More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3234 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 433 aa  874    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  65.42 
 
 		 377 aa  495  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  65.42 
 
 		 377 aa  495  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  63 
 
 		 377 aa  483  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  63.54 
 
 		 377 aa  483  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  61.94 
 
 		 380 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  62.22 
 
 		 380 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  62.5 
 
 		 380 aa  478  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  62.33 
 
 		 380 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  61.94 
 
 		 380 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  62.22 
 
 		 380 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  61.13 
 
 		 376 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  59.25 
 
 		 376 aa  458  9.999999999999999e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  60.32 
 
 		 377 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  59.52 
 
 		 377 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  60.32 
 
 		 377 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  60.66 
 
 		 380 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.45 
 
 		 377 aa  456  1e-127  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  58.45 
 
 		 376 aa  451  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  60.32 
 
 		 377 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.34 
 
 		 388 aa  434  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  57.34 
 
 		 388 aa  434  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.79 
 
 		 388 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  59.51 
 
 		 388 aa  430  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  58.18 
 
 		 421 aa  427  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  56.79 
 
 		 388 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  58.97 
 
 		 390 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.14 
 
 		 376 aa  422  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  52.8 
 
 		 387 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  53.19 
 
 		 391 aa  391  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  50.81 
 
 		 389 aa  386  1e-106  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  52.53 
 
 		 387 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  52.89 
 
 		 387 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  52.91 
 
 		 391 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  52.23 
 
 		 371 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  52.23 
 
 		 387 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  52.34 
 
 		 387 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  52.08 
 
 		 391 aa  384  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000026968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  52.23 
 
 		 387 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.74 
 
 		 397 aa  382  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  51.32 
 
 		 387 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  51.06 
 
 		 387 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  51.25 
 
 		 391 aa  382  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  52.66 
 
 		 388 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  51.25 
 
 		 391 aa  381  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  48.48 
 
 		 390 aa  379  1e-104  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.97 
 
 		 376 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000739123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  51.96 
 
 		 387 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000104832  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000602971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  50.97 
 
 		 391 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  50.97 
 
 		 391 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  52.66 
 
 		 359 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  51.52 
 
 		 391 aa  378  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  50.69 
 
 		 391 aa  376  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  50.97 
 
 		 391 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  50.69 
 
 		 391 aa  372  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  50 
 
 		 391 aa  372  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  50.68 
 
 		 389 aa  371  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  49.46 
 
 		 392 aa  367  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  49.73 
 
 		 391 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  50.53 
 
 		 390 aa  361  1e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.28 
 
 		 392 aa  360  3e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  52.35 
 
 		 398 aa  349  5e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  48.53 
 
 		 389 aa  349  7e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.51 
 
 		 393 aa  305  7e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.82 
 
 		 390 aa  304  2.0000000000000002e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.78 
 
 		 403 aa  301  2e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.01 
 
 		 388 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000324435  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.73 
 
 		 386 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.01 
 
 		 388 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  39.39 
 
 		 400 aa  262  8.999999999999999e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000015857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.11 
 
 		 391 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  34.36 
 
 		 392 aa  207  2e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.49 
 
 		 404 aa  192  9e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.88 
 
 		 397 aa  182  8.000000000000001e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.62 
 
 		 379 aa  178  2e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.17 
 
 		 379 aa  173  5.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  35.01 
 
 		 398 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000805907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.89 
 
 		 420 aa  159  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  30.65 
 
 		 434 aa  144  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000212473  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  30.5 
 
 		 420 aa  142  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  29.64 
 
 		 458 aa  140  4.999999999999999e-32  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  26.27 
 
 		 417 aa  139  7e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.08 
 
 		 387 aa  138  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  33.51 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1847  diaminopimelate decarboxylase  30.54 
 
 		 418 aa  136  7.000000000000001e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  32.85 
 
 		 396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.65 
 
 		 422 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  30.86 
 
 		 381 aa  130  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.86 
 
 		 381 aa  130  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  30.79 
 
 		 416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  28.76 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  29.62 
 
 		 414 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.41 
 
 		 382 aa  127  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0731  ornithine decarboxylase  32.46 
 
 		 400 aa  127  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.27 
 
 		 381 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  30.55 
 
 		 421 aa  126  6e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>