298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6013 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010512  Bcenmc03_6504  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  99.49 
 
 
391 aa  780    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.828947 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6013  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
391 aa  784    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000590386  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7422  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  95.91 
 
 
391 aa  754    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0466713  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5648  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
391 aa  784    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0597007  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6139  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  92.84 
 
 
391 aa  709    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.101212 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0524  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  53.21 
 
 
398 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.413628  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3159  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  53.21 
 
 
398 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0542  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  53.21 
 
 
398 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2887  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  53.21 
 
 
398 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0129  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  53.21 
 
 
398 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1459  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  53.21 
 
 
398 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0709  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  52.96 
 
 
398 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104928  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.32 
 
 
404 aa  94.4  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.78 
 
 
415 aa  92.4  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.36 
 
 
415 aa  90.1  6e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.56 
 
 
419 aa  89.7  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.46 
 
 
412 aa  87.4  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.57 
 
 
388 aa  87.8  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  28.12 
 
 
402 aa  86.3  8e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.7 
 
 
442 aa  81.6  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.16 
 
 
428 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  27.15 
 
 
402 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.61 
 
 
413 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.85 
 
 
402 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  26.11 
 
 
402 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.56 
 
 
405 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.6 
 
 
373 aa  78.6  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.79 
 
 
411 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.68 
 
 
414 aa  76.6  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.49 
 
 
431 aa  76.3  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  27.15 
 
 
398 aa  76.3  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.76 
 
 
362 aa  75.1  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.67 
 
 
410 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.24 
 
 
428 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.39 
 
 
411 aa  74.3  0.000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  24.74 
 
 
416 aa  73.9  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.33 
 
 
418 aa  73.9  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.54 
 
 
508 aa  73.6  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  25.26 
 
 
414 aa  73.2  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  24.94 
 
 
415 aa  71.6  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  25.06 
 
 
416 aa  71.2  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.19 
 
 
410 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.5 
 
 
417 aa  70.9  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  26.29 
 
 
414 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.48 
 
 
402 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  25.75 
 
 
395 aa  70.9  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.65 
 
 
403 aa  70.5  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0790  diaminopimelate decarboxylase  29.18 
 
 
385 aa  70.5  0.00000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.867864 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.94 
 
 
409 aa  70.5  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.21 
 
 
397 aa  70.1  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.7 
 
 
440 aa  69.3  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  25.41 
 
 
417 aa  68.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  27.84 
 
 
408 aa  67.8  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  33.85 
 
 
453 aa  67.8  0.0000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.98 
 
 
429 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  27.16 
 
 
414 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.57 
 
 
392 aa  67  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.78 
 
 
430 aa  67  0.0000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.42 
 
 
408 aa  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.11 
 
 
433 aa  66.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2183  Diaminopimelate decarboxylase  25.31 
 
 
412 aa  66.2  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  23.16 
 
 
382 aa  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  26.9 
 
 
394 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  24.44 
 
 
422 aa  65.1  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  25.87 
 
 
443 aa  65.5  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  29.71 
 
 
484 aa  64.7  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.09 
 
 
403 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  29.39 
 
 
413 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  27.09 
 
 
414 aa  63.5  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  24.12 
 
 
443 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  28.17 
 
 
422 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4736  diaminopimelate decarboxylase  28.77 
 
 
463 aa  63.2  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.775184  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  24.46 
 
 
859 aa  63.2  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  26.98 
 
 
414 aa  63.2  0.000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 
453 aa  62.8  0.000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  28.24 
 
 
459 aa  62.8  0.000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1303  diaminopimelate decarboxylase  29.38 
 
 
435 aa  62.8  0.000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  26.02 
 
 
422 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  28.76 
 
 
415 aa  62.4  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 
415 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  24.46 
 
 
859 aa  62  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  29.01 
 
 
415 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  24.5 
 
 
410 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  26.51 
 
 
386 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  24.93 
 
 
422 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  26.74 
 
 
414 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  20.37 
 
 
417 aa  60.8  0.00000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  26.74 
 
 
414 aa  60.8  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  27.25 
 
 
417 aa  60.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  28.24 
 
 
377 aa  60.1  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  28.24 
 
 
377 aa  60.1  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  26.97 
 
 
418 aa  59.7  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2435  diaminopimelate decarboxylase  25.13 
 
 
475 aa  59.7  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.588454 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.13 
 
 
400 aa  59.3  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  26.41 
 
 
878 aa  58.9  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  22.13 
 
 
400 aa  59.3  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  26.74 
 
 
414 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  26.6 
 
 
414 aa  58.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  27.69 
 
 
415 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  28.79 
 
 
415 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>