More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3401 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3401  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 
432 aa  879    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0565  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  83.29 
 
 
442 aa  732    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1532  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  80.09 
 
 
441 aa  662    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2710  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.61 
 
 
428 aa  651    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001496  ATP-dependent RNA helicase  72.12 
 
 
416 aa  623  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.16101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2529  DEAD/DEAH box helicase-like protein  72.9 
 
 
426 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2495  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.3 
 
 
427 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  67.06 
 
 
427 aa  578  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1422  4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase  66.51 
 
 
427 aa  578  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.219008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.06 
 
 
427 aa  580  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0112372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.99 
 
 
427 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1434  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.12 
 
 
427 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.605278 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.99 
 
 
427 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.404894  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.75 
 
 
427 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2938  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.75 
 
 
427 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.71109  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1745  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.74 
 
 
432 aa  548  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.215551 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.67 
 
 
441 aa  545  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1460  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.61 
 
 
442 aa  545  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.19 
 
 
432 aa  547  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0424079 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  52.27 
 
 
446 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2361  DEAD/DEAH box helicase-like  46.51 
 
 
422 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122997  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.53 
 
 
439 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.61 
 
 
443 aa  375  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  49.61 
 
 
454 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.61 
 
 
454 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50 
 
 
443 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.08 
 
 
491 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  49.61 
 
 
454 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 
550 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.61 
 
 
454 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3579  DEAD/DEAH box helicase-like  49.87 
 
 
421 aa  374  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.61 
 
 
454 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2407  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.52 
 
 
417 aa  373  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.49 
 
 
452 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.61 
 
 
454 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
443 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.61 
 
 
454 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.61 
 
 
455 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 
453 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  49.61 
 
 
442 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.21 
 
 
526 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.35 
 
 
454 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.21 
 
 
525 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.21 
 
 
525 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  49.61 
 
 
442 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 
453 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 
453 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  48.42 
 
 
516 aa  369  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 
443 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 
453 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.21 
 
 
515 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 
453 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7264  DEAD/DEAH box helicase  49.21 
 
 
481 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  47.51 
 
 
445 aa  366  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.72 
 
 
462 aa  368  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2189  putative ATP-dependent RNA helicase, rhlE  49.22 
 
 
523 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00692457 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.21 
 
 
452 aa  365  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0322  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.15 
 
 
424 aa  367  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.06 
 
 
549 aa  368  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  50.13 
 
 
447 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.93 
 
 
417 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.16 
 
 
535 aa  365  1e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.8 
 
 
578 aa  364  2e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.89 
 
 
447 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.95 
 
 
418 aa  363  4e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.95 
 
 
418 aa  363  4e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.57 
 
 
494 aa  363  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.8 
 
 
549 aa  363  4e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4569  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.48 
 
 
483 aa  363  4e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  49.87 
 
 
447 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  49.22 
 
 
507 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.69 
 
 
477 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.21 
 
 
480 aa  362  6e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.22 
 
 
507 aa  362  6e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.110628 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5967  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.69 
 
 
477 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6264  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.45 
 
 
511 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  46.12 
 
 
477 aa  362  9e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7154  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.95 
 
 
479 aa  361  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.557352 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.83 
 
 
540 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  48.95 
 
 
495 aa  361  1e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  50 
 
 
449 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.67 
 
 
522 aa  360  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.82 
 
 
506 aa  361  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.21 
 
 
463 aa  359  6e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.56 
 
 
455 aa  359  6e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.79 
 
 
466 aa  357  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  46.67 
 
 
527 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  47.31 
 
 
429 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.06 
 
 
513 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  48.29 
 
 
543 aa  356  5e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.44 
 
 
477 aa  355  6.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.18 
 
 
599 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.37 
 
 
451 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10010  DEAD/DEAH box ATP-dependent RNA helicase  48.42 
 
 
434 aa  353  4e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00123792  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.78 
 
 
511 aa  353  4e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  45.34 
 
 
398 aa  353  5e-96  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5193  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.56 
 
 
481 aa  353  5e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0459636 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.03 
 
 
515 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.44 
 
 
476 aa  352  8e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.06 
 
 
441 aa  352  8.999999999999999e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>