More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_4918 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  613  1e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 302 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  38.21 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 311 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  38.75 
 
 		 311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 290 aa  205  9e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  36.65 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 314 aa  202  5e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 297 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 316 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 318 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 297 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 301 aa  191  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 351 aa  185  8e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 336 aa  175  7e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  36.02 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 293 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.71 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0115  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 313 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 316 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  34.25 
 
 		 296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 300 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  28.25 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.39 
 
 		 304 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.79 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3192  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 268 aa  108  9.000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.43 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.43 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.24 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 319 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 		 320 aa  99  8e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 319 aa  99  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 319 aa  99  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6121  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 310 aa  99  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70560  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 310 aa  99  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  31.97 
 
 		 307 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  35.83 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2780  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 319 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>