275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_3459 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  68.97 
 
 
534 aa  655    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  73.21 
 
 
508 aa  741    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
511 aa  1030    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  67.37 
 
 
530 aa  668    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  63.6 
 
 
551 aa  596  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  58.73 
 
 
529 aa  536  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  60.62 
 
 
544 aa  530  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  53.64 
 
 
530 aa  501  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  48.05 
 
 
515 aa  481  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  48.15 
 
 
515 aa  480  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.64 
 
 
515 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  48.16 
 
 
515 aa  459  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  47.29 
 
 
484 aa  453  1.0000000000000001e-126  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  54.87 
 
 
484 aa  450  1e-125  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  44.69 
 
 
505 aa  441  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.17 
 
 
507 aa  419  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  54.95 
 
 
529 aa  399  9.999999999999999e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.39 
 
 
490 aa  352  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.04 
 
 
495 aa  346  6e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.34 
 
 
488 aa  344  2e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  38.62 
 
 
511 aa  344  2.9999999999999997e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.83 
 
 
495 aa  342  9e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  38.14 
 
 
522 aa  330  3e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  35.85 
 
 
967 aa  323  3e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.57 
 
 
494 aa  323  6e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  38.53 
 
 
961 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  37.55 
 
 
958 aa  312  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  39.4 
 
 
963 aa  310  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.39 
 
 
503 aa  310  4e-83  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.83 
 
 
488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.84 
 
 
527 aa  295  2e-78  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.47 
 
 
789 aa  256  7e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.03 
 
 
484 aa  227  4e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.54 
 
 
484 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.48 
 
 
502 aa  222  9.999999999999999e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.54 
 
 
484 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  30.54 
 
 
484 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.82 
 
 
480 aa  214  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0661  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.75 
 
 
484 aa  210  5e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000151703  normal  0.871149 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.73 
 
 
490 aa  209  7e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  35.76 
 
 
483 aa  208  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.49 
 
 
529 aa  202  9e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.6 
 
 
479 aa  199  1.0000000000000001e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.85 
 
 
475 aa  197  4.0000000000000005e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.79 
 
 
479 aa  196  9e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.8 
 
 
491 aa  195  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4055  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.27 
 
 
554 aa  194  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.505018  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.01 
 
 
477 aa  193  7e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  30.83 
 
 
461 aa  188  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  32.35 
 
 
462 aa  187  4e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.55 
 
 
461 aa  186  8e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.58 
 
 
466 aa  185  1.0000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.18 
 
 
489 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.18 
 
 
461 aa  184  3e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.93 
 
 
510 aa  183  6e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.14 
 
 
517 aa  181  2.9999999999999997e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.2 
 
 
458 aa  179  9e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.99 
 
 
496 aa  179  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1261  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  32.57 
 
 
483 aa  177  5e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  34.15 
 
 
470 aa  176  8e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  30.96 
 
 
502 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07761  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  31.33 
 
 
456 aa  170  4e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0845725  normal  0.0349206 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0144  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  31.33 
 
 
456 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_36228  predicted protein  32.1 
 
 
453 aa  168  2e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003759  glutamate decarboxylase eukaryotic type  25.35 
 
 
548 aa  167  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0719  putative glutamate decarboxylase  26.28 
 
 
548 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0831  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.89 
 
 
573 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00169678  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2715  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.05 
 
 
548 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.288765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.87 
 
 
552 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362513  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  32.25 
 
 
489 aa  164  3e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1177  hypothetical protein  32.35 
 
 
474 aa  164  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1624  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.81 
 
 
552 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02632  glutamate decarboxylase  26.6 
 
 
548 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2780  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.05 
 
 
550 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.300778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2434  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.07 
 
 
554 aa  161  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10001  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.72 
 
 
460 aa  161  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.450995  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3584  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.15 
 
 
611 aa  159  9e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.51 
 
 
479 aa  159  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.64 
 
 
579 aa  158  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.65 
 
 
480 aa  157  4e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.82 
 
 
492 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2643  pyridoxal-dependent decarboxylase  27 
 
 
546 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160588  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.46 
 
 
486 aa  156  7e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.9 
 
 
486 aa  156  8e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.15 
 
 
474 aa  155  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3135  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.67 
 
 
551 aa  156  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0142161 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0279  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.39 
 
 
461 aa  155  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.33 
 
 
497 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3931  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.29 
 
 
536 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0959  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.68 
 
 
538 aa  154  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03552  Glutamate decarboxylase putative  26.94 
 
 
544 aa  153  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1007  putative decarboxylase  27.41 
 
 
543 aa  153  7e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.15 
 
 
471 aa  153  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.36 
 
 
470 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1644  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.7 
 
 
550 aa  152  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1200  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.11 
 
 
560 aa  152  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2535  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
546 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.11 
 
 
478 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10231  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  29.4 
 
 
455 aa  151  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.1178 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2686  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.85 
 
 
549 aa  151  3e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.555524 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>