211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5915 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5915  penicillin binding protein  100 
 
 		 502 aa  1012    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3736  beta-lactamase  57.77 
 
 		 502 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2075  beta-lactamase  46.25 
 
 		 511 aa  424  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3988  beta-lactamase  46.71 
 
 		 503 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0140  beta-lactamase  45.51 
 
 		 503 aa  402  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.877778  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2198  beta-lactamase  23.01 
 
 		 543 aa  93.2  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176904  normal  0.0317754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4671  alkaline D-peptidase, putative  28.48 
 
 		 330 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126225  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2177  beta-lactamase  26.88 
 
 		 543 aa  85.9  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.816506 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3688  beta-lactamase  26.88 
 
 		 543 aa  85.9  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.011807 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1520  Beta-lactamase  22.95 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000638983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01195  penicillin-binding protein  22.45 
 
 		 559 aa  83.2  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.119719  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1412  D-aminopeptidase  23.56 
 
 		 520 aa  82  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3175  beta-lactamase  22.49 
 
 		 351 aa  80.9  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0119788  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5264  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  27.16 
 
 		 493 aa  78.2  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.0797924 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0947  D-aminopeptidase  23.97 
 
 		 518 aa  76.6  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1439  Beta-lactamase  28.29 
 
 		 330 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0862025  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  28.7 
 
 		 356 aa  76.3  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0889  D-aminopeptidase  23.81 
 
 		 518 aa  74.3  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0759  putative beta-lactamase class C penicillin binding protein  28.65 
 
 		 498 aa  73.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.445171  normal  0.118882 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  27.91 
 
 		 449 aa  70.1  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1923  beta-lactamase  28.9 
 
 		 389 aa  70.1  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3287  beta-lactamase  27.41 
 
 		 463 aa  69.3  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0209216 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4257  beta-lactamase  27.04 
 
 		 464 aa  68.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.240658 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0468  beta-lactamase  27.25 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000926021 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5985  beta-lactamase  23.53 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0498  beta-lactamase  23.76 
 
 		 502 aa  67.8  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.472446  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  21.63 
 
 		 477 aa  67.4  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1832  beta-lactamase  25.43 
 
 		 446 aa  67  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.29245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4519  beta-lactamase  28.08 
 
 		 451 aa  66.6  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.302372  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.93 
 
 		 399 aa  65.9  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00562308  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  23.45 
 
 		 446 aa  65.1  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2638  beta-lactamase  26.14 
 
 		 445 aa  64.7  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2953  beta-lactamase  24.85 
 
 		 513 aa  64.7  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0500  beta-lactamase  23.66 
 
 		 487 aa  64.3  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0563  beta-lactamase  27.41 
 
 		 506 aa  63.9  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000636485 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11951  lipoprotein  32.45 
 
 		 371 aa  63.5  0.000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2968  beta-lactamase  22.53 
 
 		 462 aa  63.2  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1755  beta-lactamase  28.2 
 
 		 450 aa  63.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0471  beta-lactamase  25.07 
 
 		 616 aa  62  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  26.92 
 
 		 713 aa  62  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  25.09 
 
 		 450 aa  62  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2991  beta-lactamase  25.3 
 
 		 475 aa  62.4  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  26.33 
 
 		 443 aa  61.6  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4350  Beta-lactamase  26.6 
 
 		 553 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4689  beta-lactamase  25 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0791767  normal  0.116144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1818  beta-lactamase  26.03 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  26.81 
 
 		 740 aa  60.5  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  26.88 
 
 		 388 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3246  D-aminopeptidase  24.18 
 
 		 516 aa  60.1  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2779  beta-lactamase  25.08 
 
 		 445 aa  60.1  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000737728  hitchhiker  0.0000305116 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2093  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.81 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3981  D-aminopeptidase  24.18 
 
 		 516 aa  59.7  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  27.62 
 
 		 388 aa  59.3  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  27.62 
 
 		 389 aa  58.9  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0343  beta-lactamase  26.76 
 
 		 482 aa  58.5  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  27.62 
 
 		 388 aa  59.3  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0675  beta-lactamase  26.85 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0999  beta-lactamase  22.22 
 
 		 367 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0117018 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  27.62 
 
 		 388 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3147  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.25 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2647  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.52 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.180779  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.1 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2208  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.75 
 
 		 442 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.474098  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3512  beta-lactamase  22.62 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2860  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.25 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28769  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2921  beta-lactamase class C-like protein  22.92 
 
 		 451 aa  57.4  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.154271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5443  putative beta-lactamase  26.14 
 
 		 364 aa  57  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.65256  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  25.4 
 
 		 375 aa  56.6  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  24.38 
 
 		 362 aa  56.6  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2997  beta-lactamase  24.7 
 
 		 513 aa  56.2  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5771  beta-lactamase  26.63 
 
 		 711 aa  56.6  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.636545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  25.07 
 
 		 405 aa  56.2  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0467  beta-lactamase  25.16 
 
 		 637 aa  56.2  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4094  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  24.78 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4170  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  24.78 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3053  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  24.55 
 
 		 420 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5142  alkaline D-peptidase  26.54 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4727  beta-lactamase  28.24 
 
 		 366 aa  55.5  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1164  beta-lactamase  23.98 
 
 		 501 aa  55.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  26.15 
 
 		 388 aa  55.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  26.45 
 
 		 388 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2932  penicillin-binding protein  24.26 
 
 		 513 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1936  beta-lactamase  27.66 
 
 		 848 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.178754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4155  beta-lactamase  25.08 
 
 		 378 aa  55.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222212  normal  0.15208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  23.68 
 
 		 578 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  24.41 
 
 		 389 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0860  beta-lactamase  27.32 
 
 		 457 aa  54.7  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.164383  normal  0.834143 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  26.45 
 
 		 388 aa  54.3  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  22.64 
 
 		 431 aa  53.9  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1094  beta-lactamase  28.32 
 
 		 349 aa  53.9  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3391  beta-lactamase  25.53 
 
 		 420 aa  53.9  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4346  Beta-lactamase  24.28 
 
 		 547 aa  53.9  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1311  beta-lactamase  23.6 
 
 		 669 aa  53.9  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2194  beta-lactamase  28.7 
 
 		 334 aa  53.9  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.724545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4133  beta-lactamase  26.88 
 
 		 822 aa  53.5  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.668063  normal  0.0496796 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  24.84 
 
 		 385 aa  53.5  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4863  beta-lactamase  27.07 
 
 		 441 aa  53.5  0.000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.625101  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4280  beta-lactamase  26.54 
 
 		 330 aa  53.5  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0398  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.89 
 
 		 366 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2964  beta-lactamase  31.43 
 
 		 380 aa  53.1  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>