More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1620 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
408 aa  821    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0392  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  54.39 
 
 
403 aa  433  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.224611  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  55.87 
 
 
387 aa  432  1e-120  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3748  Extracellular ligand-binding receptor  55.16 
 
 
401 aa  420  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253584  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1847  twin-arginine translocation pathway signal  33.82 
 
 
416 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.477463  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2884  putative branched-chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  34.53 
 
 
414 aa  199  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.144097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1948  Extracellular ligand-binding receptor  34.22 
 
 
415 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3620  twin-arginine translocation pathway signal  33.58 
 
 
416 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.963637  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1098  Extracellular ligand-binding receptor  32.32 
 
 
416 aa  180  4.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0210365  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1665  extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 
414 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.910877  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1561  extracellular ligand-binding receptor  36.1 
 
 
402 aa  177  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2126  extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 
416 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1562  extracellular ligand-binding receptor  34.21 
 
 
406 aa  170  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.775767  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2866  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.54 
 
 
413 aa  170  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.814502  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1502  extracellular ligand-binding receptor  31.31 
 
 
418 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23648  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5995  putative leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  30.77 
 
 
407 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524183  normal  0.0200525 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  30.08 
 
 
397 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0004  extracellular ligand-binding receptor  29.79 
 
 
417 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000538672 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  31.3 
 
 
434 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0895  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
421 aa  140  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0363  extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 
413 aa  137  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0861  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.54 
 
 
401 aa  137  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00284433  normal  0.49325 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1455  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179211  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2424  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  27.88 
 
 
383 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.806831  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0141  extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
406 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.202322  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1927  extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
406 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.195593  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  33.82 
 
 
375 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.61 
 
 
385 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  31.95 
 
 
374 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1534  Extracellular ligand-binding receptor  27.84 
 
 
383 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.688038  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0792  Extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 
400 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1439  Extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
383 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.249756  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
378 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
378 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
378 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
378 aa  127  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
372 aa  126  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2285  extracellular ligand-binding receptor  30.07 
 
 
417 aa  125  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1580  Extracellular ligand-binding receptor  28.42 
 
 
394 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0641  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
418 aa  123  7e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0197785 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.39 
 
 
374 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1904  extracellular ligand-binding receptor  29.74 
 
 
400 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2392  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
372 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0457851 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 
374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0853  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.4 
 
 
381 aa  120  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.18061  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 
368 aa  120  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  28.39 
 
 
371 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1095  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.39 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  30.65 
 
 
371 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1193  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.39 
 
 
406 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31768  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  30.65 
 
 
371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  30.65 
 
 
371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  28.91 
 
 
371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  30.42 
 
 
339 aa  116  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1839  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  31.25 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.201932  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0906  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
439 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2140  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 
407 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_004310  BR1785  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.53 
 
 
371 aa  113  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1720  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.53 
 
 
371 aa  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  30.52 
 
 
371 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  30.18 
 
 
374 aa  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  29.31 
 
 
413 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  30.07 
 
 
364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  29.24 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
372 aa  111  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  30.23 
 
 
371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.46 
 
 
399 aa  110  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  28.98 
 
 
371 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1830  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
381 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.000000559355  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4919  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.78 
 
 
380 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 
373 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
378 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0552  extracellular ligand-binding receptor  28.02 
 
 
377 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0988947  normal  0.266185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 
373 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3400  extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
436 aa  108  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.41623  normal  0.0330149 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
372 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
372 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.78 
 
 
402 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  26.67 
 
 
368 aa  107  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5642  extracellular ligand-binding receptor  29.64 
 
 
411 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324496  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
373 aa  106  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
376 aa  106  7e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
373 aa  106  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  29.83 
 
 
375 aa  106  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  27.79 
 
 
368 aa  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 
388 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.1 
 
 
373 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 
366 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
371 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
373 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
381 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3645  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
401 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.218866  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.46 
 
 
376 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3863  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 
366 aa  104  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0437256 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
370 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>