More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aave_3892 on replicon NC_008752
Organism: Acidovorax citrulli AAC00-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_3892  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  577  1e-164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.75 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3680  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.301341  hitchhiker  0.00043388 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.23 
 
 		 294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4107  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.41444 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1757  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0074148 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.23 
 
 		 294 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3381  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 311 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.16 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.99 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.01 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.18 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.18 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.18 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4080  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 297 aa  99.8  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 309 aa  99  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64910  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 297 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 296 aa  97.1  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  31.6 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  28.17 
 
 		 293 aa  96.3  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 320 aa  96.3  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 320 aa  95.5  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 320 aa  95.5  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1990  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288797  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1882  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 302 aa  94.7  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3156  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2338  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.232373  normal  0.493972 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4920  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  26.4 
 
 		 301 aa  94  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2967  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.991326 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 318 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.78 
 
 		 301 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 295 aa  92.8  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 309 aa  92.8  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49110  transcriptional regulator  32.41 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000474321 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5015  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.81 
 
 		 328 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46519  normal  0.168867 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 296 aa  92  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  28.97 
 
 		 305 aa  92  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  27.91 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  28.41 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6924  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.671942  normal  0.244663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0116  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.734759  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4259  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.707653  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0031  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.213809  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.76 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  25.47 
 
 		 302 aa  89.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 311 aa  89  7e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  30.33 
 
 		 299 aa  89  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 310 aa  88.2  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0660  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 313 aa  88.2  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.641182 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 290 aa  88.2  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>