More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1454 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1454  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 441 aa  892    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2495  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.87 
 
 		 427 aa  588  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1460  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.57 
 
 		 442 aa  588  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  69.1 
 
 		 427 aa  591  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1422  4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase  68.16 
 
 		 427 aa  585  1e-166  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.219008 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2710  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.41 
 
 		 428 aa  584  1e-166  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2938  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.95 
 
 		 427 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.71109  normal  0.0696862 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.19 
 
 		 427 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1369  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.92 
 
 		 427 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0112372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1559  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.95 
 
 		 427 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.404894  hitchhiker  0.0046251 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1434  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.16 
 
 		 427 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.605278 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.93 
 
 		 432 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0424079 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2818  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.47 
 
 		 427 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2529  DEAD/DEAH box helicase-like protein  69.95 
 
 		 426 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0565  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  64.37 
 
 		 442 aa  570  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1745  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.53 
 
 		 432 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.215551 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1532  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  66.43 
 
 		 441 aa  540  9.999999999999999e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3401  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  66.75 
 
 		 432 aa  541  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.571925  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001496  ATP-dependent RNA helicase  65.2 
 
 		 416 aa  535  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.16101  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  50.13 
 
 		 445 aa  382  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.98 
 
 		 452 aa  383  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.12 
 
 		 443 aa  380  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  51.05 
 
 		 446 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.84 
 
 		 455 aa  381  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  52.49 
 
 		 454 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.49 
 
 		 454 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.49 
 
 		 455 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2407  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.94 
 
 		 417 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.49 
 
 		 454 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.05 
 
 		 447 aa  376  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.49 
 
 		 454 aa  376  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7264  DEAD/DEAH box helicase  51.57 
 
 		 481 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.92 
 
 		 453 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.92 
 
 		 453 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.49 
 
 		 454 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3579  DEAD/DEAH box helicase-like  54.19 
 
 		 421 aa  376  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4365  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.93 
 
 		 417 aa  378  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2361  DEAD/DEAH box helicase-like  49.03 
 
 		 422 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2189  putative ATP-dependent RNA helicase, rhlE  50.51 
 
 		 523 aa  375  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00692457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  52.49 
 
 		 454 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.49 
 
 		 454 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.92 
 
 		 453 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.92 
 
 		 453 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.92 
 
 		 453 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.48 
 
 		 447 aa  375  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.21 
 
 		 454 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.34 
 
 		 480 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  47.51 
 
 		 516 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.44 
 
 		 477 aa  373  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.1 
 
 		 443 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7154  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.52 
 
 		 479 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.557352 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3388  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.66 
 
 		 409 aa  371  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4664  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  50 
 
 		 442 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  48.61 
 
 		 495 aa  369  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.62 
 
 		 443 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.1 
 
 		 439 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0322  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.59 
 
 		 424 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 		 418 aa  371  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4569  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 		 483 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474956 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.18 
 
 		 476 aa  370  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  50.26 
 
 		 507 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.19 
 
 		 456 aa  372  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6264  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.87 
 
 		 511 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5967  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 		 477 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 507 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.110628 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.85 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5193  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 481 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0459636 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.47 
 
 		 535 aa  366  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4297  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.79 
 
 		 442 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 494 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.78 
 
 		 525 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.97 
 
 		 413 aa  368  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.12 
 
 		 482 aa  365  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.33 
 
 		 515 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.14 
 
 		 543 aa  368  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.66 
 
 		 462 aa  368  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.4 
 
 		 452 aa  366  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.78 
 
 		 525 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  49.6 
 
 		 435 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.78 
 
 		 526 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.68 
 
 		 409 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.18 
 
 		 426 aa  366  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  50.4 
 
 		 429 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  49.12 
 
 		 484 aa  365  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0791  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 624 aa  364  1e-99  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000437602  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.09 
 
 		 513 aa  364  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.75 
 
 		 515 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.12 
 
 		 486 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  50.13 
 
 		 486 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.13 
 
 		 486 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  48.78 
 
 		 540 aa  363  3e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 		 522 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.68 
 
 		 409 aa  363  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.88 
 
 		 477 aa  363  3e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.93 
 
 		 480 aa  363  4e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.62 
 
 		 485 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.93 
 
 		 479 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.62 
 
 		 485 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.62 
 
 		 485 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.62 
 
 		 485 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>