More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7456 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 		 237 aa  455  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  45.61 
 
 		 240 aa  154  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 239 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 239 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4488  regulatory protein GntR HTH  46.35 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  35.9 
 
 		 261 aa  97.4  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1196  regulatory protein GntR HTH  35.94 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.185208  hitchhiker  0.000709934 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0277  regulatory protein GntR HTH  47.62 
 
 		 229 aa  88.6  7e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 		 253 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  34.2 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  33.03 
 
 		 253 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  33.8 
 
 		 249 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 		 249 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 		 249 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  32.2 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.41 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 241 aa  75.9  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 248 aa  75.9  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  33.8 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  31.74 
 
 		 256 aa  75.9  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  31.88 
 
 		 255 aa  75.1  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  31.65 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  30.09 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  31.19 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000012948 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  27.9 
 
 		 250 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  29.96 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  28.19 
 
 		 250 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  31.36 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  27.43 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 247 aa  73.6  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  29.2 
 
 		 248 aa  73.2  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  29.52 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  28.63 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  37.16 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  34.27 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 251 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  31.8 
 
 		 232 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  28.19 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  35.11 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  28.19 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  28.19 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  28.19 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  27.39 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 254 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 242 aa  70.5  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  30.94 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  30.04 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  31.39 
 
 		 249 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  29.33 
 
 		 251 aa  70.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 245 aa  70.1  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  31.55 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3776  regulatory protein GntR HTH  32.62 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0209412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  32.56 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  41.9 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  26.5 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 		 238 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  27.88 
 
 		 236 aa  69.3  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  27.39 
 
 		 240 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  32.41 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  38.83 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  25.96 
 
 		 228 aa  68.9  0.00000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  30.94 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  29.5 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  27.75 
 
 		 250 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  33.64 
 
 		 262 aa  68.6  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  31.1 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  31.65 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1972  putative pyruvate dehydrogenase complex repressor  36.21 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0510687  normal  0.668194 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  27.71 
 
 		 250 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  32.17 
 
 		 229 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  32.93 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 274 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  30.49 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  30.49 
 
 		 239 aa  67.4  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  32.42 
 
 		 253 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  32.93 
 
 		 239 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  27.62 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  36.94 
 
 		 237 aa  66.6  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0976  GntR domain-containing protein  33.94 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  25.85 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  40.24 
 
 		 238 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  30.91 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  36.89 
 
 		 239 aa  65.9  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>