More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4360 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4360  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  714    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  67.94 
 
 		 348 aa  496  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 344 aa  249  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  39.1 
 
 		 343 aa  249  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 343 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 		 337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 342 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  32.74 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  27.38 
 
 		 353 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5360  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 356 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.307827  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 337 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.16 
 
 		 343 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  26.32 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 359 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 347 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 344 aa  116  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  25.86 
 
 		 346 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 346 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 336 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 344 aa  112  9e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 339 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6030  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8499  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 342 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.22 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 348 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 359 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  27.25 
 
 		 340 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 337 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5787  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  25.63 
 
 		 348 aa  107  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5598  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  30.51 
 
 		 333 aa  106  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 341 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1884  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0204154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2544  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 352 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4268  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 367 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  25.29 
 
 		 338 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  23.18 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4913  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 348 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.637352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 364 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2871  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.176885  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  29.8 
 
 		 333 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 344 aa  99.4  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 357 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  26.27 
 
 		 365 aa  99  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 334 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0657  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 337 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3659  AraC family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 417 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.356023  normal  0.158074 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 341 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  25 
 
 		 335 aa  97.1  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 356 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  26.67 
 
 		 346 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2071  helix-turn-helix domain-containing protein  25.59 
 
 		 341 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 330 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.7 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 348 aa  95.1  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 330 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 366 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 355 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 366 aa  94  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 356 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 350 aa  93.2  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 396 aa  92.8  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 369 aa  93.2  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 369 aa  93.2  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 		 346 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3102  helix-turn-helix, AraC type  26.85 
 
 		 330 aa  92.8  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2808  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 337 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3459  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 336 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.195796  normal  0.579025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  26.25 
 
 		 352 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3485  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 345 aa  91.3  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 341 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 357 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 389 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4504  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 400 aa  90.9  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0682247 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6223  transcriptional regulator, AraC family  24.19 
 
 		 339 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>