More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3521 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4378  FAD-binding protein  75.85 
 
 
436 aa  649    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0315  tryptophan halogenase  75.12 
 
 
420 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4606  tryptophan halogenase  72.64 
 
 
420 aa  649    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0330  monooxygenase FAD-binding  74.15 
 
 
429 aa  641    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3521  tryptophan halogenase  100 
 
 
424 aa  881    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.956189  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0337  monooxygenase FAD-binding  74.15 
 
 
429 aa  642    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0340  monooxygenase, FAD-binding  73.41 
 
 
435 aa  647    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3686  monooxygenase, FAD-binding protein  73.65 
 
 
435 aa  648    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0342  tryptophan halogenase  71.63 
 
 
422 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0436  FAD dependent oxidoreductase  75.12 
 
 
429 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0340  monooxygenase FAD-binding  74.15 
 
 
429 aa  642    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.131128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0331  monooxygenase, FAD-binding  73.52 
 
 
435 aa  647    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0332  monooxygenase FAD-binding  73.9 
 
 
429 aa  642    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3898  tryptophan halogenase  71.81 
 
 
429 aa  626  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3389  FAD-binding protein  72.68 
 
 
424 aa  623  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004059  FAD-binding protein inferred for ABFAE pathway  59.86 
 
 
414 aa  512  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.371428  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2108  FAD dependent oxidoreductase  60.81 
 
 
413 aa  509  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1615  dehydrogenase  58.39 
 
 
405 aa  486  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0428  FAD dependent oxidoreductase  59.12 
 
 
410 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.25324  normal  0.196339 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5104  hypothetical protein  56.83 
 
 
415 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4387  tryptophan halogenase  56.63 
 
 
409 aa  463  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000478087  normal  0.336171 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0428  monooxygenase, FAD-binding  56.59 
 
 
415 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00208516  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3702  monooxygenase FAD-binding  52.12 
 
 
419 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.20919 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4779  monooxygenase FAD-binding  52.12 
 
 
419 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0708  monooxygenase FAD-binding  53.27 
 
 
416 aa  449  1e-125  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3883  monooxygenase FAD-binding  54 
 
 
409 aa  445  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.964641  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5621  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  54.99 
 
 
409 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3913  monooxygenase FAD-binding  52.29 
 
 
416 aa  442  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.445041  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1497  tryptophan halogenase  53.64 
 
 
406 aa  429  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.756039  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3616  tryptophan halogenase  51.08 
 
 
415 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.190224  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00759  putative oxidoreductase protein  52.68 
 
 
419 aa  426  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.134999  normal  0.0681702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4091  tryptophan halogenase  50.6 
 
 
415 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0945  putative oxidoreductase  51.59 
 
 
414 aa  421  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.183705  normal  0.443912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3046  tryptophan halogenase  51.34 
 
 
414 aa  420  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0354433  normal  0.187901 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2756  FAD dependent oxidoreductase  50.64 
 
 
417 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.471979  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2822  flavoprotein/dehydrogenase  43.03 
 
 
413 aa  354  2e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1863  tryptophan halogenase  42.93 
 
 
415 aa  340  4e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2003  tryptophan halogenase  39.56 
 
 
415 aa  323  3e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.923769 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0135  tryptophan halogenase  41.15 
 
 
417 aa  319  5e-86  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.138396  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03920  Monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:Tryptophanhalogenase  40.24 
 
 
415 aa  313  3.9999999999999997e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.117201  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1110  tryptophan halogenase  41.54 
 
 
416 aa  302  9e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3184  tryptophan halogenase  30.24 
 
 
441 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.153347  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03738  hydroxylase  30.98 
 
 
461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  27.25 
 
 
455 aa  152  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2237  tryptophan halogenase  27.36 
 
 
444 aa  150  5e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2333  FAD binding domain-containing protein  30.46 
 
 
480 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4197  monooxygenase, FAD-binding:FAD dependent oxidoreductase:tryptophan halogenase  29.43 
 
 
444 aa  147  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2969  tryptophan halogenase  29.44 
 
 
455 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.339747  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1332  oxidoreductase, FAD-binding, putative  29.01 
 
 
449 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.401661  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3957  tryptophan halogenase  30.31 
 
 
444 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0788  non-heme halogenase, putative  28.24 
 
 
439 aa  143  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.702938  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0931  tryptophan halogenase  28.24 
 
 
439 aa  143  5e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3311  tryptophan halogenase  28.39 
 
 
449 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2763  oxidoreductase, FAD-binding, putative  27.71 
 
 
445 aa  139  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0530  tryptophan halogenase  29.34 
 
 
491 aa  134  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.680136  normal  0.208224 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2119  tryptophan halogenase  33.23 
 
 
507 aa  133  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671126  normal  0.0332938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4161  putative tryptophan halogenase  30.15 
 
 
470 aa  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.326464 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1005  FAD binding domain-containing protein  29.87 
 
 
480 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0347975  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2240  alkylhalidase  29.87 
 
 
480 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345155  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  26.08 
 
 
455 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2103  putative tryptophan halogenase  29.87 
 
 
480 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0674783  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2465  tryptophan halogenase  29.74 
 
 
495 aa  125  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.17253 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2048  putative tryptophan halogenase  29.33 
 
 
480 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.826968  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10884  conserved hypothetical protein  29.55 
 
 
647 aa  124  4e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.106325 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3116  tryptophan halogenase  29.82 
 
 
417 aa  120  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.406166  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2724  tryptophan halogenase  29.5 
 
 
506 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.656683  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2031  tryptophan halogenase  29.2 
 
 
413 aa  116  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0818162  normal  0.0655371 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2065  tryptophan halogenase  28.46 
 
 
439 aa  108  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.215345 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3158  tryptophan halogenase  29.32 
 
 
584 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000257719 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5510  tryptophan halogenase  29.7 
 
 
587 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3552  FAD dependent oxidoreductase  24.81 
 
 
563 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2756  tryptophan halogenase  29.85 
 
 
618 aa  100  4e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6353  FAD dependent oxidoreductase  25.14 
 
 
606 aa  87.4  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576963 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2641  monooxygenase, FAD-binding  27.45 
 
 
401 aa  87.4  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5928  FAD dependent oxidoreductase  24.58 
 
 
515 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00202441  hitchhiker  0.00883605 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02880  halogenase  26.91 
 
 
540 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  26.92 
 
 
423 aa  83.2  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  25.22 
 
 
398 aa  82.8  0.000000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  26.1 
 
 
423 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  23.44 
 
 
413 aa  78.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  23.42 
 
 
384 aa  77.8  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0260  monooxygenase FAD-binding  25.97 
 
 
568 aa  76.6  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.958147  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  25.99 
 
 
435 aa  75.9  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  25.79 
 
 
393 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6708  FAD dependent oxidoreductase  23.56 
 
 
566 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  24.56 
 
 
457 aa  74.7  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  25.15 
 
 
425 aa  74.3  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4728  FAD dependent oxidoreductase  23.01 
 
 
566 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6985  FAD dependent oxidoreductase  23.08 
 
 
566 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176502  normal  0.543352 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  24.32 
 
 
418 aa  73.9  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5266  FAD dependent oxidoreductase  22.48 
 
 
566 aa  73.9  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01623  conserved hypothetical protein  23.7 
 
 
476 aa  71.6  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.282796 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  25.71 
 
 
424 aa  72.4  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  25.07 
 
 
393 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  24.05 
 
 
426 aa  72.4  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  25.29 
 
 
423 aa  71.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  22.25 
 
 
376 aa  70.9  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2887  halogenase PrnC  23.08 
 
 
566 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.939862  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1117  PrnC  23.08 
 
 
566 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  23.58 
 
 
406 aa  70.5  0.00000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>