More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_19160 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_19160  site-specific recombinase XerD  100 
 
 		 369 aa  733    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0191087  normal  0.520558 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4760  integrase family protein  33.7 
 
 		 354 aa  86.3  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  29.76 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2347  phage integrase family protein  35.17 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.01871 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  31.91 
 
 		 304 aa  79.3  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2492  integrase family protein  34.75 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.384565  normal  0.947006 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  30.03 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  30.24 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4608  site-specific recombinase, phage integrase family  27.96 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.764652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1475  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.96 
 
 		 320 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.04346  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2012  Phage integrase  29.01 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  30.63 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  29.9 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3884  phage integrase family site specific recombinase  28.4 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  30.1 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.28 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  29.75 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4646  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  26.16 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  28.01 
 
 		 305 aa  72.8  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1492  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  27.96 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  34.19 
 
 		 395 aa  72  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  25.64 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.07 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.07 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  30.18 
 
 		 298 aa  72  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  25.44 
 
 		 307 aa  72  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  28.38 
 
 		 373 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  27.89 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.41 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.23 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  27.89 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.08 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  26.06 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.79 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  27.36 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.69 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3218  phage integrase family protein  27 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000104017 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1689  integrase family protein  26.44 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0836065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  29.11 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  26.87 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  27.89 
 
 		 346 aa  69.7  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  28.47 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  30.58 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1508  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  29.33 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  29.43 
 
 		 311 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  27.04 
 
 		 290 aa  68.9  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  28.4 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  31.39 
 
 		 301 aa  68.9  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  27.39 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  37.41 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3115  integrase family protein  27.45 
 
 		 336 aa  68.6  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0082342  normal  0.151412 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  31.47 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  28.92 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 308 aa  67  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.32 
 
 		 298 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.57 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  22.62 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  24.02 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  31.09 
 
 		 343 aa  66.6  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.94 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  29.74 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.94 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  29 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  23.86 
 
 		 310 aa  65.9  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  24.23 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  26.62 
 
 		 295 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 303 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  26.74 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2807  Phage integrase  33.2 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  29.23 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.05 
 
 		 324 aa  65.1  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.04 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  22.03 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  29.41 
 
 		 329 aa  65.1  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.62 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  29.45 
 
 		 335 aa  65.1  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.5 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2178  phage integrase family protein  30.69 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  30.03 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  28.42 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  28.88 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  31.63 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  30.81 
 
 		 284 aa  64.7  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  30.77 
 
 		 343 aa  64.7  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.55 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.46 
 
 		 305 aa  64.3  0.000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  27.86 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>