More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_16230 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  100 
 
 		 516 aa  1046    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  40.54 
 
 		 533 aa  348  2e-94  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  38.73 
 
 		 517 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  37.85 
 
 		 524 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 		 513 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 		 539 aa  253  7e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 		 519 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  32.75 
 
 		 545 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  33.53 
 
 		 525 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  31.57 
 
 		 545 aa  244  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  32.18 
 
 		 540 aa  243  6e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  31.52 
 
 		 520 aa  238  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  31.77 
 
 		 538 aa  237  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  31.38 
 
 		 538 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  33.79 
 
 		 513 aa  231  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  32.25 
 
 		 540 aa  231  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  36.15 
 
 		 505 aa  231  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  33.2 
 
 		 518 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  33.14 
 
 		 529 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  33.33 
 
 		 529 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  31.6 
 
 		 519 aa  225  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  31.98 
 
 		 527 aa  223  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 527 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  31.77 
 
 		 527 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  31.76 
 
 		 527 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  31.76 
 
 		 527 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  35.8 
 
 		 534 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 		 529 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  32.29 
 
 		 496 aa  221  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  32.19 
 
 		 512 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  31.21 
 
 		 529 aa  217  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  32.7 
 
 		 526 aa  217  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  30.69 
 
 		 535 aa  216  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  35.4 
 
 		 534 aa  216  9e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  31.57 
 
 		 511 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 509 aa  213  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  32.31 
 
 		 522 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  34.96 
 
 		 534 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.55 
 
 		 526 aa  210  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  34.27 
 
 		 514 aa  210  6e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  31.69 
 
 		 527 aa  207  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.29 
 
 		 537 aa  207  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 		 517 aa  205  2e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  35.31 
 
 		 526 aa  204  4e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 536 aa  203  6e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  29.5 
 
 		 537 aa  203  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  28.88 
 
 		 513 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  32.22 
 
 		 527 aa  202  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  29.29 
 
 		 536 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 		 535 aa  199  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 		 517 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 		 515 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  30.3 
 
 		 532 aa  196  9e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  27.84 
 
 		 536 aa  196  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 523 aa  196  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.56 
 
 		 535 aa  195  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  29.56 
 
 		 535 aa  195  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 535 aa  192  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 537 aa  191  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  31.94 
 
 		 538 aa  189  1e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  30.57 
 
 		 516 aa  188  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 		 522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  31.21 
 
 		 503 aa  181  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.86 
 
 		 540 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  29.67 
 
 		 538 aa  172  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.83 
 
 		 516 aa  171  3e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  32.71 
 
 		 502 aa  171  3e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 		 510 aa  167  4e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  28.33 
 
 		 550 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  31.05 
 
 		 519 aa  164  3e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.37 
 
 		 510 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  30.6 
 
 		 497 aa  163  8.000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  30.48 
 
 		 561 aa  162  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 555 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  30.24 
 
 		 514 aa  159  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  29.57 
 
 		 509 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0855  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.3 
 
 		 512 aa  156  9e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0888  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.1 
 
 		 512 aa  155  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  25.1 
 
 		 521 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.1 
 
 		 521 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  25.1 
 
 		 521 aa  156  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 		 521 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  25.1 
 
 		 521 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  29.44 
 
 		 554 aa  156  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  29.09 
 
 		 527 aa  155  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.8 
 
 		 520 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0901  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.1 
 
 		 512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0981  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.1 
 
 		 512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2518  glutathione ABC transporter, periplasmic glutathione-binding protein GsiB  26.1 
 
 		 512 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2812  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 		 512 aa  154  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.431185  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00814  hypothetical protein  26.1 
 
 		 512 aa  154  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.840204  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  27.18 
 
 		 512 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00797  predicted peptide transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.63 
 
 		 493 aa  153  7e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2814  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 		 512 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.993061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 		 534 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 517 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  26.8 
 
 		 512 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  26.8 
 
 		 512 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  26.8 
 
 		 512 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3571  extracellular solute-binding protein  28.15 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57508  normal  0.258108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>