  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0150098 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2854  threonyl-tRNA synthetase  24.76 
 
 
635 aa  70.5  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0336987 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1450  threonyl-tRNA synthetase  23.47 
 
 
643 aa  70.1  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1140  threonyl-tRNA synthetase  24.12 
 
 
644 aa  70.5  0.00000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000099925  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1160  threonyl-tRNA synthetase  23.36 
 
 
635 aa  69.7  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.139321  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1089  threonyl-tRNA synthetase  23.32 
 
 
635 aa  70.1  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00500732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4616  threonyl-tRNA synthetase  25.23 
 
 
643 aa  70.1  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213357 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0033  threonyl-tRNA synthetase  27.31 
 
 
641 aa  68.9  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.611945  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1667  threonyl-tRNA synthetase  23.96 
 
 
642 aa  69.3  0.0000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.301446  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2417  threonyl-tRNA synthetase  23.56 
 
 
644 aa  68.9  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00010604  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2859  threonyl-tRNA synthetase  24.6 
 
 
639 aa  68.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.248456  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1493  uridine kinase  28.38 
 
 
196 aa  68.6  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.54247 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1010  threonyl-tRNA synthetase  20.56 
 
 
640 aa  68.6  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0623  threonyl-tRNA synthetase  25 
 
 
662 aa  68.2  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1759  threonyl-tRNA synthetase  23.04 
 
 
633 aa  67.8  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000991077  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2628  threonyl-tRNA synthetase  23.36 
 
 
645 aa  68.2  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000255721  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1669  threonyl-tRNA synthetase  23.15 
 
 
637 aa  67.8  0.0000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000137846  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1767  threonyl-tRNA synthetase  25.23 
 
 
640 aa  67.4  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2230  threonyl-tRNA synthetase  23.88 
 
 
636 aa  67.4  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00712554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3089  threonyl-tRNA synthetase  22.54 
 
 
639 aa  67  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.345995  normal  0.0971389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>