More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0989 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
306 aa  628  1e-179  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  63.07 
 
 
314 aa  421  1e-116  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  63.46 
 
 
311 aa  412  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  63.46 
 
 
311 aa  412  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  53.9 
 
 
319 aa  308  1.0000000000000001e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  53.51 
 
 
305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
305 aa  291  8e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  50.17 
 
 
331 aa  290  3e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  50 
 
 
306 aa  285  5e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  49.67 
 
 
306 aa  285  7e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.36 
 
 
303 aa  285  9e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  49.17 
 
 
304 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.84 
 
 
301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.5 
 
 
303 aa  281  8.000000000000001e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  48.83 
 
 
306 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  48.8 
 
 
303 aa  279  5e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48.34 
 
 
302 aa  278  7e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  47.02 
 
 
302 aa  278  8e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  47.35 
 
 
302 aa  275  9e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  49.83 
 
 
304 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  48.99 
 
 
313 aa  274  1.0000000000000001e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.02 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  47.02 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.02 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  48.97 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 
302 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  44.7 
 
 
309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  48.12 
 
 
334 aa  273  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  47.62 
 
 
305 aa  273  3e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.69 
 
 
302 aa  271  9e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48.63 
 
 
302 aa  271  1e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  46.73 
 
 
304 aa  271  1e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.16 
 
 
296 aa  270  2e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  45.07 
 
 
326 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.16 
 
 
296 aa  269  4e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.54 
 
 
306 aa  267  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  47.55 
 
 
323 aa  265  7e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.55 
 
 
305 aa  263  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  48.01 
 
 
305 aa  263  4e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  48.01 
 
 
305 aa  263  4e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.36 
 
 
300 aa  263  4e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 
308 aa  262  6.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.29 
 
 
305 aa  260  2e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.63 
 
 
300 aa  256  3e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  42.38 
 
 
315 aa  255  6e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  45.36 
 
 
300 aa  255  7e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 
313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  47.47 
 
 
304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  45 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  45.48 
 
 
302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.72 
 
 
316 aa  253  3e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.33 
 
 
320 aa  252  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.24 
 
 
334 aa  250  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  43.33 
 
 
334 aa  249  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.21 
 
 
347 aa  249  5e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40.58 
 
 
344 aa  249  5e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  40.92 
 
 
377 aa  248  8e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.05 
 
 
326 aa  247  1e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  43.48 
 
 
323 aa  248  1e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.95 
 
 
312 aa  248  1e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.02 
 
 
320 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.09 
 
 
319 aa  246  3e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  42.67 
 
 
310 aa  245  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 
319 aa  245  6e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.49 
 
 
322 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.36 
 
 
326 aa  245  8e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.05 
 
 
319 aa  244  1.9999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  44.16 
 
 
341 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.75 
 
 
304 aa  242  6e-63  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  44.04 
 
 
322 aa  242  7e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  40.75 
 
 
345 aa  239  2.9999999999999997e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.02 
 
 
319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.08 
 
 
332 aa  240  2.9999999999999997e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.36 
 
 
324 aa  239  4e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  41.59 
 
 
482 aa  238  6.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  41.39 
 
 
328 aa  237  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  41.14 
 
 
320 aa  237  2e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.02 
 
 
319 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  42.31 
 
 
326 aa  235  6e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.05 
 
 
327 aa  235  7e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  43.22 
 
 
341 aa  234  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.33 
 
 
306 aa  234  9e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.5 
 
 
313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.66 
 
 
343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  40.62 
 
 
334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 
312 aa  232  7.000000000000001e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  40.32 
 
 
341 aa  231  9e-60  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.07 
 
 
343 aa  230  2e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  42.48 
 
 
318 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 
297 aa  229  3e-59  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  42.81 
 
 
318 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  42.95 
 
 
342 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.73 
 
 
321 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  40.95 
 
 
321 aa  229  5e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  40.13 
 
 
346 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  42.95 
 
 
343 aa  228  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.75 
 
 
326 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  39.88 
 
 
391 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>