210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5262 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5262  hypothetical protein  100 
 
 		 366 aa  726    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0828  FAD dependent oxidoreductase  31.84 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.491479  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3529  monooxygenase FAD-binding  33.04 
 
 		 409 aa  139  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174105  decreased coverage  0.00232713 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2641  monooxygenase, FAD-binding  30.95 
 
 		 401 aa  120  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2626  monooxygenase FAD-binding  30.08 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3477  dehydrogenase (flavoprotein)  30.08 
 
 		 356 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00015718  normal  0.0486362 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2948  monooxygenase FAD-binding  28.65 
 
 		 430 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.284077  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3720  FAD dependent oxidoreductase  25.27 
 
 		 372 aa  99.4  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0318  dehydrogenases (flavoproteins)-like  25.27 
 
 		 482 aa  98.2  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.331589 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1021  FAD dependent oxidoreductase  31.73 
 
 		 392 aa  97.1  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4289  monooxygenase FAD-binding  25.21 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0291  FAD dependent oxidoreductase  28.53 
 
 		 361 aa  85.5  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  29.38 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  27.42 
 
 		 506 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2304  FAD dependent oxidoreductase  27.46 
 
 		 430 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.721165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2472  monooxygenase FAD-binding  27.62 
 
 		 430 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3184  tryptophan halogenase  27.49 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153347  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5104  hypothetical protein  26.61 
 
 		 415 aa  76.3  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2822  flavoprotein/dehydrogenase  25.24 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  28.62 
 
 		 449 aa  73.2  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0428  monooxygenase, FAD-binding  26.43 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00208516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4493  monooxygenase FAD-binding  25 
 
 		 488 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.575117  normal  0.0380746 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3913  monooxygenase FAD-binding  26.02 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.445041  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26.17 
 
 		 455 aa  70.1  0.00000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1705  FAD dependent oxidoreductase  27.3 
 
 		 366 aa  69.3  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4197  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  23.65 
 
 		 444 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0342  tryptophan halogenase  23.12 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0436  FAD dependent oxidoreductase  24.77 
 
 		 429 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4779  monooxygenase FAD-binding  26.57 
 
 		 419 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3702  monooxygenase FAD-binding  26.57 
 
 		 419 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2465  tryptophan halogenase  28.27 
 
 		 495 aa  66.2  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.17253 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0428  FAD dependent oxidoreductase  26.95 
 
 		 410 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.25324  normal  0.196339 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0330  monooxygenase FAD-binding  24.55 
 
 		 429 aa  65.5  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2031  tryptophan halogenase  26.15 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0818162  normal  0.0655371 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4378  FAD-binding protein  24.41 
 
 		 436 aa  65.1  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3389  FAD-binding protein  25.14 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  28.46 
 
 		 423 aa  63.9  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1497  tryptophan halogenase  24.44 
 
 		 406 aa  63.9  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.756039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0340  monooxygenase FAD-binding  24.24 
 
 		 429 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.131128 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  29.97 
 
 		 424 aa  64.3  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03738  hydroxylase  26.3 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3898  tryptophan halogenase  23.26 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0337  monooxygenase FAD-binding  23.94 
 
 		 429 aa  63.2  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0708  monooxygenase FAD-binding  27.91 
 
 		 416 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0332  monooxygenase FAD-binding  24.24 
 
 		 429 aa  62.8  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3883  monooxygenase FAD-binding  23.29 
 
 		 409 aa  62.8  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.964641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2763  oxidoreductase, FAD-binding, putative  26.65 
 
 		 445 aa  62.4  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2979  aromatic-ring hydroxylase  25.68 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0340  monooxygenase, FAD-binding  24.78 
 
 		 435 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3686  monooxygenase, FAD-binding protein  24.78 
 
 		 435 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0331  monooxygenase, FAD-binding  24.78 
 
 		 435 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47310  2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase  25.78 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  23.68 
 
 		 370 aa  60.1  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6678  tryptophan halogenase  25.7 
 
 		 506 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2003  tryptophan halogenase  21.9 
 
 		 415 aa  60.1  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.923769 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4091  tryptophan halogenase  27.22 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4606  tryptophan halogenase  22.34 
 
 		 420 aa  59.3  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5431  2-octaprenyl-3-methyl-6-methoxy-1,4-benzoquinol hydroxylase  27.07 
 
 		 407 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509963  normal  0.0291121 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0759  hypothetical protein  25.22 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2333  FAD binding domain-containing protein  25.42 
 
 		 480 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1702  PimS2 protein  30.19 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.665919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2969  tryptophan halogenase  26.36 
 
 		 455 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.339747  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3521  tryptophan halogenase  22.49 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.956189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  28.25 
 
 		 413 aa  58.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  27.71 
 
 		 425 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  27.72 
 
 		 398 aa  57.4  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1250  geranylgeranyl reductase  23.24 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.375977  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2750  Dehydrogenase (flavoprotein)-like protein  29.68 
 
 		 366 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589907  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004059  FAD-binding protein inferred for ABFAE pathway  22.91 
 
 		 414 aa  57  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.371428  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3616  tryptophan halogenase  26.9 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.190224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3311  tryptophan halogenase  25.37 
 
 		 449 aa  56.2  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  28.37 
 
 		 423 aa  55.8  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4161  putative tryptophan halogenase  25.93 
 
 		 470 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.326464 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  22.87 
 
 		 387 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1615  dehydrogenase  22.81 
 
 		 405 aa  54.7  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1863  tryptophan halogenase  23.36 
 
 		 415 aa  53.9  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2581  ubiquinone biosynthesis hydroxylase, UbiH/UbiF/VisC/COQ6  24.92 
 
 		 422 aa  53.9  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2083  FAD dependent oxidoreductase  28.8 
 
 		 344 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0044  geranylgeranyl reductase  25.71 
 
 		 380 aa  54.3  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00759  putative oxidoreductase protein  27.01 
 
 		 419 aa  53.9  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.134999  normal  0.0681702 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3158  tryptophan halogenase  23.6 
 
 		 584 aa  53.1  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000257719 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  27.17 
 
 		 378 aa  52.8  0.000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  33.33 
 
 		 429 aa  52.8  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  24.76 
 
 		 444 aa  52  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0369  geranylgeranyl reductase  24.92 
 
 		 408 aa  52.8  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0683691  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0931  tryptophan halogenase  23.4 
 
 		 439 aa  51.6  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5621  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  23.97 
 
 		 409 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3422  geranylgeranyl reductase  24.71 
 
 		 407 aa  51.6  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.351163 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0788  non-heme halogenase, putative  23.4 
 
 		 439 aa  51.6  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.702938  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  22.8 
 
 		 384 aa  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  25.86 
 
 		 379 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  28.09 
 
 		 423 aa  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  27.84 
 
 		 435 aa  50.8  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1007  FAD dependent oxidoreductase  25.48 
 
 		 409 aa  50.8  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2065  tryptophan halogenase  30.52 
 
 		 439 aa  50.8  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.215345 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  27.43 
 
 		 426 aa  50.8  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  24.85 
 
 		 376 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0807  geranylgeranyl reductase  22.1 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00458422  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  26.87 
 
 		 396 aa  50.1  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2237  tryptophan halogenase  25.07 
 
 		 444 aa  50.1  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>