More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2800 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2800  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 408 aa  817    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0135587 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.17 
 
 		 413 aa  512  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3027  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.74 
 
 		 414 aa  497  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3388  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  59.07 
 
 		 409 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.82 
 
 		 409 aa  478  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.82 
 
 		 409 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1232  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.82 
 
 		 409 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.96 
 
 		 419 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1330  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.29 
 
 		 411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.484151 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2718  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.56 
 
 		 413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.54 
 
 		 411 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1296  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.05 
 
 		 411 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3058  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.19 
 
 		 412 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.025666 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2952  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.05 
 
 		 419 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54 
 
 		 421 aa  428  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.26 
 
 		 420 aa  408  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2404  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.09 
 
 		 407 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.785328  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  52.45 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.45 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.94 
 
 		 453 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.94 
 
 		 453 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.2 
 
 		 454 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  52.45 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 455 aa  394  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.94 
 
 		 453 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.94 
 
 		 453 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.94 
 
 		 453 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.45 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.88 
 
 		 418 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.16 
 
 		 426 aa  388  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.3 
 
 		 456 aa  388  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.81 
 
 		 452 aa  382  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.06 
 
 		 522 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.5 
 
 		 491 aa  384  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.3 
 
 		 462 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.66 
 
 		 438 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0320  hypothetical protein  49.07 
 
 		 414 aa  380  1e-104  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.82 
 
 		 455 aa  379  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  48.37 
 
 		 398 aa  379  1e-104  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.06 
 
 		 578 aa  379  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  49.51 
 
 		 540 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.79 
 
 		 535 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.42 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  49.07 
 
 		 414 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  47.42 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  48.02 
 
 		 418 aa  375  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.94 
 
 		 443 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.42 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.42 
 
 		 485 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.42 
 
 		 485 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 		 549 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.26 
 
 		 533 aa  374  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.63 
 
 		 451 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.26 
 
 		 477 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.88 
 
 		 422 aa  373  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.2 
 
 		 482 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.52 
 
 		 476 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.99 
 
 		 479 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.17 
 
 		 513 aa  374  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.63 
 
 		 451 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.63 
 
 		 436 aa  372  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.79 
 
 		 549 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.99 
 
 		 480 aa  371  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.36 
 
 		 626 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  49.74 
 
 		 527 aa  371  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.66 
 
 		 436 aa  369  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.46 
 
 		 494 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.07 
 
 		 488 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.97 
 
 		 486 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  48.97 
 
 		 484 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.72 
 
 		 439 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.61 
 
 		 543 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.91 
 
 		 452 aa  371  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  48.97 
 
 		 486 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.58 
 
 		 522 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  48.82 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  49.09 
 
 		 495 aa  370  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  46.27 
 
 		 639 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.97 
 
 		 486 aa  371  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.47 
 
 		 480 aa  366  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.92 
 
 		 443 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.19 
 
 		 443 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  49.09 
 
 		 506 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  47.46 
 
 		 473 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.96 
 
 		 630 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  48.82 
 
 		 453 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.39 
 
 		 626 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.03 
 
 		 479 aa  366  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.71 
 
 		 480 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.84 
 
 		 515 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.47 
 
 		 550 aa  366  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.45 
 
 		 443 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  46.47 
 
 		 635 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.2 
 
 		 627 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.74 
 
 		 451 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.68 
 
 		 581 aa  364  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  49.22 
 
 		 516 aa  364  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>