More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06568 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06568  transcriptional regulator  100 
 
 
294 aa  615  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000692  putative transcriptional regulator LysR family protein  87.07 
 
 
294 aa  550  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3811  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 
315 aa  276  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
311 aa  258  6e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3359  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4256  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
291 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267283 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4192  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
290 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 
294 aa  216  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4074  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
290 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4104  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
290 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3689  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
290 aa  215  7e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0256  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
290 aa  215  7e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3885  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
290 aa  215  7e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.19798 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3994  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 
290 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 
289 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3697  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
290 aa  210  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0222  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
291 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.108067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0384  transcriptional regulator, LysR family protein  40.07 
 
 
289 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3221  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34 
 
 
306 aa  162  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
304 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 
306 aa  155  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 
303 aa  155  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 
303 aa  155  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  155  9e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  155  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  155  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  33.45 
 
 
306 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.8 
 
 
308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 
308 aa  152  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
303 aa  152  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.9 
 
 
305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 
303 aa  152  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
303 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
305 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
307 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
307 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
303 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 
303 aa  149  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4030  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
296 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.790637  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.88 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.85 
 
 
301 aa  142  7e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0994  transcriptional regulator, LysR family  31.77 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.414086  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
310 aa  139  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
310 aa  139  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
312 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  31.08 
 
 
308 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.72 
 
 
300 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.19 
 
 
310 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.65 
 
 
300 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
317 aa  136  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
305 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
304 aa  136  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.79 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.32 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 
311 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.77 
 
 
294 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.77 
 
 
294 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.43 
 
 
294 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
296 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2509  transcriptional regulator, LysR family protein  28.52 
 
 
292 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.47 
 
 
294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.97 
 
 
301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
301 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
293 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 
314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.56 
 
 
294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>