More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_0281 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_1393  transcription termination factor Rho  83.61 
 
 
423 aa  717    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.107129  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1364  transcription termination factor Rho  78.04 
 
 
427 aa  660    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000237844  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0281  transcription termination factor Rho  100 
 
 
422 aa  855    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.697975  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1322  transcription termination factor Rho  78.04 
 
 
427 aa  660    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000239055  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0034  transcription termination factor Rho  65.39 
 
 
441 aa  561  1.0000000000000001e-159  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.135844  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3229  transcription termination factor Rho  58.88 
 
 
415 aa  511  1e-143  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000548676  normal  0.0477745 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2695  transcription termination factor Rho  58.78 
 
 
415 aa  501  1e-141  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000315458  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3808  transcription termination factor Rho  58.78 
 
 
415 aa  501  1e-141  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3713  transcription termination factor Rho  58.78 
 
 
415 aa  502  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000184202  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4065  transcription termination factor Rho  58.54 
 
 
415 aa  498  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000187673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2651  transcription termination factor Rho  58.54 
 
 
415 aa  499  1e-140  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000111099  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3377  transcription termination factor Rho  55.75 
 
 
416 aa  495  1e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000542218  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0843  transcription termination factor Rho  55.66 
 
 
415 aa  495  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000858809  normal  0.0802102 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3108  transcription termination factor Rho  57.8 
 
 
415 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0376  transcription termination factor Rho  57.8 
 
 
415 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000395561  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0491  transcription termination factor Rho  57.11 
 
 
416 aa  490  1e-137  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000212536 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3222  transcription termination factor Rho  57.56 
 
 
444 aa  489  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.584785  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2875  transcription termination factor Rho  56.97 
 
 
414 aa  490  1e-137  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000596182  hitchhiker  0.0000000051711 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1711  transcription termination factor Rho  57.42 
 
 
437 aa  490  1e-137  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000145962  normal  0.971448 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0059  transcription termination factor Rho  57.21 
 
 
436 aa  486  1e-136  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.121136  hitchhiker  0.0035916 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3710  transcription termination factor Rho  56.59 
 
 
445 aa  487  1e-136  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.238599  hitchhiker  0.000000242256 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3174  transcription termination factor Rho  56.97 
 
 
450 aa  486  1e-136  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000371975  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3439  transcription termination factor Rho  58.17 
 
 
424 aa  485  1e-136  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2782  transcription termination factor Rho  57.95 
 
 
434 aa  486  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000423025  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1025  transcription termination factor Rho  57.56 
 
 
415 aa  487  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0252595  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3329  transcription termination factor Rho  58.17 
 
 
424 aa  486  1e-136  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000488877  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0677  transcription termination factor Rho  55.66 
 
 
415 aa  484  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.0000000284119  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0470  transcription termination factor Rho  56.1 
 
 
414 aa  481  1e-135  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000467448  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1503  transcription termination factor Rho  56.12 
 
 
548 aa  481  1e-134  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000037905  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1252  transcription termination factor Rho  55.72 
 
 
457 aa  479  1e-134  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.180774  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1562  transcription termination factor Rho  56.01 
 
 
449 aa  481  1e-134  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.135636  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0204  transcription termination factor Rho  55.53 
 
 
419 aa  476  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03661  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000324277  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4194  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000794569  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0511  transcription termination factor Rho  55.45 
 
 
419 aa  474  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0322242 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5214  transcription termination factor Rho  56.17 
 
 
419 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00426874  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5275  transcription termination factor Rho  56.17 
 
 
419 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5242  transcription termination factor Rho  56.66 
 
 
419 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1456  transcription termination factor Rho  55.29 
 
 
431 aa  473  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00134709  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0160  transcription termination factor Rho  55.05 
 
 
419 aa  471  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.227506 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4128  transcription termination factor Rho  55.05 
 
 
419 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0301  transcription termination factor Rho  56.66 
 
 
419 aa  473  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5215  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4139  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5037  transcription termination factor Rho  56.17 
 
 
419 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3999  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2592  transcription termination factor Rho  55.21 
 
 
418 aa  472  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00987626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5456  transcription termination factor Rho  56.9 
 
 
419 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0234949 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4293  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0157  transcription termination factor Rho  55.05 
 
 
419 aa  474  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3619  transcription termination factor Rho  54.48 
 
 
418 aa  474  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4034  transcription termination factor Rho  55.45 
 
 
419 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462931  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0180  transcription termination factor Rho  55.45 
 
 
419 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1339  transcription termination factor Rho  56.54 
 
 
642 aa  474  1e-132  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4146  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3627  transcription termination factor Rho  55.42 
 
 
420 aa  473  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.2483  normal  0.795626 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4197  transcription termination factor Rho  55.05 
 
 
419 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5123  transcription termination factor Rho  56.17 
 
 
419 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4223  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 
433 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0343455  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4143  transcription termination factor Rho  55.05 
 
 
419 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5982  transcription termination factor Rho  56.17 
 
 
419 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03610  hypothetical protein  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000108874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69190  transcription termination factor Rho  56.17 
 
 
419 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4246  transcription termination factor Rho  55.05 
 
 
419 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4220  transcription termination factor Rho  54.81 
 
 
419 aa  473  1e-132  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00203599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4305  transcription termination factor Rho  55.05 
 
 
419 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0481  transcription termination factor Rho  55.07 
 
 
420 aa  471  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4003  transcription termination factor Rho  54.57 
 
 
419 aa  471  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499603  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4203  transcription termination factor Rho  54.57 
 
 
450 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00570  transcription termination factor Rho  54.63 
 
 
421 aa  471  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.576624  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2699  transcription termination factor Rho  54.48 
 
 
419 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000370225  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1824  transcription termination factor Rho  55.07 
 
 
422 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0358  transcription termination factor Rho  56.01 
 
 
419 aa  468  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.956758  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2130  transcription termination factor Rho  55.99 
 
 
503 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00148034  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2210  transcription termination factor Rho  54.72 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000272927  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0690  transcription termination factor Rho  55.5 
 
 
437 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2184  transcription termination factor Rho  54.72 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000392995  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0367  transcription termination factor Rho  54.48 
 
 
418 aa  469  1.0000000000000001e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.151601 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4011  transcription termination factor Rho  54.57 
 
 
450 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0137  transcription termination factor Rho  54.57 
 
 
421 aa  468  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000246562  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0725  transcription termination factor Rho  56.07 
 
 
417 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5130  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 
423 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000119523  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5460  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 
423 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000364812  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0726  transcription termination factor Rho  56.07 
 
 
417 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.578535  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5016  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 
423 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.88034e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5032  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 
423 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00629962  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0658  transcription termination factor Rho  55.21 
 
 
418 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0807  transcription termination factor Rho  55.21 
 
 
418 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0126  transcription termination factor Rho  56.04 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000206271  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3853  transcription termination factor Rho  55.58 
 
 
423 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000371532  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0856  transcription termination factor Rho  55.31 
 
 
421 aa  465  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447055  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0734  transcription termination factor Rho  54.89 
 
 
437 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5455  transcription termination factor Rho  54.63 
 
 
423 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000522794  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3206  transcription termination factor Rho  54.83 
 
 
421 aa  465  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5510  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 
423 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000155234  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2341  transcription termination factor Rho  54.13 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.735775  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5497  transcription termination factor Rho  54.63 
 
 
423 aa  465  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000613532  unclonable  1.32525e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5424  transcription termination factor Rho  54.87 
 
 
423 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.80667e-59 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18010  transcription termination factor Rho  55.61 
 
 
418 aa  466  9.999999999999999e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155456  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2408  transcription termination factor Rho  55.75 
 
 
425 aa  467  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000414081  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>