More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2289 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2289  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  100 
 
 		 550 aa  1130    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0142692  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0332  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.17 
 
 		 557 aa  418  9.999999999999999e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1290  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.56 
 
 		 547 aa  410  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.297478  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1435  AAA ATPase  40.7 
 
 		 552 aa  412  1e-113  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10770  uridine kinase  44.19 
 
 		 549 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3519  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.5 
 
 		 553 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0531  AAA ATPase  42.72 
 
 		 554 aa  408  1.0000000000000001e-112  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.777332  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2238  phosphoribulokinase/uridine kinase  39.89 
 
 		 567 aa  403  1e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.958517  normal  0.150287 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1361  AAA ATPase  38.94 
 
 		 547 aa  388  1e-106  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.762498  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0176  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.68 
 
 		 555 aa  378  1e-103  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0833476  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0178  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.68 
 
 		 555 aa  378  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.871097  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1763  phosphoribulokinase/uridine kinase  41.5 
 
 		 559 aa  375  1e-102  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.295373  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0134  phosphoribulokinase/uridine kinase  38.53 
 
 		 558 aa  370  1e-101  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0031  phosphoribulokinase/uridine kinase  39.3 
 
 		 555 aa  368  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3162  phosphoribulokinase/uridine kinase  39.07 
 
 		 552 aa  366  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0041  phosphoribulokinase/uridine kinase  39.73 
 
 		 554 aa  364  2e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.448598  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1435  phosphoribulokinase/uridine kinase  38.88 
 
 		 553 aa  361  2e-98  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1745  phosphoribulokinase family protein  38.25 
 
 		 529 aa  356  7.999999999999999e-97  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1101  uridine kinase  39.3 
 
 		 557 aa  355  1e-96  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1554  putative threonyl-tRNA synthetase/uridine kinase  38.52 
 
 		 551 aa  351  2e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.614355  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1347  phosphoribulokinase / uridine kinase family protein  38.33 
 
 		 551 aa  349  6e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3054  phosphoribulokinase/uridine kinase  36.49 
 
 		 462 aa  279  9e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3852  cyclic nucleotide-binding protein  34.54 
 
 		 713 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.108661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3723  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  33.27 
 
 		 714 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3780  cyclic nucleotide-binding protein  33.21 
 
 		 715 aa  246  9e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12201  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3863  cyclic nucleotide-binding protein  33.21 
 
 		 715 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0623706  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0623  threonyl-tRNA synthetase  30.37 
 
 		 662 aa  94.7  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1759  threonyl-tRNA synthetase  30.57 
 
 		 633 aa  89.7  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000991077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0189  threonyl-tRNA synthetase  29.95 
 
 		 640 aa  89  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1327  threonyl-tRNA synthetase  28.79 
 
 		 636 aa  89  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0393085  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0187  threonyl-tRNA synthetase  29.95 
 
 		 640 aa  88.6  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00194489  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0427  threonyl-tRNA synthetase  29.74 
 
 		 640 aa  84.3  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0436469  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2400  threonyl-tRNA synthetase  28.09 
 
 		 639 aa  84.3  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05580  Threonyl-tRNA synthetase  27.64 
 
 		 646 aa  84.3  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.0000000000000588041  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1160  threonyl-tRNA synthetase  30.1 
 
 		 635 aa  84  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.139321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0768  threonyl-tRNA synthetase  29.02 
 
 		 641 aa  84  0.000000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.67512  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0693  threonyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 		 638 aa  83.6  0.000000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.287981  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1448  threonyl-tRNA synthetase  29.59 
 
 		 639 aa  83.6  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02079  threonyl-tRNA synthetase  27.41 
 
 		 642 aa  82  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1336  threonyl-tRNA synthetase  28.79 
 
 		 669 aa  80.9  0.00000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1228  threonyl-tRNA synthetase  28.06 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000338672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0963  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0747512  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0912  threonyl-tRNA synthetase  26.29 
 
 		 638 aa  80.5  0.00000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1096  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869704  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1539  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1890  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.190857  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1712  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713127  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0942  threonyl-tRNA synthetase  27.41 
 
 		 642 aa  80.5  0.00000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000484442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1735  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261137  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0202  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00540019  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003716  threonyl-tRNA synthetase  29.61 
 
 		 642 aa  80.1  0.00000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000263633  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1888  Ser-tRNA(Thr) hydrolase / threonyl-tRNA synthetase  28.21 
 
 		 635 aa  80.1  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0150098 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18621  threonyl-tRNA synthetase  25.64 
 
 		 640 aa  79.7  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.450861 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4615  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 635 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00961863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0424  threonyl-tRNA synthetase  28.87 
 
 		 644 aa  79.7  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000699319  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0711  threonyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 		 647 aa  79.3  0.0000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1669  threonyl-tRNA synthetase  28.06 
 
 		 637 aa  79  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000137846  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1320  threonyl-tRNA synthetase  27.45 
 
 		 637 aa  79.3  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.865645  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4616  threonyl-tRNA synthetase  29.15 
 
 		 643 aa  79.3  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213357 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2595  threonyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 635 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0844  threonyl-tRNA synthetase  29.61 
 
 		 642 aa  79.3  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2805  threonyl-tRNA synthetase  29.35 
 
 		 633 aa  79.3  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1330  uridine kinase  30.54 
 
 		 212 aa  79.3  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.60785 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1647  threonyl-tRNA synthetase  29.74 
 
 		 635 aa  79  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0710025 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2196  threonyl-tRNA synthetase  25.93 
 
 		 640 aa  78.6  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.163846  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2354  threonyl-tRNA synthetase  28.21 
 
 		 640 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1612  threonyl-tRNA synthetase  28.33 
 
 		 635 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000178172  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2854  threonyl-tRNA synthetase  27.92 
 
 		 635 aa  77.8  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336987 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1977  threonyl-tRNA synthetase  29.23 
 
 		 635 aa  78.2  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1275  threonyl-tRNA synthetase  29.08 
 
 		 635 aa  78.2  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.966183  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2057  threonyl-tRNA synthetase  31.79 
 
 		 634 aa  78.2  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000136416  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0993  threonyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 635 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.31786  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1452  threonyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 635 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0192845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1475  threonyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 635 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0274744  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2973  threonyl-tRNA synthetase  27.69 
 
 		 640 aa  77.8  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.617243 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2368  threonyl-tRNA synthetase  26.98 
 
 		 644 aa  77.8  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.642893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2175  threonyl-tRNA synthetase  25 
 
 		 648 aa  77.8  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2859  threonyl-tRNA synthetase  27.04 
 
 		 639 aa  77.8  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.248456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2489  threonyl-tRNA synthetase  28.21 
 
 		 639 aa  77.4  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.952507  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2102  threonyl-tRNA synthetase  27.41 
 
 		 635 aa  77.4  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.692107  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1478  threonyl-tRNA synthetase  28.65 
 
 		 660 aa  77.4  0.0000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000148351  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2222  threonyl-tRNA synthetase  27.69 
 
 		 639 aa  77.4  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2388  threonyl-tRNA synthetase  27.69 
 
 		 639 aa  77.4  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1371  threonyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 		 635 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1415  threonyl-tRNA synthetase  26.76 
 
 		 643 aa  77  0.0000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000260393 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2419  threonyl-tRNA synthetase  27.69 
 
 		 640 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1870  threonyl-tRNA synthetase  28.75 
 
 		 635 aa  77  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47552  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1779  threonyl-tRNA synthetase  26.67 
 
 		 635 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420901  normal  0.799245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1399  threonyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 		 635 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00532167  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2145  threonyl-tRNA synthetase  27.69 
 
 		 639 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2756  threonyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 		 635 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1140  threonyl-tRNA synthetase  27.6 
 
 		 644 aa  76.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000099925  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1221  threonyl-tRNA synthetase  28.21 
 
 		 647 aa  76.3  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.001104  hitchhiker  0.00620187 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1359  threonyl-tRNA synthetase  26.15 
 
 		 635 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2181  threonyl-tRNA synthetase  28.79 
 
 		 646 aa  76.3  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01383  threonyl-tRNA synthetase  28.26 
 
 		 649 aa  76.3  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02485  threonyl-tRNA synthetase  26.37 
 
 		 638 aa  76.3  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163148  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2161  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 639 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.820955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2405  threonyl-tRNA synthetase  27.18 
 
 		 639 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3262  threonyl-tRNA synthetase  28.57 
 
 		 643 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00002753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>