More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1917 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  91.86 
 
 		 348 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1917  porin  100 
 
 		 347 aa  693    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1952  porin  90.75 
 
 		 348 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0650784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1929  porin  90.46 
 
 		 348 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.202601  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6150  porin  90.17 
 
 		 390 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.939145  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1343  porin  87.03 
 
 		 355 aa  590  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.674319  normal  0.0139944 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2489  outer membrane porin  80.06 
 
 		 421 aa  541  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1473  outer membrane porin, putative  79.75 
 
 		 355 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.288527  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2332  outer membrane porin  79.45 
 
 		 355 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17622  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3339  porin  79.75 
 
 		 355 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.205333  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2373  outer membrane porin  80.06 
 
 		 355 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.14449  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1240  porin  79.75 
 
 		 355 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1966  porin  79.75 
 
 		 355 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2113  porin  80.62 
 
 		 420 aa  537  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4265  porin Gram-negative type  46.59 
 
 		 348 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.505475 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  38.1 
 
 		 373 aa  196  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  35.11 
 
 		 355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  35.11 
 
 		 355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  37.15 
 
 		 352 aa  164  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  34.25 
 
 		 355 aa  162  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  34.65 
 
 		 368 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  35.46 
 
 		 374 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  36.14 
 
 		 357 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  34.14 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  34.83 
 
 		 371 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  34.53 
 
 		 379 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  34.43 
 
 		 377 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  34.07 
 
 		 355 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  34.75 
 
 		 352 aa  151  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1202  outer membrane protein (porin)  36.47 
 
 		 361 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.818549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  33.98 
 
 		 401 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  32.25 
 
 		 362 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  34.51 
 
 		 351 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  32.89 
 
 		 386 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  33.63 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  33.63 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  33.43 
 
 		 353 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  32.89 
 
 		 386 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  34.29 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  32.87 
 
 		 379 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  33.24 
 
 		 402 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  33.24 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5307  porin Gram-negative type  33.24 
 
 		 361 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.06 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  31.46 
 
 		 367 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  32.28 
 
 		 359 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  30.77 
 
 		 383 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  31.29 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  30.5 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  30.5 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  32.01 
 
 		 361 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6157  porin  31.92 
 
 		 355 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  31.75 
 
 		 383 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5131  outer membrane protein (porin)  34.36 
 
 		 356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  34.36 
 
 		 356 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  31.12 
 
 		 383 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  32.98 
 
 		 368 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  34.05 
 
 		 356 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5977  porin  32.05 
 
 		 356 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0893366 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  31.64 
 
 		 355 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1413  OmpC family outer membrane porin  37.67 
 
 		 379 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  7.59024e-18  normal  0.238821 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  31.45 
 
 		 353 aa  123  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4640  porin  34.57 
 
 		 375 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3723  porin  34.57 
 
 		 375 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0948757 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2457  porin  31.96 
 
 		 359 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0201668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3798  porin  34.31 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0973702 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  32.42 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3905  porin  30.67 
 
 		 413 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  29.44 
 
 		 383 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1722  outer membrane protein (porin)  32.24 
 
 		 357 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0914033  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  30.56 
 
 		 389 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0884  porin  30.59 
 
 		 362 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.273334  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  32.44 
 
 		 373 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  32.44 
 
 		 373 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  32.44 
 
 		 373 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1091  putative outer membrane porin  29.97 
 
 		 363 aa  119  9e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.432467  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2270  putative outer membrane porin  30.05 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3014  putative outer membrane porin  30.05 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000144829  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0743  outer membrane porin, putative  30.05 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000425296  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1244  porin  30.05 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.289233  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1086  putative outer membrane porin  30.05 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420468  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1583  putative outer membrane porin  30.05 
 
 		 362 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0360665  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0497  OmpC family outer membrane porin  31.22 
 
 		 393 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0440197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4740  porin Gram-negative type  38.28 
 
 		 390 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146924  normal  0.780423 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3611  porin  30.16 
 
 		 370 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1437  outer membrane porin  30.79 
 
 		 371 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.817141  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2592  outer membrane porin protein  30.79 
 
 		 371 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1352  outer membrane porin  30.79 
 
 		 371 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0561388  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6971  porin  31.64 
 
 		 376 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7493  porin  37.34 
 
 		 383 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0254041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1516  porin  31.54 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6313  porin  31.54 
 
 		 376 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  32.79 
 
 		 384 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1412  porin  29.97 
 
 		 371 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.170387  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  32.51 
 
 		 384 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  31.79 
 
 		 357 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2894  OmpC family outer membrane porin  31.73 
 
 		 387 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.33569  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1242  putative outer membrane porin  30.6 
 
 		 371 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1086  putative outer membrane porin  30.6 
 
 		 371 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0486  putative outer membrane porin  30.6 
 
 		 371 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.278408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>