More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2404 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2404  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  100 
 
 
407 aa  822    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.785328  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1232  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.77 
 
 
409 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.53 
 
 
409 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.28 
 
 
409 aa  435  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3388  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.3 
 
 
409 aa  431  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.28 
 
 
413 aa  432  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2718  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.06 
 
 
413 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.75 
 
 
421 aa  425  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2952  DEAD/DEAH box helicase-like protein  51.6 
 
 
419 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.3 
 
 
419 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.53 
 
 
411 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1330  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.4 
 
 
411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.484151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1296  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.4 
 
 
411 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3058  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.91 
 
 
412 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.025666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2800  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.09 
 
 
408 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0135587 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3027  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.26 
 
 
414 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  46.67 
 
 
420 aa  375  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.48 
 
 
418 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.19 
 
 
485 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.19 
 
 
485 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  48.19 
 
 
485 aa  368  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.19 
 
 
485 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.19 
 
 
485 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.79 
 
 
422 aa  364  1e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.81 
 
 
488 aa  363  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.67 
 
 
482 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.15 
 
 
479 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.15 
 
 
480 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.51 
 
 
473 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  47.38 
 
 
484 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.89 
 
 
486 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.89 
 
 
486 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  46.89 
 
 
486 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.69 
 
 
565 aa  353  4e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.63 
 
 
480 aa  352  7e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  47.44 
 
 
540 aa  350  3e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.23 
 
 
522 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05933  hypothetical protein  45.16 
 
 
421 aa  348  1e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.93 
 
 
418 aa  348  1e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000199  ATP-dependent RNA helicase  46.05 
 
 
419 aa  347  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00545239  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.18 
 
 
560 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  44.28 
 
 
398 aa  347  3e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.23 
 
 
454 aa  345  7e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.23 
 
 
454 aa  345  7e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.81 
 
 
436 aa  345  7e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  46.23 
 
 
454 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.23 
 
 
454 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  46.23 
 
 
454 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.23 
 
 
454 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.23 
 
 
454 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.23 
 
 
455 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.64 
 
 
543 aa  344  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.7 
 
 
540 aa  344  2e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.97 
 
 
454 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.64 
 
 
436 aa  342  8e-93  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.48 
 
 
515 aa  342  1e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.34 
 
 
438 aa  341  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.78 
 
 
443 aa  341  2e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.63 
 
 
506 aa  341  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.45 
 
 
453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.45 
 
 
453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.45 
 
 
453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.45 
 
 
453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.45 
 
 
453 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  46.97 
 
 
446 aa  339  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.49 
 
 
452 aa  338  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.49 
 
 
455 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  46.49 
 
 
456 aa  335  7.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  44.62 
 
 
453 aa  334  2e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  44.56 
 
 
414 aa  333  3e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.59 
 
 
426 aa  333  4e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  44.03 
 
 
414 aa  332  7.000000000000001e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  45.6 
 
 
441 aa  332  7.000000000000001e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  44.67 
 
 
420 aa  332  8e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.45 
 
 
471 aa  332  8e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.17 
 
 
462 aa  332  9e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  44.67 
 
 
411 aa  332  9e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.19 
 
 
443 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.93 
 
 
439 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.27 
 
 
471 aa  330  2e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0448  DEAD/DEAH box helicase-like  43.03 
 
 
458 aa  330  3e-89  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0687758  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  44.04 
 
 
445 aa  329  4e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.93 
 
 
443 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  45.93 
 
 
443 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  43.47 
 
 
495 aa  329  6e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1337  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.12 
 
 
472 aa  329  6e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10010  DEAD/DEAH box ATP-dependent RNA helicase  45.93 
 
 
434 aa  329  7e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00123792  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  44.1 
 
 
510 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.88 
 
 
476 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1327  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.85 
 
 
472 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3021  DEAD/DEAH box helicase domain protein  44.85 
 
 
472 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1254  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.38 
 
 
481 aa  327  3e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1363  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.85 
 
 
472 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  45.24 
 
 
477 aa  325  7e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  45.77 
 
 
452 aa  325  7e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0163  ATP-dependent RNA helicase  47.15 
 
 
446 aa  325  8.000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.71 
 
 
535 aa  325  9e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  45.62 
 
 
477 aa  325  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.83 
 
 
513 aa  324  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0145  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.15 
 
 
446 aa  324  2e-87  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>