More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4488 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_4488  regulatory protein GntR HTH  100 
 
 
252 aa  474  1e-133  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  57.98 
 
 
239 aa  249  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  57.98 
 
 
239 aa  249  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  55.08 
 
 
240 aa  242  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  57.98 
 
 
239 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  53.88 
 
 
249 aa  219  1.9999999999999999e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  51.3 
 
 
240 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  45.3 
 
 
237 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
241 aa  93.2  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  31.3 
 
 
261 aa  92.4  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  31.28 
 
 
240 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0277  regulatory protein GntR HTH  50.47 
 
 
229 aa  87.4  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582636  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  30.45 
 
 
240 aa  85.9  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  34.05 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  30.71 
 
 
253 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  32.74 
 
 
231 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
337 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  33.82 
 
 
239 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  46.74 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  35.34 
 
 
229 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
251 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  38.3 
 
 
261 aa  76.3  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
254 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  28.93 
 
 
253 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  30.8 
 
 
255 aa  74.7  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  28.93 
 
 
253 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  32.34 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
255 aa  74.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  29.66 
 
 
249 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
233 aa  73.6  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
255 aa  73.9  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  29.07 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  28.69 
 
 
255 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  28.69 
 
 
255 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
246 aa  73.2  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  28.69 
 
 
255 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
255 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  29.24 
 
 
249 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  30.91 
 
 
249 aa  72  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1154  regulatory protein GntR HTH  30.49 
 
 
241 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.161045  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  29.05 
 
 
249 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  29.45 
 
 
239 aa  71.6  0.00000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  28.35 
 
 
235 aa  70.5  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
269 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  29.96 
 
 
229 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  33.1 
 
 
252 aa  70.5  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  31.42 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
230 aa  69.7  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2716  GntR domain-containing protein  30.32 
 
 
379 aa  69.7  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.474503  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
255 aa  69.3  0.00000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
242 aa  69.3  0.00000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  37.6 
 
 
257 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5612  GntR domain protein  37.04 
 
 
271 aa  68.9  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.100575  normal  0.179295 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  30.13 
 
 
254 aa  68.9  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  39.67 
 
 
256 aa  68.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  35.33 
 
 
257 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  29.69 
 
 
255 aa  68.6  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
249 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3384  regulatory protein GntR, HTH  27.46 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177964  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  29.27 
 
 
229 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  38.16 
 
 
252 aa  68.2  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1537  putative GntR domain protein  27.06 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1196  regulatory protein GntR HTH  35.85 
 
 
228 aa  67.8  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.185208  hitchhiker  0.000709934 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
248 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 
255 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  28.76 
 
 
255 aa  67.8  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6253  GntR domain protein  29.74 
 
 
256 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.783578 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  27.48 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  0.000000633527 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  28.38 
 
 
241 aa  67  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 
255 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  28.37 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  28.51 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
252 aa  66.6  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
255 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
270 aa  66.2  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  30.17 
 
 
256 aa  65.9  0.0000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  33.78 
 
 
255 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  32.77 
 
 
250 aa  66.2  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4280  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.003808  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4221  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000881899  normal  0.895287 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5046  GntR domain protein  39.19 
 
 
240 aa  66.2  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  26.92 
 
 
226 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
255 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  25.85 
 
 
240 aa  65.9  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
258 aa  65.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  30.09 
 
 
268 aa  65.9  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  30.99 
 
 
235 aa  65.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4100  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000122034  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3067  transcriptional regulator NanR  27.71 
 
 
258 aa  65.5  0.0000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0862108 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4115  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000173473  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  29.45 
 
 
279 aa  65.5  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  28.38 
 
 
255 aa  65.5  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  28.8 
 
 
279 aa  65.5  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4171  GntR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
234 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000336109  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  29.51 
 
 
230 aa  65.5  0.0000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  30.54 
 
 
236 aa  65.5  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>