More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5382 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5382  two-component system regulatory protein  100 
 
 		 158 aa  306  8e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365131  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4185  response regulator receiver protein  55 
 
 		 159 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04606  two-component system regulatory protein  51.35 
 
 		 157 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2128  response regulator  50.75 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1938  response regulator receiver  50.75 
 
 		 154 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0328542  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2389  response regulator receiver domain-containing protein  45.32 
 
 		 159 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.589748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  46.32 
 
 		 402 aa  117  7e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1861  putative PAS/PAC sensor protein  46.15 
 
 		 280 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.372386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3546  putative PAS/PAC sensor protein  45.07 
 
 		 282 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536601  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2733  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.26 
 
 		 346 aa  112  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2065  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.08 
 
 		 615 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.722895  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1917  response regulator receiver  44.7 
 
 		 303 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6414  adenylate cyclase  42.52 
 
 		 395 aa  104  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0293466  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4196  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  45.04 
 
 		 350 aa  103  9e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3547  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 314 aa  102  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928319  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0187  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  42.19 
 
 		 354 aa  102  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0125166 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2092  adenylate/guanylate cyclase  41.98 
 
 		 395 aa  101  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.36 
 
 		 588 aa  100  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.157265  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1860  diguanylate cyclase  42.52 
 
 		 312 aa  100  9e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3285  response regulator receiver  41.48 
 
 		 362 aa  95.1  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0533  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.96 
 
 		 597 aa  94.4  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.985347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2998  response regulator receiver protein  38.97 
 
 		 377 aa  92  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  40.85 
 
 		 516 aa  85.5  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  35.25 
 
 		 756 aa  84.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 454 aa  80.9  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  33.58 
 
 		 457 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.15 
 
 		 457 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.15 
 
 		 457 aa  79.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  33.1 
 
 		 455 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  34.06 
 
 		 457 aa  79  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2157  response regulator receiver protein  36.22 
 
 		 577 aa  78.2  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  34.06 
 
 		 457 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.7 
 
 		 376 aa  78.2  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  39.68 
 
 		 458 aa  77.8  0.00000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  34.78 
 
 		 457 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  35.11 
 
 		 457 aa  77.4  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  39.68 
 
 		 458 aa  76.6  0.0000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0878  response regulator receiver  34.11 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  34.59 
 
 		 466 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  33.58 
 
 		 457 aa  76.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.85 
 
 		 236 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1098  PAS:GGDEF  36.03 
 
 		 705 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1924  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  39.32 
 
 		 367 aa  75.5  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.620973  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0712  DNA-binding response regulator  33.07 
 
 		 234 aa  74.7  0.0000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  35.96 
 
 		 1111 aa  74.7  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1790  response regulator  36.97 
 
 		 254 aa  74.3  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0306127  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.46 
 
 		 457 aa  74.3  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1723  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  40.52 
 
 		 381 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00833768  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  35.09 
 
 		 1128 aa  74.3  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 469 aa  73.9  0.0000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 536 aa  73.6  0.0000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3109  response regulator receiver  34.62 
 
 		 285 aa  73.6  0.0000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0893452  normal  0.677049 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0967  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 457 aa  73.9  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0207283 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0931  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 457 aa  73.9  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.436852  normal  0.104843 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2041  DNA-binding response regulator  35.83 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0972255  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3869  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.09 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.89 
 
 		 247 aa  72.4  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.520505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  36.52 
 
 		 932 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1772  response regulator  36.13 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1727  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.87 
 
 		 471 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1242  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1055  two component signal transduction response regulator  34.85 
 
 		 734 aa  72.8  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0148851  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.52 
 
 		 927 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 351 aa  73.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 457 aa  72.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1991  DNA-binding response regulator  36.13 
 
 		 254 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.9362699999999994e-45 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  35.54 
 
 		 234 aa  72  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18111  two-component response regulator  36.89 
 
 		 248 aa  72  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 330 aa  72  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2563  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 935 aa  72  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.851477 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  37.3 
 
 		 385 aa  72  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 235 aa  72  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0825  response regulator receiver  34.56 
 
 		 204 aa  72  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.751719  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  33.59 
 
 		 457 aa  72.4  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2062  DNA-binding response regulator  35.83 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000169038  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0044  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 224 aa  72  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0912  metal-dependent phosphohydrolase HD sub domain protein  35.71 
 
 		 371 aa  72  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  36.22 
 
 		 460 aa  71.6  0.000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1777  metal dependent phosphohydrolase, HD region with response regulator receiver modulation  34.97 
 
 		 414 aa  71.6  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18291  two-component response regulator  36.89 
 
 		 248 aa  71.6  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.276613  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1801  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.25 
 
 		 471 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.162476  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2247  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 119 aa  71.6  0.000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.135382  normal  0.142459 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.52 
 
 		 322 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1712  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 248 aa  71.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 		 1559 aa  71.2  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1962  DNA-binding response regulator  32.35 
 
 		 225 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.597164  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5511  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 236 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.567595 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.54 
 
 		 224 aa  70.9  0.000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4602  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.33 
 
 		 226 aa  70.9  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0719  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 		 531 aa  71.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2655  response regulator receiver (CheY-like) modulated metal dependent phosphohydrolase  32.06 
 
 		 353 aa  71.2  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  35.77 
 
 		 235 aa  71.2  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18081  two-component response regulator  36.07 
 
 		 248 aa  70.9  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.77 
 
 		 240 aa  70.9  0.000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3242  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 		 441 aa  70.9  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 		 443 aa  70.5  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3366  DNA-binding response regulator  32.35 
 
 		 225 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.166078  hitchhiker  0.00000000000000126215 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1955  DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 228 aa  70.5  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>