230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0279 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0279  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
461 aa  912    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  73.36 
 
 
474 aa  592  1e-168  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  53.8 
 
 
458 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  53.19 
 
 
442 aa  371  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  36.3 
 
 
483 aa  192  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.5 
 
 
480 aa  189  7e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.35 
 
 
484 aa  188  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.61 
 
 
479 aa  186  8e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.93 
 
 
484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.93 
 
 
484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.93 
 
 
484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.39 
 
 
511 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.43 
 
 
479 aa  179  9e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.09 
 
 
489 aa  177  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.33 
 
 
530 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.71 
 
 
534 aa  171  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.35 
 
 
551 aa  169  9e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.25 
 
 
477 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.38 
 
 
517 aa  162  9e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  30.61 
 
 
491 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.6 
 
 
488 aa  160  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.67 
 
 
508 aa  160  5e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  29.29 
 
 
515 aa  160  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.81 
 
 
515 aa  159  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.75 
 
 
484 aa  159  8e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  29.05 
 
 
515 aa  159  1e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.81 
 
 
515 aa  157  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.08 
 
 
510 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.8 
 
 
529 aa  156  6e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2033  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.34 
 
 
490 aa  154  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.376208  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.57 
 
 
490 aa  153  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  29.33 
 
 
522 aa  153  8e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.83 
 
 
466 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.92 
 
 
474 aa  152  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
495 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.89 
 
 
495 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.83 
 
 
488 aa  151  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.16 
 
 
507 aa  151  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.87 
 
 
476 aa  150  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.14 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.87 
 
 
961 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.95 
 
 
530 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.25 
 
 
517 aa  146  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.98 
 
 
486 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  31.72 
 
 
502 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.8 
 
 
486 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.47 
 
 
467 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  25 
 
 
494 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.66 
 
 
471 aa  140  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.54 
 
 
482 aa  139  7.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.76 
 
 
486 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003101  diaminobutyrate-pyruvate transaminase/L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  28.19 
 
 
958 aa  137  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02741  hypothetical protein  28.61 
 
 
963 aa  137  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.89 
 
 
503 aa  135  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.33 
 
 
480 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.95 
 
 
474 aa  134  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.59 
 
 
496 aa  134  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.19 
 
 
527 aa  134  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2138  putative diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase  25.3 
 
 
967 aa  134  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00227594  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.1 
 
 
497 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.74 
 
 
474 aa  133  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.23 
 
 
492 aa  133  6.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.98 
 
 
463 aa  132  9e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.98 
 
 
463 aa  132  9e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.41 
 
 
466 aa  132  9e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.99 
 
 
505 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.53 
 
 
465 aa  132  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.84 
 
 
464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.98 
 
 
463 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1177  hypothetical protein  34.11 
 
 
474 aa  130  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  25.75 
 
 
511 aa  129  9.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1803  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.7 
 
 
529 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0338537  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.13 
 
 
478 aa  128  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.53 
 
 
529 aa  128  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.24 
 
 
484 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.09 
 
 
492 aa  126  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.24 
 
 
789 aa  126  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.67 
 
 
478 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.28 
 
 
459 aa  126  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.05 
 
 
484 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  26.54 
 
 
462 aa  125  2e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.03 
 
 
470 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.62 
 
 
502 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.45 
 
 
470 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.88 
 
 
460 aa  123  6e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.49 
 
 
483 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.23 
 
 
470 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0883  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.58 
 
 
461 aa  123  9e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.354437  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.23 
 
 
466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.64 
 
 
475 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.72 
 
 
471 aa  119  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.07 
 
 
467 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
470 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.51 
 
 
518 aa  117  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.87 
 
 
544 aa  116  7.999999999999999e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.87 
 
 
462 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09431  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  23.62 
 
 
461 aa  113  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.27 
 
 
476 aa  113  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.28 
 
 
464 aa  113  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09421  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  25.64 
 
 
461 aa  113  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>