More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0608 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 421 aa  855    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2952  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.51 
 
 		 419 aa  487  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.86 
 
 		 409 aa  487  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.57 
 
 		 413 aa  483  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.86 
 
 		 409 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1232  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.62 
 
 		 409 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1330  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.62 
 
 		 411 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.484151 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.53 
 
 		 419 aa  475  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.62 
 
 		 411 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3058  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.05 
 
 		 412 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.025666 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1296  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.38 
 
 		 411 aa  475  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3388  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  59.24 
 
 		 409 aa  473  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2718  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.25 
 
 		 413 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3027  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.85 
 
 		 414 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.03 
 
 		 418 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2404  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.75 
 
 		 407 aa  425  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.785328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2800  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54 
 
 		 408 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0135587 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.84 
 
 		 420 aa  408  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  47.41 
 
 		 418 aa  398  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.95 
 
 		 422 aa  398  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05933  hypothetical protein  47.65 
 
 		 421 aa  395  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  51.91 
 
 		 540 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000199  ATP-dependent RNA helicase  50.52 
 
 		 419 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00545239  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.02 
 
 		 565 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.35 
 
 		 453 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.35 
 
 		 453 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.64 
 
 		 485 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.35 
 
 		 453 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.35 
 
 		 453 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  49.07 
 
 		 426 aa  388  1e-106  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  48.64 
 
 		 485 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  50.26 
 
 		 484 aa  385  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.64 
 
 		 485 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.64 
 
 		 485 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.35 
 
 		 453 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.64 
 
 		 485 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.39 
 
 		 492 aa  384  1e-105  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.77 
 
 		 560 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.28 
 
 		 488 aa  382  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 479 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 480 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  48.84 
 
 		 454 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.84 
 
 		 454 aa  381  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.35 
 
 		 522 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.84 
 
 		 454 aa  381  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  48.84 
 
 		 454 aa  381  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.84 
 
 		 454 aa  381  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.84 
 
 		 455 aa  381  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.84 
 
 		 454 aa  381  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.58 
 
 		 454 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  49.74 
 
 		 486 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 		 486 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.48 
 
 		 480 aa  378  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 		 486 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 513 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  50.51 
 
 		 506 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.58 
 
 		 454 aa  378  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  49.24 
 
 		 445 aa  376  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.48 
 
 		 482 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  48.61 
 
 		 543 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 		 456 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.87 
 
 		 515 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.97 
 
 		 473 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.48 
 
 		 479 aa  376  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.39 
 
 		 471 aa  373  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  49.26 
 
 		 540 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.48 
 
 		 494 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.1 
 
 		 455 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.35 
 
 		 443 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4779  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.35 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  47.68 
 
 		 453 aa  370  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  47.44 
 
 		 495 aa  368  1e-101  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.61 
 
 		 452 aa  371  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.92 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  49.1 
 
 		 446 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  47.17 
 
 		 398 aa  369  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.03 
 
 		 601 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.7 
 
 		 462 aa  371  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.1 
 
 		 443 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00424195  normal  0.0145877 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.73 
 
 		 476 aa  368  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  49.35 
 
 		 447 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 		 418 aa  368  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.58 
 
 		 439 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.46 
 
 		 511 aa  367  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.87 
 
 		 418 aa  368  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.56 
 
 		 426 aa  367  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 578 aa  367  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  46.92 
 
 		 639 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.21 
 
 		 599 aa  365  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.26 
 
 		 491 aa  368  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 		 549 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.96 
 
 		 439 aa  365  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.46 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.61 
 
 		 447 aa  365  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.28 
 
 		 477 aa  364  1e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.1 
 
 		 628 aa  363  2e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.84 
 
 		 477 aa  364  2e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  49.87 
 
 		 449 aa  364  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1646  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.21 
 
 		 545 aa  364  2e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.06 
 
 		 581 aa  364  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>