More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1189 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1189  transcription termination factor  100 
 
 		 424 aa  862    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000172016  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1215  transcription termination factor Rho  98.35 
 
 		 424 aa  849    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000539864  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  66.35 
 
 		 445 aa  567  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  65.87 
 
 		 444 aa  563  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  63.74 
 
 		 420 aa  549  1e-155  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  63.64 
 
 		 416 aa  550  1e-155  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  61.67 
 
 		 642 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  58.55 
 
 		 434 aa  488  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2875  transcription termination factor Rho  57.45 
 
 		 414 aa  478  1e-133  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000596182  hitchhiker  0.0000000051711 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  55.92 
 
 		 424 aa  471  1e-132  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  59.01 
 
 		 457 aa  471  1e-132  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1356  transcription termination factor Rho  63.76 
 
 		 417 aa  471  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00013646  hitchhiker  0.000000585861 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 		 450 aa  474  1e-132  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  56.04 
 
 		 436 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18010  transcription termination factor Rho  56.49 
 
 		 418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2157  transcription termination factor Rho  55.45 
 
 		 438 aa  462  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.894966  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  55.21 
 
 		 424 aa  464  1e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2195  transcription termination factor Rho  55.45 
 
 		 438 aa  462  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.00569958  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  55.18 
 
 		 423 aa  455  1e-127  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  55.18 
 
 		 423 aa  456  1e-127  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  55.18 
 
 		 423 aa  456  1e-127  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  54.94 
 
 		 423 aa  455  1e-127  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  54.94 
 
 		 423 aa  455  1e-127  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  55.18 
 
 		 423 aa  455  1e-127  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  53.66 
 
 		 425 aa  457  1e-127  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  55.18 
 
 		 423 aa  456  1e-127  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5181  transcription termination factor Rho  54.94 
 
 		 423 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21574  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1393  transcription termination factor Rho  53.33 
 
 		 423 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.107129  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  52.39 
 
 		 415 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5575  transcription termination factor Rho  54.94 
 
 		 423 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000155129  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  52.4 
 
 		 415 aa  454  1.0000000000000001e-126  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  52.26 
 
 		 437 aa  452  1.0000000000000001e-126  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2174  transcription termination factor Rho  56.58 
 
 		 653 aa  454  1.0000000000000001e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000672374  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1728  transcription termination factor Rho  54.74 
 
 		 438 aa  451  1e-125  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00025665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  52.15 
 
 		 415 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  54.46 
 
 		 423 aa  449  1e-125  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  54.94 
 
 		 423 aa  451  1e-125  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  53.21 
 
 		 418 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  51.91 
 
 		 415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  52.15 
 
 		 415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  52.39 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  52.52 
 
 		 548 aa  442  1e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  51.44 
 
 		 415 aa  443  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  53.27 
 
 		 415 aa  442  1e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3376  transcription termination factor Rho  58.04 
 
 		 690 aa  442  1e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000138614  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  52.26 
 
 		 420 aa  444  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  50.96 
 
 		 415 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  53.14 
 
 		 414 aa  439  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0089  transcription termination factor Rho  55.07 
 
 		 508 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000346786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  51.2 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  52.86 
 
 		 418 aa  440  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  53.03 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  52.86 
 
 		 418 aa  440  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2173  transcription termination factor Rho  58.2 
 
 		 492 aa  441  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  51.54 
 
 		 418 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3656  transcription termination factor Rho  52.38 
 
 		 419 aa  435  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.04416  normal  0.624434 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  51.54 
 
 		 418 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  52.13 
 
 		 419 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  52.51 
 
 		 416 aa  432  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2402  transcription termination factor Rho  54.61 
 
 		 429 aa  434  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  52.13 
 
 		 419 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  52.13 
 
 		 419 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0584  transcription termination factor Rho  52.49 
 
 		 419 aa  434  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.290432  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  52.13 
 
 		 419 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0058  transcription termination factor Rho  53.42 
 
 		 458 aa  431  1e-119  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00215813  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  51.9 
 
 		 419 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  51.9 
 
 		 419 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  52.37 
 
 		 419 aa  431  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0281  transcription termination factor Rho  52.06 
 
 		 422 aa  430  1e-119  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.697975  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0393  transcription termination factor Rho  50.24 
 
 		 421 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.557794 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2038  transcription termination factor Rho  57.38 
 
 		 430 aa  431  1e-119  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0991025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1362  transcription termination factor Rho  56.31 
 
 		 432 aa  431  1e-119  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.511014  normal  0.514608 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  51.31 
 
 		 418 aa  429  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  52.26 
 
 		 419 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  52.26 
 
 		 419 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1864  transcription termination factor Rho  51.44 
 
 		 496 aa  429  1e-119  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.462467  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0056  transcription termination factor Rho  51.43 
 
 		 418 aa  426  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.624347  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0679  transcription termination factor Rho  50.23 
 
 		 439 aa  425  1e-118  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000809271  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2469  transcription termination factor Rho  49.88 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1811  transcription termination factor Rho  57.61 
 
 		 594 aa  426  1e-118  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.186015  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0886  transcription termination factor Rho  55.91 
 
 		 605 aa  426  1e-118  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.562598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1260  transcription termination factor Rho  49.29 
 
 		 422 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0100  transcription termination factor Rho  49.76 
 
 		 421 aa  425  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581004  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0638  transcription termination factor Rho  51.67 
 
 		 420 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3991  transcription termination factor Rho  51.19 
 
 		 421 aa  427  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  52.03 
 
 		 503 aa  427  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  50.96 
 
 		 418 aa  425  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1308  transcription termination factor Rho  51.91 
 
 		 420 aa  428  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0428  transcription termination factor Rho  49.88 
 
 		 421 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0108  transcription termination factor Rho  50.12 
 
 		 421 aa  426  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.411018  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  50.35 
 
 		 422 aa  428  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  50.59 
 
 		 431 aa  427  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  49.88 
 
 		 419 aa  425  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  50.59 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0163  transcription termination factor Rho  50.12 
 
 		 421 aa  425  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386148  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3599  transcription termination factor Rho  52.61 
 
 		 470 aa  425  1e-118  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240092  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  51.79 
 
 		 449 aa  427  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0298  transcription termination factor Rho  49.76 
 
 		 421 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47410  transcription termination factor Rho  53.08 
 
 		 419 aa  422  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  50.12 
 
 		 419 aa  421  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>