More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2710 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  72.83 
 
 		 427 aa  637    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0565  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  73.3 
 
 		 442 aa  654    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2495  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.6 
 
 		 427 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2529  DEAD/DEAH box helicase-like protein  84.81 
 
 		 426 aa  727    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.6 
 
 		 427 aa  635    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0112372 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2710  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 428 aa  867    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1422  4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase  71.66 
 
 		 427 aa  631  1e-180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.219008 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3401  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  74.58 
 
 		 432 aa  630  1e-179  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.08 
 
 		 427 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  73.32 
 
 		 427 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.404894  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1434  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.9 
 
 		 427 aa  630  1e-179  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.605278 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.08 
 
 		 427 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2938  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.84 
 
 		 427 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.71109  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001496  ATP-dependent RNA helicase  71.74 
 
 		 416 aa  614  9.999999999999999e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.16101  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1532  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  71.6 
 
 		 441 aa  600  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.77 
 
 		 432 aa  592  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0424079 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1460  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.38 
 
 		 442 aa  578  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1745  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.41 
 
 		 432 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.215551 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.41 
 
 		 441 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3579  DEAD/DEAH box helicase-like  53.23 
 
 		 421 aa  389  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7264  DEAD/DEAH box helicase  51.68 
 
 		 481 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 		 447 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  50.13 
 
 		 446 aa  383  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  49.36 
 
 		 445 aa  383  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2407  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.37 
 
 		 417 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  51.68 
 
 		 507 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4569  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.68 
 
 		 483 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474956 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  50 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  50 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 		 455 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2361  DEAD/DEAH box helicase-like  51.67 
 
 		 422 aa  381  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50 
 
 		 454 aa  380  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5967  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.16 
 
 		 477 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.64 
 
 		 540 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6264  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.9 
 
 		 511 aa  379  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.68 
 
 		 507 aa  382  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.110628 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  49.61 
 
 		 442 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.16 
 
 		 443 aa  375  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.39 
 
 		 447 aa  375  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0322  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.61 
 
 		 424 aa  378  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  49.12 
 
 		 495 aa  377  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2189  putative ATP-dependent RNA helicase, rhlE  50.65 
 
 		 523 aa  376  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00692457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 		 454 aa  378  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7154  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.13 
 
 		 479 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.557352 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.48 
 
 		 453 aa  375  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.59 
 
 		 549 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.35 
 
 		 462 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.25 
 
 		 526 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.61 
 
 		 515 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.59 
 
 		 535 aa  374  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  49.87 
 
 		 442 aa  375  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50 
 
 		 506 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.1 
 
 		 522 aa  372  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.33 
 
 		 578 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.48 
 
 		 453 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.87 
 
 		 543 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.33 
 
 		 491 aa  373  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.48 
 
 		 453 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.25 
 
 		 525 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.72 
 
 		 550 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.33 
 
 		 549 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.44 
 
 		 455 aa  373  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.35 
 
 		 439 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.48 
 
 		 453 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.48 
 
 		 453 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.7 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.76 
 
 		 492 aa  371  1e-101  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.62 
 
 		 485 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.34 
 
 		 480 aa  369  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.62 
 
 		 485 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.7 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  47.62 
 
 		 485 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.62 
 
 		 485 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.87 
 
 		 482 aa  370  1e-101  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.04 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.62 
 
 		 485 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  48.33 
 
 		 527 aa  371  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.37 
 
 		 452 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  50.13 
 
 		 447 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.36 
 
 		 515 aa  371  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.08 
 
 		 418 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.12 
 
 		 525 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.95 
 
 		 418 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.62 
 
 		 486 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.62 
 
 		 480 aa  366  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.12 
 
 		 463 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.84 
 
 		 522 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  47.62 
 
 		 484 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.37 
 
 		 479 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.01 
 
 		 488 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  46.08 
 
 		 516 aa  367  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.62 
 
 		 486 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.37 
 
 		 480 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  47.62 
 
 		 486 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5193  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.13 
 
 		 481 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0459636 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.61 
 
 		 571 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>