More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2608 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 387 aa  749    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2448  secretion protein HlyD  67.18 
 
 		 382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  62.99 
 
 		 389 aa  378  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  38.03 
 
 		 421 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  38.22 
 
 		 404 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  38.6 
 
 		 404 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  38.26 
 
 		 404 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  38.61 
 
 		 503 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  36.05 
 
 		 538 aa  186  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  32.93 
 
 		 424 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  36.34 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.95 
 
 		 457 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  36.05 
 
 		 484 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  34.48 
 
 		 520 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  34.48 
 
 		 520 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.19 
 
 		 454 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  35.76 
 
 		 484 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  35.1 
 
 		 416 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  34.99 
 
 		 422 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.95 
 
 		 454 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.55 
 
 		 457 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  35.1 
 
 		 416 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  35.1 
 
 		 416 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  35.1 
 
 		 416 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  35.99 
 
 		 491 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  35.88 
 
 		 400 aa  178  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  34.53 
 
 		 407 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  36.15 
 
 		 489 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  36.15 
 
 		 489 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  36.15 
 
 		 489 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 		 459 aa  177  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  34.58 
 
 		 416 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  37.18 
 
 		 459 aa  176  7e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  35.44 
 
 		 488 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  34.69 
 
 		 509 aa  171  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  36.49 
 
 		 459 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  37.43 
 
 		 397 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  33.05 
 
 		 502 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  39 
 
 		 404 aa  167  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  35.29 
 
 		 456 aa  167  4e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  38.61 
 
 		 385 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  34.22 
 
 		 484 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.48 
 
 		 531 aa  161  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  36.97 
 
 		 390 aa  160  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0905036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  34.87 
 
 		 489 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  35.16 
 
 		 516 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  34.87 
 
 		 489 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  34.87 
 
 		 489 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  34.87 
 
 		 489 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  34.87 
 
 		 489 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  37.68 
 
 		 407 aa  159  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  34.58 
 
 		 489 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  35.65 
 
 		 491 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.24 
 
 		 433 aa  155  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2147  secretion protein HlyD  36.41 
 
 		 393 aa  152  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  32.02 
 
 		 410 aa  149  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  37.85 
 
 		 399 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  29.84 
 
 		 399 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  29.32 
 
 		 398 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6209  membrane fusion protein cluster 2  33.83 
 
 		 395 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.0698846 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  29.66 
 
 		 423 aa  132  9e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  29.36 
 
 		 424 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  33.17 
 
 		 399 aa  130  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 		 410 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3957  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.25 
 
 		 587 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.78 
 
 		 400 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  27.83 
 
 		 418 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.82 
 
 		 428 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.49 
 
 		 427 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 424 aa  116  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1081  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.6 
 
 		 468 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5136  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.01 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.37 
 
 		 459 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3727  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00335506  normal  0.0890337 
 
 
-
 
NC_003296  RS02378  cation transporter transmembrane protein  30.46 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.571869  normal  0.441465 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  27.16 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2804  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.82 
 
 		 388 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.334081  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  28.5 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  36.04 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 		 530 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  28.27 
 
 		 379 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.51 
 
 		 331 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  34.57 
 
 		 331 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  30.2 
 
 		 371 aa  96.7  5e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.12 
 
 		 420 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.92 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 451 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  34.92 
 
 		 318 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.78 
 
 		 406 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.78 
 
 		 406 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 		 376 aa  94.4  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 468 aa  94  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 308 aa  94  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  27.81 
 
 		 390 aa  93.6  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  34.92 
 
 		 328 aa  93.6  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 329 aa  93.6  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0019  RND family efflux transporter MFP subunit  30.1 
 
 		 382 aa  93.2  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  27.39 
 
 		 405 aa  93.2  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>