More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8257 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8257  integrase/recombinase  100 
 
 		 109 aa  221  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0245886  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  39.64 
 
 		 340 aa  90.5  7e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  35.14 
 
 		 337 aa  74.7  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  39.77 
 
 		 333 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  37.17 
 
 		 336 aa  70.9  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  36.7 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  36.7 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  36.7 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  36.7 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  36.7 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  36.7 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  37.38 
 
 		 331 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  43.21 
 
 		 327 aa  67.8  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  37.04 
 
 		 336 aa  65.1  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  37.04 
 
 		 336 aa  65.1  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  40.23 
 
 		 300 aa  65.1  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  37.04 
 
 		 336 aa  65.1  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  37.04 
 
 		 336 aa  65.1  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  38.64 
 
 		 343 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  38.64 
 
 		 343 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  33.96 
 
 		 331 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  39.13 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  47.46 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  46.58 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  35.29 
 
 		 345 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  48.53 
 
 		 292 aa  58.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  45.45 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  40.28 
 
 		 277 aa  56.6  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  36.89 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  45.45 
 
 		 332 aa  55.8  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1780  phage integrase family protein  48.98 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000232909  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  47.27 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  39.74 
 
 		 298 aa  55.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  39.71 
 
 		 342 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  37.18 
 
 		 328 aa  55.1  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.02 
 
 		 299 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.02 
 
 		 299 aa  55.1  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1481  integrase family protein  47.27 
 
 		 308 aa  55.1  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.141471  normal  0.0727308 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2216  integrase family protein  48.21 
 
 		 349 aa  55.1  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000229864 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  36.47 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  30.7 
 
 		 325 aa  54.7  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  36.11 
 
 		 314 aa  54.3  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  38.16 
 
 		 295 aa  54.3  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2821  site-specific tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 314 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.626713 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2415  site-specific tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  58.54 
 
 		 323 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  53.19 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  48 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.15 
 
 		 308 aa  53.9  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  45.71 
 
 		 302 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  43.28 
 
 		 296 aa  53.9  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  42.11 
 
 		 308 aa  53.9  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  46.88 
 
 		 295 aa  53.9  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  44.78 
 
 		 290 aa  53.9  0.0000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  33.68 
 
 		 302 aa  53.9  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  44.9 
 
 		 253 aa  53.9  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 301 aa  53.9  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  50 
 
 		 295 aa  53.9  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0030  Integrase  46.43 
 
 		 351 aa  53.9  0.0000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0264646  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0310  Integrase  46.43 
 
 		 351 aa  53.9  0.0000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.004878  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1335  Integrase  46.43 
 
 		 351 aa  53.9  0.0000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.128026  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  48.98 
 
 		 299 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1806  Integrase  46.43 
 
 		 351 aa  53.9  0.0000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0548075  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.17 
 
 		 299 aa  53.5  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  47.27 
 
 		 304 aa  53.5  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  44.62 
 
 		 298 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  43.28 
 
 		 294 aa  53.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  45.28 
 
 		 309 aa  53.1  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  40 
 
 		 302 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3583  phage integrase  43.33 
 
 		 385 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.43 
 
 		 299 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  40 
 
 		 302 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  48 
 
 		 298 aa  52.8  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  41.1 
 
 		 308 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  48 
 
 		 298 aa  52.8  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  48.44 
 
 		 295 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  48 
 
 		 298 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  55.56 
 
 		 295 aa  52.4  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0031  resolvase  38.46 
 
 		 259 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.131142  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  52.5 
 
 		 328 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  48 
 
 		 298 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  42.67 
 
 		 294 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  52.5 
 
 		 314 aa  52.4  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  48 
 
 		 298 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  46 
 
 		 302 aa  52.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  48 
 
 		 298 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  39.39 
 
 		 296 aa  52.4  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  52.5 
 
 		 328 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  42.59 
 
 		 336 aa  52  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>