More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3388 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1330  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  84.91 
 
 		 411 aa  682    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.484151 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3388  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 		 409 aa  827    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2718  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  82.93 
 
 		 413 aa  673    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3058  DEAD/DEAH box helicase domain protein  83.94 
 
 		 412 aa  673    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.025666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  90.95 
 
 		 409 aa  732    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  85.16 
 
 		 411 aa  682    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1296  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  84.43 
 
 		 411 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  91.69 
 
 		 409 aa  738    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1232  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  91.44 
 
 		 409 aa  733    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.36 
 
 		 419 aa  566  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.88 
 
 		 413 aa  564  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3027  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.44 
 
 		 414 aa  533  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2952  DEAD/DEAH box helicase-like protein  59.17 
 
 		 419 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.24 
 
 		 421 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2800  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.07 
 
 		 408 aa  478  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0135587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.04 
 
 		 418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.69 
 
 		 420 aa  441  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2404  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.3 
 
 		 407 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.785328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.88 
 
 		 485 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.88 
 
 		 485 aa  428  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.88 
 
 		 485 aa  428  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  52.88 
 
 		 485 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.88 
 
 		 485 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  50.98 
 
 		 418 aa  428  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.49 
 
 		 488 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  51.96 
 
 		 422 aa  422  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.58 
 
 		 482 aa  421  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.06 
 
 		 486 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  52.05 
 
 		 484 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.06 
 
 		 479 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  52.06 
 
 		 486 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  53.4 
 
 		 473 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.06 
 
 		 480 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.06 
 
 		 486 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.55 
 
 		 480 aa  411  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  51.45 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.45 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.39 
 
 		 515 aa  408  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  51.45 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.72 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.45 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  48.83 
 
 		 426 aa  410  1e-113  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.45 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  52.77 
 
 		 398 aa  409  1e-113  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.45 
 
 		 454 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  50.13 
 
 		 543 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.72 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.45 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.72 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.72 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.72 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.19 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05933  hypothetical protein  49.51 
 
 		 421 aa  408  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.13 
 
 		 522 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.19 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000199  ATP-dependent RNA helicase  50 
 
 		 419 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00545239  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  50.37 
 
 		 540 aa  402  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.19 
 
 		 462 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  51.45 
 
 		 506 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5967  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.85 
 
 		 477 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5193  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.58 
 
 		 481 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0459636 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.28 
 
 		 540 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.75 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.04 
 
 		 565 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7154  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.58 
 
 		 479 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.557352 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7264  DEAD/DEAH box helicase  53.32 
 
 		 481 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  50.13 
 
 		 510 aa  395  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2189  putative ATP-dependent RNA helicase, rhlE  53.32 
 
 		 523 aa  395  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00692457 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.52 
 
 		 456 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6264  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.32 
 
 		 511 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.04 
 
 		 560 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  48.79 
 
 		 420 aa  393  1e-108  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.34 
 
 		 452 aa  394  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.79 
 
 		 411 aa  393  1e-108  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.37 
 
 		 494 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.86 
 
 		 492 aa  394  1e-108  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.65 
 
 		 513 aa  392  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.53 
 
 		 418 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.53 
 
 		 418 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.77 
 
 		 447 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.38 
 
 		 436 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4569  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.79 
 
 		 483 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0474956 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.93 
 
 		 426 aa  388  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.87 
 
 		 491 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.68 
 
 		 452 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  52.79 
 
 		 507 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.08 
 
 		 455 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.63 
 
 		 436 aa  388  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5667  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.79 
 
 		 507 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.110628 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.13 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  48.56 
 
 		 453 aa  386  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48 
 
 		 435 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0950  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.13 
 
 		 432 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  50.92 
 
 		 446 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  45.78 
 
 		 557 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  48.47 
 
 		 445 aa  386  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.6 
 
 		 471 aa  385  1e-106  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  49.11 
 
 		 435 aa  387  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.14 
 
 		 511 aa  387  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  46.81 
 
 		 516 aa  382  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>